[日本語] English
万見
- PDB-3p49: Crystal Structure of a Glycine Riboswitch from Fusobacterium nucleatum -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p49
タイトルCrystal Structure of a Glycine Riboswitch from Fusobacterium nucleatum
要素
  • GLYCINE RIBOSWITCH
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / riboswitch / RNA / cooperative / glycine / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Butler, E.B. / Wang, J. / Xiong, Y. / Strobel, S.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of cooperative ligand binding by the glycine riboswitch.
著者: Butler, E.B. / Xiong, Y. / Wang, J. / Strobel, S.A.
履歴
登録2010年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年6月24日Group: Derived calculations
改定 1.32017年6月28日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.src_method / _entity_name_com.name ..._entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GLYCINE RIBOSWITCH
B: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,46317
ポリマ－65,9972
非ポリマー46615
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.580, 104.617, 156.509
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: RNA鎖 GLYCINE RIBOSWITCH


分子量: 54656.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum (バクテリア)
解説: in vitro synthesis from a plasmid DNA with T7 RNA polymerase
参照: GenBank: CP013328.1
#2: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A


分子量: 11340.315 Da / 分子数: 1 / Fragment: RNA BINDING DOMAIN (UNP RESIDUES 1-98) / Mutation: Y31H Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / プラスミド: PET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P09012
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS IS A CHIMERA SEQUENCE IN WHICH THE P2 LOOP HAS BEEN REPLACED BY U1A BINDING LOOP

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% PEGmme550, 0.05M HEPES PH 7.0, 0.01M MgCL2, 0.025M NaOAC pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2511.0809
シンクロトロンAPS 24-ID-C21.1056, 1.1061, 1.0762
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年11月1日
MAR 300 CCD2CCD2010年1月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.08091
21.10561
31.10611
41.07621
反射解像度: 3.55→99 Å / Num. all: 11496 / Num. obs: 11450 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1.645 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 13.55
反射 シェル解像度: 3.55→3.68 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.645 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.55→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.715
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30958 543 4.8 %RANDOM
Rwork0.28237 ---
obs0.28362 10796 99.94 %-
all-10803 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 222.648 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.07 Å20 Å20 Å2
2--1.31 Å20 Å2
3----3.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.55→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数749 3624 23 20 4416
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0214842
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3142.8577375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.35934978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.413591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.72923.23534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.84815154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.524156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2959
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02532
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3141.5467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0031.5187
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2932752
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00434375
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5134.56623
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.55→3.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.49 46 -
Rwork0.46 760 -
obs--99.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.831-1.3693-0.78222.6533-1.56572.8761-0.16780.12140.3443-0.07260.0188-0.0582-0.27450.15230.1490.7146-0.02420.06750.4447-0.00620.648856.459613.298639.9238
22.0715-1.2004-1.31273.7045-0.11541.7843-0.01280.3183-0.0503-0.09810.0036-0.11630.07090.30570.00920.5613-0.03020.08580.54190.03450.510658.074120.756546.6558
30.7460.9987-0.89555.1038-0.39214.39520.111-0.261-0.20940.5465-0.10870.50840.3498-0.6106-0.00220.44940.0799-0.09840.55750.11760.446840.838313.564871.4753
40.36740.23760.45550.65220.92972.5185-0.01410.2673-0.3218-0.21050.0435-0.15710.38090.2864-0.02940.5249-0.02240.04030.4930.02350.594855.69173.657351.6024
52.90440.02070.20941.80060.41242.08470.0726-0.52910.2230.5165-0.07390.2896-0.1625-0.22920.00140.51050.01380.00120.4890.00430.489823.799-1.68728.4881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2A26 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3A77 - 111
4X-RAY DIFFRACTION4A112 - 734
5X-RAY DIFFRACTION5B6 - 97

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る