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- PDB-3p06: Crystal structure of Tellina virus 1 VP4 protease in the form of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p06
タイトルCrystal structure of Tellina virus 1 VP4 protease in the form of an intra-molecular(cis)acyl-enzyme complex.
要素VP4 protein
キーワードHYDROLASE / cis-cleavage / intramolecular acyl-enzyme / ester-linkage / alpha/beta protein / protease / polyprotein processing / acyl-enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type peptidase activity / viral capsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S5; domain 2 - #110 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. / Ribosomal Protein S5; domain 2 ...Ribosomal Protein S5; domain 2 - #110 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Viral coat protein subunit / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / UREA / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Tellina virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chung, I.Y.W. / Paetzel, M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of a Viral Protease Intramolecular Acyl-enzyme Complex: INSIGHTS INTO cis-CLEAVAGE AT THE VP4/VP3 JUNCTION OF TELLINA BIRNAVIRUS.
著者: Chung, I.Y. / Paetzel, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Expression, purification and crystallization of VP4 protease from Tellina virus 1.
著者: Chung, I.Y. / Paetzel, M.
履歴
登録2010年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1108
ポリマ－20,5641
非ポリマー5467
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: VP4 protein
ヘテロ分子

A: VP4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,22016
ポリマ－41,1282
非ポリマー1,09214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA
3
A: VP4 protein
ヘテロ分子

A: VP4 protein
ヘテロ分子

A: VP4 protein
ヘテロ分子

A: VP4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,43932
ポリマ－82,2564
非ポリマー2,18428
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/31
Buried area11480 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area28700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.140, 59.140, 208.142
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 VP4 protein


分子量: 20563.883 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 637-830 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tellina virus 1 (ウイルス) / 遺伝子: viral protein 4 (VP4) / プラスミド: pET28b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner (DE3) / 参照: UniProt: Q2PBR5, EC: 3.4.21.115

-
非ポリマー , 6種, 54分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-URE / UREA / 尿素


分子量: 60.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化温度: 296 K / pH: 5
詳細: reservoir: 21% PEG8000, 0.55M ammonium sulfate. drop: On a coverslip, 1 microliter of VP4 was mixed with 1 microliter of reservoir reagent(21% PEG8000, 0.55M ammonium sulfate) and 1 ...詳細: reservoir: 21% PEG8000, 0.55M ammonium sulfate. drop: On a coverslip, 1 microliter of VP4 was mixed with 1 microliter of reservoir reagent(21% PEG8000, 0.55M ammonium sulfate) and 1 microliter of 0.2M urea as additive. To aid in crystal nucleation, this drop was seeded with 1 microliter of selenomethionine- labelled crystal from an older drop, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97893
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月28日
詳細: DCM WITH CRYO-COOLED 1ST CRYSTAL SAGITTALLY BENT 2ND CRYSTAL FOLLOWED BY VERTICALLY FOCUSING MIRROR.
放射モノクロメーター: A DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR (DCM)
プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→52 Å / Num. obs: 13466 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxData Collectorデータ収集
PHENIXAutosolモデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIXAUTOSOL位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 9.221 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 662 4.9 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.185 12743 99.7 %-
all-13466 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1424 0 32 47 1503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0221471
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9791.9961993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4225193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.94426.07851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.68315248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.371156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1861.5968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.12621555
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9653502
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4464.5437
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 45 -
Rwork0.209 867 -
obs--96.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4647-1.6644-0.57373.52190.23621.84710.06480.1334-0.2991-0.0673-0.06760.40710.0658-0.34280.00270.09830.0225-0.04840.084-0.01210.0944-8.473414.2418-18.0287
21.1936-0.27060.24261.18320.17192.31230.0773-0.0973-0.0910.17450.0277-0.05320.09040.1115-0.1050.11420.0108-0.040.0242-0.00580.10140.144414.2549-10.6512
32.8957-0.6013-0.05882.56180.20212.20860.0007-0.01210.0862-0.08920.0794-0.4584-0.01710.2152-0.080.08230.0126-0.00060.0532-0.01770.09815.389215.3881-25.9335
42.6124-1.49491.498415.7599-7.48926.26770.01960.1674-0.1219-0.11920.44340.81480.227-0.3866-0.4630.08690.0172-0.02160.0949-0.00880.0814-8.906415.6744-21.8862
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A637 - 657
2X-RAY DIFFRACTION2A658 - 748
3X-RAY DIFFRACTION3A749 - 814
4X-RAY DIFFRACTION4A815 - 830

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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