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- PDB-3p4l: Crystal structure of a hemojuvelin-binding fragment of neogenin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p4l
タイトルCrystal structure of a hemojuvelin-binding fragment of neogenin
要素Neogenin
キーワードCELL ADHESION / IRON HOMEOSTASIS / HEMOJUVELIN RECEPTOR / FNIII domain / fibronectin type III
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / negative regulation of axon regeneration / Netrin-1 signaling / co-receptor binding / BMP receptor binding / plasma membrane protein complex / positive regulation of BMP signaling pathway / myoblast fusion / Myogenesis / intracellular vesicle ...trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / negative regulation of axon regeneration / Netrin-1 signaling / co-receptor binding / BMP receptor binding / plasma membrane protein complex / positive regulation of BMP signaling pathway / myoblast fusion / Myogenesis / intracellular vesicle / protein secretion / negative regulation of protein secretion / axon guidance / cell-cell adhesion / postsynaptic density membrane / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / neuron migration / signaling receptor activity / growth cone / intracellular iron ion homeostasis / cell adhesion / cadherin binding / regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / cell surface / Golgi apparatus / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yang, F. / West Jr., A.P. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of a hemojuvelin-binding fragment of neogenin at 1.8A.
著者: Yang, F. / West, A.P. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2010年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年7月10日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neogenin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9021
ポリマ－23,9021
非ポリマー00
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.581, 112.921, 80.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-255-

HOH

21A-256-

HOH

31A-266-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Neogenin / Immunoglobulin superfamily DCC subclass member 2


分子量: 23902.195 Da / 分子数: 1 / 断片: BINDING-DOMAIN, RESIDUES 853-1051 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEO1, IGDCC2, NGN / プラスミド: PACGP67 / 細胞株 (発現宿主): BTI-TN-5B1-4 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q92859
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 8.5
詳細: 25% PEG-3350, 0.2m ammonium sulfate, 0.1m TRIS, pH 8.5, temperature 293k, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 22544 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X5J and PDB ENTRY 1X5K

1x5j

1x5k


解像度: 1.8→32.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1503078.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1090 4.8 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.202 22482 98.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.8098 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.18 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----2.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1577 0 0 293 1870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 201 5.5 %
Rwork0.279 3425 -
obs--97.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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