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- PDB-3oy7: Crystal structure of a virus encoded glycosyltransferase in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oy7
タイトルCrystal structure of a virus encoded glycosyltransferase in complex with GDP-mannose
要素Glycosyltransferase B736L
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / TRANSFERASE (転移酵素) / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / GLycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / GDP-mannose / sugar (砂糖) / virus surface
機能・相同性Rossmann fold - #11930 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE / Uncharacterized protein B736L
機能・相同性情報
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus NY2A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Xiang, Y. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of a virus-encoded putative glycosyltransferase.
著者: Xiang, Y. / Baxa, U. / Zhang, Y. / Steven, A.C. / Lewis, G.L. / Van Etten, J.L. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2010年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyltransferase B736L
B: Glycosyltransferase B736L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5694
ポリマ－93,3592
非ポリマー1,2112
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area32230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.248, 243.189, 67.402
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETVALVALAA1 - 1641 - 164
21METMETVALVALBB1 - 1641 - 164
12ASPASPTHRTHRAA165 - 372165 - 372
22ASPASPTHRTHRBB165 - 372165 - 372
13LYSLYSARGARGAA373 - 392373 - 392
23LYSLYSARGARGBB373 - 392373 - 392

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Glycosyltransferase B736L


分子量: 46679.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paramecium bursaria Chlorella virus NY2A (ウイルス)
遺伝子: B736L, NY2A_B736L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7IXR1
#2: 化合物 ChemComp-GDD / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE / GDP-マンノ-ス / Guanosine diphosphate mannose


分子量: 605.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5O16P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: crystallization solution:100mM Tris-HCl pH7.0, 20% w/v PEG3350 soaking solution: 100mM Tris-HCl pH7.0, 20% w/v PEG3350, 10mM GDP-mannose , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MarCCD 300 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 34259 / Num. obs: 33711 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.74→2.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.566 / % possible all: 86.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.73→130.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 35.939 / SU ML: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.688 / ESU R Free: 0.359 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28965 1701 5 %RANDOM
Rwork0.25687 ---
obs0.25854 31999 98.69 %-
all-34259 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.923 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.07 Å20 Å20 Å2
2---1.16 Å20 Å2
3----4.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→130.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6202 0 78 9 6289
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0226422
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.061.9618702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0475782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.64323.586290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.406151098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.321540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2978
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.221.53886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.41926294
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.51132536
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8674.52408
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11299medium positional0.30.5
21634medium positional0.340.5
3169medium positional0.290.5
11299medium thermal0.222
21634medium thermal0.242
3169medium thermal0.212
LS精密化 シェル解像度: 2.732→2.803 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 101 -
Rwork0.319 2085 -
obs--87.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4262-0.47741.59213.78310.58822.60520.31590.2004-0.2973-0.6351-0.2569-0.09610.3618-0.0437-0.05910.20150.08130.00150.24970.01070.3256-32.6352-65.5826-17.8573
25.2972-0.35212.51039.72651.95572.13010.4285-0.53661.3372-1.8914-1.49991.6717-0.8466-1.13741.07142.18190.619-0.37431.1016-0.33990.9693-31.3595-8.5434-18.7269
31.7473-1.0979-1.12853.08451.62724.24010.23990.22140.1436-0.4422-0.28270.0495-0.9641-0.06530.04280.2374-0.0225-0.0560.34660.06130.2891-16.4553-37.7295-13.909
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 163
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 163
3X-RAY DIFFRACTION3A164 - 392
4X-RAY DIFFRACTION3B164 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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