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- PDB-3p39: Crystal structure of the NS1 effector domain W182A mutant from in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p39
タイトルCrystal structure of the NS1 effector domain W182A mutant from influenza A/Vietnam/1203/2004 (H5N1) virus
要素Nonstructural protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus non-structural protein, effector domain / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / S15/NS1, RNA-binding / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Chen, S. / Xiao, Y.B. / Bricogne, G. / Sharff, A.J. / Hilgenfeld, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structures of the NS1 effector domain from highly pathogenic influenza A/Vietnam/1203/2004 (H5N1) virus
著者: Chen, S. / Xiao, Y.B. / Bricogne, G. / Sharff, A.J. / Hilgenfeld, R.
履歴
登録2010年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nonstructural protein 1
B: Nonstructural protein 1
C: Nonstructural protein 1
D: Nonstructural protein 1
E: Nonstructural protein 1
F: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,0826
ポリマ－98,0826
非ポリマー00
水1,802100
1
A: Nonstructural protein 1
B: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6942
ポリマ－32,6942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Nonstructural protein 1
D: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6942
ポリマ－32,6942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Nonstructural protein 1

F: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6942
ポリマ－32,6942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_544-y+1/2,x-1/2,z-1/41
4
F: Nonstructural protein 1

E: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6942
ポリマ－32,6942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z+1/41
単位格子
Length a, b, c (Å)113.489, 113.489, 197.441
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Nonstructural protein 1


分子量: 16346.924 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal effector domain, UNP residues 73-215 / 変異: W182A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/environment/Viet Nam/1203/2004(H5N1) / 遺伝子: NS1 / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1LP63
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.05 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 0.1M Bicine, 1.8 M MgCl2, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月19日
放射モノクロメーター: Si 111 Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.14→37.3 Å / Num. all: 22045 / Num. obs: 21988 / % possible obs: 94.61 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 51.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 3.14→3.29 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 46.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.0精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxCuBEGUIデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3P31

3p31


解像度: 3.14→37.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8882 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1128 5.13 %RANDOM
Rwork0.2069 ---
obs0.2085 21988 94.61 %-
all-22045 --
原子変位パラメータBiso mean: 47.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.3016 Å20 Å20 Å2
2--10.3016 Å20 Å2
3----20.6032 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.614 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.14→37.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5800 0 0 100 5900
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2139SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes144HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes831HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5890HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion813SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6437SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5890HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7949HARMONIC21.2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.87
LS精密化 シェル解像度: 3.14→3.29 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2599 111 5.38 %
Rwork0.2447 1954 -
all0.2455 2065 -
obs--94.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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