PDB-3p0x: Crystal structure of isocitrate lyase from Brucella melitensis, b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p0x

タイトル

Crystal structure of isocitrate lyase from Brucella melitensis, bound to magnesium isocitrate

要素

Isocitrate lyase

キーワード

LYASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

glyoxysome / isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / carboxylic acid metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of isocitrate lyase from Brucella melitensis, bound to magnesium isocitrate
著者: SSGCID / Gardberg, A. / Edwards, T. / Gander, M. / Staker, B. / Stewart, L.

履歴

登録	2010年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年11月9日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p0x.cif.gz	645.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p0x.ent.gz	536.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p0x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/3p0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/3p0x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oq8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6c4c-2 3e5b-d 3oq8-d 3l84-1 6c4c-1 3m0m-d 3806 5wzr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BrabA.00014.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Isocitrate lyase

B: Isocitrate lyase

C: Isocitrate lyase

D: Isocitrate lyase

ヘテロ分子

190 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.910, 135.930, 181.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 450 / Label seq-ID: 1 - 450

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

#1: タンパク質	Isocitrate lyase / AceA 分子量: 47148.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌) 株: 2308 / 遺伝子: aceA, BAB1_1631, BruAb1_1601 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2YQA0, isocitrate lyase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ICT / ISOCITRIC ACID / D-イソくえん酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Internal tracking number 217292B10. Protein (26 mg/mL) and PACT Screen condition B10: 0.2 M MgCl2, 20% PEG6000, 0.1 M MES pH 6.0, 5 mM isocitrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→47.6 Å / Num. all: 80134 / Num. obs: 79958 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 28.906 Å² / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 12.13

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
2.35-2.41		2.9	0.563	2	17055	5866	5817	99.2
2.41-2.48			0.512	2.2	17068		5682	99.6
2.48-2.55			0.427	2.7	17091		5532	99.8
2.55-2.63			0.351	3.3	17121		5384	99.9
2.63-2.71			0.31	4	17142		5215	99.8
2.71-2.81			0.262	4.7	17174		5060	99.9
2.81-2.91			0.219	5.9	17185		4906	100
2.91-3.03			0.178	7.4	17044		4722	99.9
3.03-3.17			0.154	8.7	16573		4518	99.9
3.17-3.32			0.119	11.1	15967		4361	99.9
3.32-3.5			0.095	13.5	15160		4126	99.9
3.5-3.72			0.072	17.6	14590		3902	99.6
3.72-3.97			0.063	20.2	14231		3680	99.8
3.97-4.29			0.055	23.4	14187		3463	100
4.29-4.7			0.05	27.3	14362		3176	99.9
4.7-5.25			0.049	28.6	14767		2906	100
5.25-6.07			0.057	27	15055		2566	100
6.07-7.43			0.055	31.1	15899		2203	100
7.43-10.51			0.031	47.2	12305		1743	100
	10.51		0.028	47.7	6419		996	97.6

-
位相決定

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	47.63 Å
Translation	2.5 Å	47.63 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
StructureStudio		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OQ8

3oq8

解像度: 2.35→47.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 15.289 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	3991	5 %	RANDOM
R_work	0.178	-	-	-
all	0.18	80134	-	-
obs	0.18	79682	99.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.264 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→47.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12879	0	80	687	13646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	13285
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8853
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.246	1.949	17998
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.879	3	21479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.671	5	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.778	24.029	623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.061	15	2081
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.585	15	86
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1939
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	15244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2802
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.431	1.5	8400
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.113	1.5	3461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.818	2	13272
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.417	3	4885
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.34	4.5	4718

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 5293 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
B	MEDIUM POSITIONAL	0.38	0.5
C	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
D	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
A	MEDIUM THERMAL	0.43	2
B	MEDIUM THERMAL	0.4	2
C	MEDIUM THERMAL	0.43	2
D	MEDIUM THERMAL	0.43	2

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	260	-
R_work	0.269	5524	-
all	-	5784	-
obs	-	5817	98.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2897	0.1617	0.0606	0.6342	-0.1837	0.9646	0.0057	0.0258	0.0153	0.0082	-0.0078	-0.0036	-0.2034	-0.0003	0.0021	0.0722	0.0126	0.0033	0.0074	-0.0009	0.0163	57.37	166.428	29.144
2	0.1882	0.0693	0.066	0.712	-0.3274	0.8776	0.0192	-0.0416	0.0015	0.0699	-0.112	-0.1517	0.0186	0.3112	0.0928	0.0312	0.0002	-0.0304	0.1393	0.0367	0.0632	78.057	148.254	46.434
3	0.1145	0.0917	-0.1318	0.4493	-0.2449	0.9386	-0.018	0.0241	0.0017	-0.0096	0.034	0.0743	0.2022	-0.1908	-0.0161	0.0751	-0.0594	0.0124	0.0566	0.0003	0.021	43.649	133.288	43.737
4	0.1368	0.1509	-0.1805	0.4087	-0.3125	1.242	-0.0488	0.0439	-0.0454	-0.155	-0.0036	-0.0469	0.3633	0.0295	0.0524	0.1941	0.0209	0.0343	0.0293	-0.0162	0.0218	61.08	131.45	16.168

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 450
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 450
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 450
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 450

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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