PDB-3p02: Crystal structure of a protein of unknown function (BACOVA_00267)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p02

タイトル

Crystal structure of a protein of unknown function (BACOVA_00267) from Bacteroides ovatus at 1.55 A resolution

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY

機能・相同性

機能・相同性情報

Uncharacterised protein PF14274, DUF4361 / Domain of unknown function DUF4361 / Domain of unknown function DUF4973 / BT_3044-like, C-terminal / Domain of unknown function (DUF4973) / hypothetical protein (bacova_03559) / Lipocalin / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacteroides ovatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a protein of unknown function (BACOVA_00267) from Bacteroides ovatus at 1.55 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2010年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月20日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p02.cif.gz	154.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p02.ent.gz	123.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3p02_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3p02_full_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示
XML形式データ	3p02_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	3p02_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/3p02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/3p02	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4pan-d 5wfi-2 3ffb-d 6tur-4 1bof-d 2zo2-1 4n0e-d 3ums-d 6llk-d 4pee-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 416719

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.920, 61.920, 96.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY PROVIDES SUPPORTING EVIDENCE THAT A MONOMER IS A SIGNIFICANT OLIGOMERIC STATE IN SOLUTION.

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 36769.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (バクテリア) / 遺伝子: BACOVA_00267 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A7LR42
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 23-338 OF THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 19.50% polyethylene glycol 3350, 0.2570M lithium acetate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.86700,0.97925,0.97913

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月21日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.867	1
2	0.97925	1
3	0.97913	1

反射

解像度: 1.55→29.466 Å / Num. all: 45435 / Num. obs: 45435 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 13.713 Å² / R_sym value: 0.114 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.55-1.59	4.1	0.877	1.6	13680	3300	0.877	98.8
1.59-1.63	4.2	0.742	1.9	13282	3194	0.742	98.8
1.63-1.68	4.2	0.638	2.2	13057	3138	0.638	98.8
1.68-1.73	4.2	0.536	2.6	12565	3026	0.536	99.2
1.73-1.79	4.2	0.427	3.3	12266	2947	0.427	99.1
1.79-1.85	4.2	0.334	4.1	11847	2850	0.334	99.1
1.85-1.92	4.2	0.263	5.2	11582	2788	0.263	99.5
1.92-2	4.1	0.2	6.6	11022	2662	0.2	99.5
2-2.09	4.1	0.176	7.8	10682	2578	0.176	99.6
2.09-2.19	4.1	0.148	9	10166	2451	0.148	99.8
2.19-2.31	4.1	0.124	10.2	9707	2349	0.124	99.9
2.31-2.45	4.1	0.108	11.4	9294	2249	0.108	99.9
2.45-2.62	4.1	0.095	12.3	8638	2103	0.095	99.9
2.62-2.83	4.1	0.081	13.6	8093	1960	0.081	99.9
2.83-3.1	4.1	0.066	16	7528	1838	0.066	100
3.1-3.47	4.1	0.05	19.3	6759	1661	0.05	100
3.47-4	4	0.05	21.2	5931	1474	0.05	100
4-4.9	4	0.043	22.6	5010	1260	0.043	100
4.9-6.93	3.9	0.045	19	3915	1014	0.045	100
6.93-29.466	3.5	0.047	18.1	2101	593	0.047	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELX		位相決定
BUSTER-TNT	BUSTER 2.8.0	精密化
SCALA	3.3.15	data processing
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定
BUSTER	2.8.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.55→29.466 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9603 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9495 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19	2286	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1646	-	-	-
obs	0.1659	45381	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.62 Å² / B_iso mean: 21.216 Å² / B_iso min: 6.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.7679 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.4268 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.3411 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→29.466 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2527	0	24	489	3040

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1385	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	85	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	443	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	2869	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	370	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	3809	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	2869	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	3935	HARMONIC	2	1.02
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				4.36
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				2.66

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2494	175	5.31 %
R_work	0.2186	3122	-
all	0.2202	3297	-

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 35.2493 Å / Origin y: 44.684 Å / Origin z: 25.3416 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0033 Å²	0.0006 Å²	-0.0005 Å²	-	-0.0458 Å²	0.0029 Å²	-	-	-0.0354 Å²
L	0.2113 °²	-0.107 °²	-0.0347 °²	-	0.3671 °²	0.2404 °²	-	-	0.564 °²
S	-0.0041 Å °	-0.0232 Å °	0.0189 Å °	0.039 Å °	-0.0084 Å °	-0.0022 Å °	-0.0215 Å °	-0.0118 Å °	0.0124 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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