PDB-3p1b: Crystal structure of the native serine acetyltransferase 1 from E...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p1b

タイトル

Crystal structure of the native serine acetyltransferase 1 from Entamoeba histolytica

要素

Serine acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Serine acetyltransferase / cysteine synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Kumar, S. / Gourinath, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and biochemical studies of serine acetyltransferase reveal why the parasite Entamoeba histolytica cannot form a cysteine synthase complex
著者: Kumar, S. / Raj, I. / Nagpal, I. / Subbarao, N. / Gourinath, S.

履歴

登録	2010年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p1b.cif.gz	71.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p1b.ent.gz	52.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p1b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3p1b_validation.pdf.gz	447 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3p1b_full_validation.pdf.gz	451.6 KB	表示
XML形式データ	3p1b_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	3p1b_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/3p1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/3p1b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3p47C 3q1xC 1ssm 1ssq 1sst 1t3d C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3q1x-1 3p47-1 1wb8-1 1b06-1 1b06-2 1wb7-1 4ffk-1 1ma1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Serine acetyltransferase

ヘテロ分子

36 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Serine acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Serine acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.457, 110.457, 63.659
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-314- SO4
2	1	A-314- SO4

#1: タンパク質	Serine acetyltransferase / Serine acetyltransferase 1 分子量: 35594.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 株: HM1:IMSS / 遺伝子: CysE / プラスミド: pET21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9U8X2, serine O-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.42 % / Mosaicity: 0.563 °
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Ammonium sulfate, NaCl, Glycerol, Tris, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.9737 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月22日

放射

モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9737 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.2 % / Av σ(I) over netI: 19.22 / 数: 135737 / R_merge(I) obs: 0.082 / Χ²: 1.05 / D res high: 1.77 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 26288 / % possible obs: 93.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.81	50	100	1	0.034	0.964	5.9
3.03	3.81	100	1	0.062	1.174	5.9
2.64	3.03	100	1	0.091	1.151	5.9
2.4	2.64	100	1	0.129	1.027	5.8
2.23	2.4	99.8	1	0.168	1.057	5.4
2.1	2.23	97.9	1	0.209	1.094	5
1.99	2.1	94.2	1	0.297	0.998	4.7
1.91	1.99	87.1	1	0.378	0.996	4.5
1.83	1.91	82.5	1	0.48	0.967	4.2
1.77	1.83	69.7	1	0.543	0.915	3.6

反射

解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 26288 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Χ²: 1.049 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.77-1.83	3.6	0.543	1947	0.915	1	69.7
1.83-1.91	4.2	0.48	2323	0.967	1	82.5
1.91-1.99	4.5	0.378	2457	0.996	1	87.1
1.99-2.1	4.7	0.297	2672	0.998	1	94.2
2.1-2.23	5	0.209	2760	1.094	1	97.9
2.23-2.4	5.4	0.168	2847	1.057	1	99.8
2.4-2.64	5.8	0.129	2803	1.027	1	100
2.64-3.03	5.9	0.091	2830	1.151	1	100
3.03-3.81	5.9	0.062	2813	1.174	1	100
3.81-50	5.9	0.034	2836	0.964	1	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.77→38.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / WR_factor R_free: 0.233 / WR_factor R_work: 0.193 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 3.687 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2545	1324	5 %	RANDOM
R_work	0.2076	-	-	-
all	0.21	24960	-	-
obs	0.2098	26284	93.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.3 Å² / B_iso mean: 27.4765 Å² / B_iso min: 10.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.03 Å²	-1.02 Å²	0 Å²
2-	-	-2.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→38.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2125	0	20	131	2276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	2186
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.919	1.948	2962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.601	5	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.506	23.163	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.654	15	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.694	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.123	1.5	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.738	2	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.193	3	868
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.367	4.5	830

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.773-1.819	0.335	69	0.306	1426	2069	72.257
1.819-1.869	0.34	92	0.284	1553	2054	80.088
1.869-1.923	0.291	72	0.27	1550	1930	84.041
1.923-1.982	0.314	94	0.323	1591	1918	87.852
1.982-2.047	0.279	88	0.286	1629	1853	92.661
2.047-2.119	0.276	90	0.245	1629	1799	95.553
2.119-2.199	0.35	91	0.25	1604	1729	98.034
2.199-2.288	0.294	82	0.23	1539	1632	99.326
2.288-2.39	0.312	95	0.231	1526	1624	99.815
2.39-2.506	0.273	70	0.204	1432	1502	100
2.506-2.641	0.25	94	0.212	1375	1469	100
2.641-2.801	0.265	48	0.212	1314	1362	100
2.801-2.994	0.25	65	0.204	1217	1282	100
2.994-3.233	0.23	65	0.186	1153	1218	100
3.233-3.541	0.194	62	0.182	1057	1119	100
3.541-3.957	0.237	38	0.161	955	993	100
3.957-4.565	0.192	36	0.155	835	871	100
4.565-5.581	0.221	26	0.176	723	749	100
5.581-7.853	0.264	33	0.201	539	572	100
7.853-55.216	0.14	14	0.162	313	328	99.695

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