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Yorodumi- PDB-3oy7: Crystal structure of a virus encoded glycosyltransferase in compl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3oy7 | ||||||
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Title | Crystal structure of a virus encoded glycosyltransferase in complex with GDP-mannose | ||||||
Components | Glycosyltransferase B736L | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / TRANSFERASE / Rossmann Fold / GLycosyltransferase / GDP-mannose / sugar / virus surface | ||||||
Function / homology | Rossmann fold - #11930 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE / Uncharacterized protein B736L Function and homology information | ||||||
Biological species | Paramecium bursaria Chlorella virus NY2A | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.73 Å | ||||||
Authors | Xiang, Y. / Rossmann, M.G. | ||||||
Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2010 Title: Crystal structure of a virus-encoded putative glycosyltransferase. Authors: Xiang, Y. / Baxa, U. / Zhang, Y. / Steven, A.C. / Lewis, G.L. / Van Etten, J.L. / Rossmann, M.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3oy7.cif.gz | 324.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3oy7.ent.gz | 268.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3oy7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/3oy7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/3oy7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 46679.293 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Paramecium bursaria Chlorella virus NY2A Gene: B736L, NY2A_B736L / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A7IXR1 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.39 Å3/Da / Density % sol: 63.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: crystallization solution:100mM Tris-HCl pH7.0, 20% w/v PEG3350 soaking solution: 100mM Tris-HCl pH7.0, 20% w/v PEG3350, 10mM GDP-mannose , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: MarCCD 300 / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2009 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. all: 34259 / Num. obs: 33711 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 19.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.74→2.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.566 / % possible all: 86.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.73→130.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 35.939 / SU ML: 0.331 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.688 / ESU R Free: 0.359 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.923 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.73→130.19 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.732→2.803 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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