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万見
- PDB-3p2e: Structure of an antibiotic related Methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p2e
タイトルStructure of an antibiotic related Methyltransferase
要素16S rRNA methylase
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / NpmA
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (adenine1408-N1)-methyltransferase / methyltransferase activity / methylation / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
: / 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase / Putative methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Sivaraman, J. / Husain, N.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the methylation of A1408 in 16S rRNA by a panaminoglycoside resistance methyltransferase NpmA from a clinical isolate and analysis of the NpmA interactions with the ...タイトル: Structural basis for the methylation of A1408 in 16S rRNA by a panaminoglycoside resistance methyltransferase NpmA from a clinical isolate and analysis of the NpmA interactions with the 30S ribosomal subunit.
著者: Husain, N. / Obranic, S. / Koscinski, L. / Seetharaman, J. / Babic, F. / Bujnicki, J.M. / Maravic-Vlahovicek, G. / Sivaraman, J.
履歴
登録2010年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S rRNA methylase
B: 16S rRNA methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2724
ポリマ－51,5032
非ポリマー7692
水8,809489
1
A: 16S rRNA methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1362
ポリマ－25,7511
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 16S rRNA methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1362
ポリマ－25,7511
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.985, 64.985, 108.424
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 16S rRNA methylase


分子量: 25751.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: npmA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8C927
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.66 % / Mosaicity: 0.591 °

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1
検出器日付: 2010年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 51311 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.942 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.68-1.717.40.43325960.928100
1.71-1.747.40.38224910.967100
1.74-1.777.50.32325911.054100
1.77-1.817.50.30125691.05100
1.81-1.857.50.24525331.196100
1.85-1.897.50.22425711.31100
1.89-1.947.50.19625491.48100
1.94-1.997.50.15425601.661100
1.99-2.057.50.14125651.785100
2.05-2.127.50.12325612.02100
2.12-2.197.40.11125672.185100
2.19-2.287.50.10225372.409100
2.28-2.387.50.09325792.376100
2.38-2.517.50.08525792.448100
2.51-2.677.50.07825352.537100
2.67-2.877.50.07225982.719100
2.87-3.167.30.06825583.312100
3.16-3.627.30.0625833.469100
3.62-4.567.20.04325762.628100
4.56-507.50.0326131.38199.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PB3

3pb3


解像度: 1.68→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2322 4701 9.2 %
Rwork0.1966 --
obs-46629 91.2 %
溶媒の処理Bsol: 50.8829 Å2
原子変位パラメータBiso max: 81.02 Å2 / Biso mean: 24.4563 Å2 / Biso min: 11.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.589 Å20 Å20 Å2
2--2.589 Å20 Å2
3----5.178 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3214 0 52 489 3755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.225
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3sah.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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