PDB-3oza: Crystal Structure of Plasmodium falciparum 3-Phosphoglycerate Kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oza

タイトル

Crystal Structure of Plasmodium falciparum 3-Phosphoglycerate Kinase

要素

Phosphoglycerate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Phosphoglycerate Kinase / Kinase / Nucleotide binding / ATP binding / Glycolysis / Malaraia Parasite

機能・相同性

機能・相同性情報

Gluconeogenesis / Glycolysis / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Smith, C.D. / Chattopadhyay, D. / Pal, B.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of Plasmodium falciparum phosphoglycerate kinase: Evidence for anion binding in the basic patch.
著者: Smith, C.D. / Chattopadhyay, D. / Pal, B.

履歴

登録	2010年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月14日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oza.cif.gz	243.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oza.ent.gz	197.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oza.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3oza_validation.pdf.gz	461.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3oza_full_validation.pdf.gz	479.4 KB	表示
XML形式データ	3oza_validation.xml.gz	49.7 KB	表示
CIF形式データ	3oza_validation.cif.gz	64.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/3oza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/3oza	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oz7C 1ltk C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nzt-d 3oz7-d 5vae-4 4fm2-d 5z68-1 4fly-d 5vae-2 6rh0-d 4fio-d 4r1d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Phosphoglycerate kinase

B: Phosphoglycerate kinase

C: Phosphoglycerate kinase

ヘテロ分子

141 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoglycerate kinase

B: Phosphoglycerate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Phosphoglycerate kinase

ヘテロ分子

C: Phosphoglycerate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.030, 147.610, 206.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Phosphoglycerate kinase 分子量: 46965.551 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: PGK, PFI1105w / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27362, phosphoglycerate kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: AMMONIUM SULFATE, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9793, 0.9792, 0.9537

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月17日

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SILICON / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9793	1
2	0.9792	1
3	0.9537	1

反射

解像度: 3→19.93 Å / Num. all: 36622 / Num. obs: 34736 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3→19.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 18.251 / SU ML: 0.333 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.478 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27138	3457	10 %	RANDOM
R_work	0.20031	-	-	-
obs	0.2072	31275	94.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.719 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→19.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9636	0	32	46	9714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	9794
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.166	1.979	13178
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.521	5	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.839	26.536	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.657	15	1896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.754	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	7094
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.417	1.5	6203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.81	2	9980
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.121	3	3591
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.935	4.5	3198
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	190	-
R_work	0.247	1954	-
obs	-	-	82.3 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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