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- PDB-3p2k: Structure of an antibiotic related Methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p2k
タイトルStructure of an antibiotic related Methyltransferase
要素16S rRNA methylase
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / NpmA
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (adenine1408-N1)-methyltransferase / methyltransferase activity / methylation / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
: / 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase / Putative methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sivaraman, J. / Husain, N.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the methylation of A1408 in 16S rRNA by a panaminoglycoside resistance methyltransferase NpmA from a clinical isolate and analysis of the NpmA interactions with the ...タイトル: Structural basis for the methylation of A1408 in 16S rRNA by a panaminoglycoside resistance methyltransferase NpmA from a clinical isolate and analysis of the NpmA interactions with the 30S ribosomal subunit.
著者: Husain, N. / Obranic, S. / Koscinski, L. / Seetharaman, J. / Babic, F. / Bujnicki, J.M. / Maravic-Vlahovicek, G. / Sivaraman, J.
履歴
登録2010年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年8月28日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S rRNA methylase
B: 16S rRNA methylase
C: 16S rRNA methylase
D: 16S rRNA methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6008
ポリマ－103,0064
非ポリマー1,5944
水1,33374
1
A: 16S rRNA methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1502
ポリマ－25,7511
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 16S rRNA methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1502
ポリマ－25,7511
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 16S rRNA methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1502
ポリマ－25,7511
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 16S rRNA methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1502
ポリマ－25,7511
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.779, 64.419, 104.052
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 2 - 216 / Label seq-ID: 2 - 216

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
16S rRNA methylase


分子量: 25751.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: npmA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8C927
#2: 化合物
ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.33 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1
検出器日付: 2010年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 26821 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Χ2: 1.302 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.752.60.30612820.886195.2
2.75-2.82.60.27413000.98194.5
2.8-2.852.70.25313011.03195.9
2.85-2.912.70.23613571.225197.3
2.91-2.972.70.21912741.318196.6
2.97-3.042.70.20313221.476196.6
3.04-3.122.80.19113331.765196.8
3.12-3.22.80.17513091.403197.1
3.2-3.32.90.17613501.561197.8
3.3-3.42.90.17113401.353197.5
3.4-3.5230.16313291.363198.9
3.52-3.6630.16113551.378198.4
3.66-3.833.10.14413841.308198.7
3.83-4.033.10.14913391.441198.7
4.03-4.293.10.13313411.132198.6
4.29-4.623.20.1313661.211198.9
4.62-5.083.20.12213561.238198.3
5.08-5.813.20.1213941.281198.9
5.81-7.3230.09413561.328198.2
7.32-503.20.06314331.282199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PB3

3pb3


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.863 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.825 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 26.534 / SU ML: 0.289 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.417 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2837 2677 10.1 %RANDOM
Rwork0.252 ---
obs0.2553 26611 96.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.28 Å2 / Biso mean: 59.002 Å2 / Biso min: 3.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å2-0.12 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6279 0 108 74 6461
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226523
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3981.9838798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4265780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.61424.247292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.654151160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2371532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2979
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024828
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A784TIGHT POSITIONAL0.240.05
2B784TIGHT POSITIONAL0.240.05
3C784TIGHT POSITIONAL0.220.05
4D784TIGHT POSITIONAL0.370.05
1A779LOOSE POSITIONAL0.385
2B779LOOSE POSITIONAL0.385
3C779LOOSE POSITIONAL0.365
4D779LOOSE POSITIONAL0.595
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 179 -
Rwork0.328 1714 -
all-1893 -
obs--94.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.830.29330.13411.60270.17171.0249-0.00380.0055-0.02710.1406-0.0765-0.13780.0644-0.08570.08020.0410.0101-0.04190.0640.00670.11469.95-11.6974.591
20.9525-0.8201-0.03281.5572-0.05841.53680.054-0.02390.1441-0.1132-0.1172-0.05610.11540.07570.06330.0713-0.0231-0.02110.05320.01410.058237.90912.61845.219
31.1339-0.1516-0.32571.1039-0.33221.36290.0573-0.05250.0066-0.0927-0.0681-0.04140.15490.09830.01090.09750.0462-0.02410.0289-0.01450.079755.687-14.42460.805
42.8380.09170.31442.39330.5710.28950.19070.43480.4288-0.2542-0.1818-0.6208-0.1204-0.0311-0.00890.19070.05830.08880.18380.15820.37325.39514.556-14.326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 216
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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