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- PDB-3p48: Structure of the yeast dUTPase DUT1 in complex with dUMPNPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p48
タイトルStructure of the yeast dUTPase DUT1 in complex with dUMPNPP
要素Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
キーワードHYDROLASE / TRIMER / BETA BARREL / DUMPPNP PYROPHOSPHATASE / PHOSPHOPROTEIN / Structural Genomics / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine deoxyribonucleoside triphosphate catabolic process / dITP catabolic process / dITP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Petit, P. / Singer, A.U. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Edwards, A.M. / Yakunin, A.F. / Savchenko, A. / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP)
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Structure and activity of the Saccharomyces cerevisiae dUTP pyrophosphatase DUT1, an essential housekeeping enzyme.
著者: Tchigvintsev, A. / Singer, A.U. / Flick, R. / Petit, P. / Brown, G. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2010年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年10月10日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
B: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
C: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4449
ポリマ－45,9703
非ポリマー1,4746
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10990 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area14380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.784, 58.868, 112.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase


分子量: 15323.264 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DUT1, YBR252W, YBR1705 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P33317, dUTP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% Jeffamine ED-2001, 0.1M HEPES pH7, 3mM MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月24日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→29.43 Å / Num. all: 42235 / Num. obs: 40597 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 28.4
反射 シェル解像度: 1.67→1.76 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Rsym value: 0.219 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3F4F

3f4f


解像度: 1.67→28.47 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 2017 5.02 %
Rwork0.154 --
obs0.156 40218 99 %
all-42235 -
溶媒の処理減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.12 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.552 Å2-0 Å20 Å2
2---1.9019 Å2-0 Å2
3---2.4539 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→28.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2834 0 87 405 3326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172969
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6564052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2991151
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.115489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.67-1.72970.24051970.17143643X-RAY DIFFRACTION96
1.7297-1.79890.24122170.16783675X-RAY DIFFRACTION97
1.7989-1.88080.22131910.16093735X-RAY DIFFRACTION98
1.8808-1.97990.20111960.14653804X-RAY DIFFRACTION99
1.9799-2.10390.19741680.14443851X-RAY DIFFRACTION100
2.1039-2.26630.2011900.14713842X-RAY DIFFRACTION100
2.2663-2.49430.17822110.13993809X-RAY DIFFRACTION100
2.4943-2.85490.20312100.15583878X-RAY DIFFRACTION100
2.8549-3.59580.1862100.15883902X-RAY DIFFRACTION100
3.5958-28.47770.17522270.15684062X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.1363 Å / Origin y: 23.9835 Å / Origin z: -18.7383 Å
111213212223313233
T0.0449 Å20.003 Å2-0.0053 Å2-0.0424 Å20.0126 Å2--0.0382 Å2
L0.4998 °20.0849 °20.1674 °2-0.4653 °20.0202 °2--0.3971 °2
S0.0534 Å °0.0237 Å °-0.0072 Å °0.0415 Å °-0.0234 Å °0.0062 Å °0.0432 Å °0.0516 Å °-0.0244 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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