PDB-3p30: crystal structure of the cluster II Fab 1281 in complex with HIV-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p30

タイトル

crystal structure of the cluster II Fab 1281 in complex with HIV-1 gp41 ectodomain

要素

1281 Fab heavy chain
1281 Fab light chain
HIV-1 gp41

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HIV / gp41 / cluster 2 / Fab / 6-helix bundle

機能・相同性

Helix Hairpins - #210 / Helix Hairpins / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Frey, G. / Chen, J. / Rits-Volloch, S. / Freeman, M.M. / Zolla-Pazner, S. / Chen, B.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Distinct conformational states of HIV-1 gp41 are recognized by neutralizing and non-neutralizing antibodies.
著者: Frey, G. / Chen, J. / Rits-Volloch, S. / Freeman, M.M. / Zolla-Pazner, S. / Chen, B.

履歴

登録	2010年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p30.cif.gz	206.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p30.ent.gz	172.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p30.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3p30_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3p30_full_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示
XML形式データ	3p30_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	3p30_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/3p30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/3p30	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ouc-d 3x3f-d 20202 1ts2-d 4g3c-d 30062 1ts3-d 6af2-d 1dos-d 3w11-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HIV-1 gp41

L: 1281 Fab light chain

H: 1281 Fab heavy chain

57.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.830, 115.830, 119.544
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	HIV-1 gp41 分子量: 11177.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: HIV-1 ENV / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 抗体	1281 Fab light chain 分子量: 22616.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA CELL / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	1281 Fab heavy chain 分子量: 23983.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA CELL / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE GEN BANK ACCESSION CODE FOR 'HIV-1 ENV' 92UG037.8 (HIV1, SAMPLE 037 CLONE 08 ...AUTHORS STATE THAT THE GEN BANK ACCESSION CODE FOR 'HIV-1 ENV' 92UG037.8 (HIV1, SAMPLE 037 CLONE 08 FROM UGANDA (HIV192UG037WHO.01083hED) IS U09127

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97916
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月18日
放射	モノクロメーター: CRYOGENICALLY-COOLED SINGLE CRYSTAL SI(111) SIDE BOUNCE MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→33.44 Å / Num. obs: 8478 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 3.31→3.45 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.425 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.3→33.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.902 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 93.97 / SU ML: 0.654 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.65 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.289	472	5.3 %	RANDOM
R_work	0.261	-	-	-
obs	0.262	8478	99.5 %	-
all	-	8478	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 130.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2 Å²	-0.1 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→33.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3770	0	0	0	3770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.021	3865
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.743	1.949	5311
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.259	5	517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.174	24.538	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.225	15	522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.714	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.045	1.5	2595
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.084	2	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.105	3	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.198	4.5	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.3→3.38 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.431	31	-
R_work	0.378	640	-
obs	-	-	99.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9909	-0.6798	0.3802	4.4947	1.0079	7.9495	-0.2212	0.0228	-0.5093	-0.1534	-0.2031	-0.0025	0.5172	-0.6745	0.4242	0.1488	0.0242	0.0228	0.2186	0.0038	0.0458	-0.265	-7.016	11.312
2	7.5304	-1.0434	-0.9324	7.9998	-2.611	4.5226	-0.4241	-0.6063	-0.2867	0.2254	0.2507	-0.9696	-0.0335	0.5215	0.1735	0.1073	0.1059	0.0652	0.4096	0.067	0.293	19.093	-23.094	15.078
3	23.6055	-4.3607	2.3818	29.9277	-3.1125	11.2363	1.7866	0.8812	-1.0261	-3.661	-0.3826	-1.2103	2.1368	0.7269	-1.4039	1.3732	0.7587	0.3295	1.1216	-0.2721	1.7059	35.465	-58.909	13.295
4	22.0589	-11.726	10.5442	15.4486	-3.338	12.1127	-0.648	-3.0381	-1.1724	1.5269	2.6639	-0.7532	-0.0384	-0.2352	-2.0159	0.8819	0.4869	0.1774	1.1314	0.0477	1.2503	30.193	-50.975	26.161

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	27 - 157
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	4 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	2	H	1 - 128
4	X-RAY DIFFRACTION	3	H	129 - 226
5	X-RAY DIFFRACTION	4	L	116 - 214

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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