PDB-3p1m: Crystal structure of human ferredoxin-1 (FDX1) in complex with ir...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p1m

タイトル

Crystal structure of human ferredoxin-1 (FDX1) in complex with iron-sulfur cluster

要素

Adrenodoxin, mitochondrial

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Structural Genomics Consortium / SGC / Adrenodoxin / Ferredoxin / iron-sulfur cluster / Mitochondria

機能・相同性

機能・相同性情報

Electron transport from NADPH to Ferredoxin / Defective CYP11A1 causes AICSR / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / hormone biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / Protein lipoylation / Pregnenolone biosynthesis / steroid biosynthetic process / Endogenous sterols / cholesterol metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Chaikuad, A. / Johansson, C. / Krojer, T. / Yue, W.W. / Phillips, C. / Bray, J.E. / Pike, A.C.W. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Weigelt, J. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human ferredoxin-1 (FDX1) in complex with iron-sulfur cluster
著者: Chaikuad, A. / Johansson, C. / Krojer, T. / Yue, W.W. / Phillips, C. / Bray, J.E. / Pike, A.C.W. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / ...

履歴

登録	2010年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3p1m.ent.gz	338.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3p1m_validation.pdf.gz	537.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3p1m_full_validation.pdf.gz	549.9 KB	表示
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CIF形式データ	3p1m_validation.cif.gz	56.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/3p1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/3p1m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cjeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1p4d-1 5bqf-d 4cnm-d 4je1-d 3ajb-d 6abm-d 3jxi-2 3v4h-d 4etm-d 2w2x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (9) #117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (6) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (4) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (2) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (9)
#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (6)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (5)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (6)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (4)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (2)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (5)

登録構造単位

A: Adrenodoxin, mitochondrial

B: Adrenodoxin, mitochondrial

C: Adrenodoxin, mitochondrial

D: Adrenodoxin, mitochondrial

E: Adrenodoxin, mitochondrial

F: Adrenodoxin, mitochondrial

G: Adrenodoxin, mitochondrial

H: Adrenodoxin, mitochondrial

ヘテロ分子

120 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Adrenodoxin, mitochondrial

G: Adrenodoxin, mitochondrial

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Adrenodoxin, mitochondrial

H: Adrenodoxin, mitochondrial

ヘテロ分子

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30 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Adrenodoxin, mitochondrial

F: Adrenodoxin, mitochondrial

ヘテロ分子

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30 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Adrenodoxin, mitochondrial

E: Adrenodoxin, mitochondrial

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
30.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.576, 76.576, 234.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	F
2	1	B
3	1	D
4	1	E
5	1	G
6	1	H
1	2	E
2	2	B
1	3	H
2	3	D
1	4	G
2	4	F
1	5	A
2	5	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ILE	ILE	VAL	VAL	1	F	F	67 - 171	8 - 112
2	1	1	ILE	ILE	VAL	VAL	1	B	B	67 - 171	8 - 112
3	1	1	ILE	ILE	VAL	VAL	1	D	D	67 - 171	8 - 112
4	1	1	ILE	ILE	VAL	VAL	1	E	E	67 - 171	8 - 112
5	1	1	ILE	ILE	VAL	VAL	1	G	G	67 - 171	8 - 112
6	1	1	ILE	ILE	VAL	VAL	1	H	H	67 - 171	8 - 112
1	1	2	ALA	ALA	GLN	GLN	5	E	E	172 - 191	113 - 132
2	1	2	ALA	ALA	GLN	GLN	5	B	B	172 - 191	113 - 132
1	1	3	ALA	ALA	GLN	GLN	5	H	H	172 - 191	113 - 132
2	1	3	ALA	ALA	GLN	GLN	5	D	D	172 - 191	113 - 132
1	1	4	ALA	ALA	ALA	ALA	5	G	G	172 - 185	113 - 126
2	1	4	ALA	ALA	ALA	ALA	5	F	F	172 - 185	113 - 126
1	1	5	ILE	ILE	VAL	VAL	1	A	A	67 - 171	8 - 112
2	1	5	ILE	ILE	VAL	VAL	1	C	C	67 - 171	8 - 112
1	2	5	ALA	ALA	ALA	ALA	5	A	A	172 - 185	113 - 126
2	2	5	ALA	ALA	ALA	ALA	5	C	C	172 - 185	113 - 126

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

詳細

AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN.

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Adrenodoxin, mitochondrial / Adrenal ferredoxin / Ferredoxin-1 / Hepatoredoxin 分子量: 14572.235 Da / 分子数: 8 / 断片: 2Fe-2S ferredoxin-type domain, UNP residues 61-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADX, FDX1 / プラスミド: pNIC-CTHF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: P10109

#1: タンパク質

Adrenodoxin, mitochondrial / Adrenal ferredoxin / Ferredoxin-1 / Hepatoredoxin

分子量: 14572.235 Da / 分子数: 8 / 断片: 2Fe-2S ferredoxin-type domain, UNP residues 61-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADX, FDX1 / プラスミド: pNIC-CTHF / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: P10109

-
非ポリマー , 5種, 286分子

#2: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.86 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 1.75M Potassium Citrate (K3Cit), pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月2日 / 詳細: Kirkpatrick Baez bimorph mirror pair
放射	モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.54→50.5 Å / Num. all: 50847 / Num. obs: 50786 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 53.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.54→2.67 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.721 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 7351 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CJE

1cje

解像度: 2.54→43.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 18.286 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS DURING REFINEMENT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24132	1971	3.9 %	RANDOM
R_work	0.20395	-	-	-
all	0.20541	50786	-	-
obs	0.20541	48817	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.327 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.08 Å²	-0.54 Å²	0 Å²
2-	-	-1.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.62 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.54→43.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7733	0	169	259	8161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	7997
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5042
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.486	1.981	10778
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.93	3.005	12363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.923	5	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.658	25.652	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.765	15	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.656	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8931
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.421	1.5	5032
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.11	1.5	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.786	2	8122
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.002	3	2965
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.194	4.5	2640
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	9.033	3	8

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	F	1276	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	2	B	1276	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	3	D	1276	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	4	E	1276	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	5	G	1276	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	6	H	1276	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	1	F	1276	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
1	2	B	1276	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
1	3	D	1276	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
1	4	E	1276	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
1	5	G	1276	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
1	6	H	1276	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
2	1	E	119	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
2	1	E	131	LOOSE POSITIONAL	0.87	5
2	1	E	119	MEDIUM THERMAL	0.28	2
2	1	E	131	LOOSE THERMAL	0.41	10
3	1	H	119	MEDIUM POSITIONAL	0.11	0.5
3	1	H	139	LOOSE POSITIONAL	0.39	5
3	1	H	119	MEDIUM THERMAL	0.21	2
3	1	H	139	LOOSE THERMAL	0.34	10
4	1	G	83	MEDIUM POSITIONAL	0.1	0.5
4	1	G	75	LOOSE POSITIONAL	0.45	5
4	1	G	83	MEDIUM THERMAL	0.6	2
4	1	G	75	LOOSE THERMAL	0.43	10
5	1	A	1330	TIGHT POSITIONAL	0.11	0.05
5	1	A	83	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
5	1	A	80	LOOSE POSITIONAL	0.11	5
5	1	A	1330	TIGHT THERMAL	0.29	0.5
5	1	A	83	MEDIUM THERMAL	0.27	2
5	1	A	80	LOOSE THERMAL	0.45	10

LS精密化シェル

解像度: 2.537→2.603 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.375	145	-
R_work	0.346	3528	-
obs	-	-	97.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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5	6.7067	0.1843	-9.8745	0.2904	-0.6219	16.0925	-0.2746	0.617	-0.4736	0.0145	-0.1066	-0.1054	-0.0097	-0.7324	0.3813	0.1994	-0.1318	0.0505	0.3076	0.1522	0.3966	92.7661	13.0439	58.1356
6	2.7141	-2.319	0.261	7.5672	-0.5834	1.5503	0.0736	-0.6511	0.3266	0.9456	-0.1158	-0.6379	-0.3985	0.3101	0.0422	0.2688	-0.2194	-0.0651	0.3487	0.0052	0.1146	43.8149	44.3608	46.4303
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11	4.1658	-0.9528	2.2136	2.0667	0.6645	5.3198	0.1167	0.2104	-0.3729	-0.1022	0.1091	0.3473	0.5153	-0.5093	-0.2258	0.0823	-0.092	-0.0332	0.3132	0.1945	0.2466	31.6629	5.8599	51.2453
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14	2.2418	0.5134	-0.3252	5.8709	-1.0862	1.3914	0.0673	-0.2073	0.352	0.1118	-0.0736	0.1497	-0.1845	-0.0679	0.0063	0.0533	-0.0338	-0.0145	0.1096	-0.018	0.0708	77.8908	-0.9592	28.4068
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17	5.3246	2.2457	0.6401	3.5382	0.6507	1.5306	0.0267	0.1004	-0.0234	-0.173	0.0227	-0.4247	-0.0711	0.1964	-0.0494	0.1196	0.0141	0.0192	0.0347	0.0091	0.0765	36.7937	22.7224	20.3388
18	18.3056	-0.1192	-9.7695	7.4959	8.1038	30.8387	-0.0449	2.2926	-0.0998	-0.2914	0.2661	1.6383	-1.7297	-1.8088	-0.2212	0.4911	0.2752	0.0705	0.5271	0.1981	0.689	-4.9995	14.2488	15.7235
19	4.3292	1.2567	-2.3369	3.0873	-0.3652	6.2796	0.2921	0.1666	0.7221	-0.1509	-0.0145	0.4469	-0.8394	-0.357	-0.2776	0.2712	0.0502	0.0021	0.2342	0.1898	0.4697	13.8	32.6099	58.2607
20	4.7204	2.1671	-3.1184	1.8706	-1.8886	2.9602	0.1894	-0.0081	0.2662	0.1406	-0.0545	-0.0101	-0.2572	0.1367	-0.1349	0.1028	0.0319	-0.0019	0.1761	0.1211	0.1652	14.6716	18.9395	64.8148

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	66 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	114 - 191
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	66 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	114 - 165
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	166 - 191
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	65 - 113
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	114 - 191
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	65 - 113
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	114 - 191
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	65 - 113
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	114 - 165
12	X-RAY DIFFRACTION	12	E	166 - 191
13	X-RAY DIFFRACTION	13	F	64 - 113
14	X-RAY DIFFRACTION	14	F	114 - 184
15	X-RAY DIFFRACTION	15	F	185 - 191
16	X-RAY DIFFRACTION	16	G	64 - 113
17	X-RAY DIFFRACTION	17	G	114 - 184
18	X-RAY DIFFRACTION	18	G	185 - 191
19	X-RAY DIFFRACTION	19	H	64 - 113
20	X-RAY DIFFRACTION	20	H	114 - 191

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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