PDB-3oxx: Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71V Protease in Complex with th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oxx

タイトル

Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71V Protease in Complex with the Protease Inhibitor Atazanavir

要素

HIV-1 PROTEASE

キーワード

Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / HIV-1 protease / inhibitor resistance / AIDS / Aspartyl protease / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Bandaranayake, R.M.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structural and thermodynamic basis of amprenavir/darunavir and atazanavir resistance in HIV-1 protease with mutations at residue 50.
著者: Mittal, S. / Bandaranayake, R.M. / King, N.M. / Prabu-Jeyabalan, M. / Nalam, M.N. / Nalivaika, E.A. / Yilmaz, N.K. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2010年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oxx.cif.gz	177.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oxx.ent.gz	143.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oxx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3oxx_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3oxx_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3oxx_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	3oxx_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/3oxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/3oxx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oxvC 3oxwC 1tsuS 3oy4 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5aha-d 3gi4-d 5cop-d 4coe-d 1kj4-1 2azc-d 3zps-d 8hvp-d 4qj8-1 4obd-1 1f7a-d 1qbu-d 4u7v-d 1kjg-d 4obk-d 2r43-d 2z54-d 1htf-d 2qnq-d 1kj7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

B: HIV-1 PROTEASE

A: HIV-1 PROTEASE

C: HIV-1 PROTEASE

D: HIV-1 PROTEASE

ヘテロ分子

45.9 kDa, 4 ポリマー
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1

B: HIV-1 PROTEASE

A: HIV-1 PROTEASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: HIV-1 PROTEASE

D: HIV-1 PROTEASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.238, 58.489, 62.118
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BACD

#1: タンパク質	HIV-1 PROTEASE / Retropepsin / PR 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 4 / 変異: Q7K, I50V, A71V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin

#1: タンパク質

HIV-1 PROTEASE / Retropepsin / PR

分子量: 10815.790 Da / 分子数: 4 / 変異: Q7K, I50V, A71V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin

-
非ポリマー , 6種, 166分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-DR7 / (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER / ATAZANAVIR / METHYL [(1S,4S,5S,10S)-4-BENZYL-1,10-DI-TERT-BUTYL-5-HYDROXY-2,9,12-TRIOXO-7-(4-PYRIDIN-2-YLBENZYL)-13-OXA-3,7,8,11-TETRAAZATET RADEC-1-YL]CARBAMATE / アタザナビル分子量: 704.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₅₂N₆O₇ / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.03 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月7日
詳細: Si (111) double-crystal monochromator, KB Mirror system

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 42578 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 13.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.65-1.71	3.8	0.335	1	99.8
1.71-1.78	4	0.241	1	99.7
1.78-1.86	4	0.176	1	99.9
1.86-1.96	3.9	0.128	1	99.6
1.96-2.08	3.9	0.095	1	99.6
2.08-2.24	3.9	0.071	1	99.6
2.24-2.46	3.8	0.057	1	99.7
2.46-2.82	3.8	0.044	1	99.5
2.82-3.55	3.6	0.034	1	98.4
3.55-50	3	0.032	1	68.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1TSU

1tsu

解像度: 1.65→27.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.807 / SU ML: 0.064 / SU R Cruickshank DPI: 0.1021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21524	2155	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17271	-	-	-
obs	0.17486	40294	95.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.008 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.72 Å²	0 Å²	0.03 Å²
2-	-	0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.21 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.426 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→27.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2935	0	179	148	3262

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3182
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.434	2.035	4332
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.219	3	5169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.101	5	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.764	24.316	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.958	15	496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.277	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	522
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	563
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.826	1.5	2001
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.133	1.5	831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.394	2	3238
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.291	3	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.63	4.5	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.249	152	-
R_work	0.217	2941	-
obs	-	-	94.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2505	4.0394	9.4882	10.7861	3.4328	13.8447	-0.1752	-0.0955	0.5542	-1.0902	-0.0666	0.5232	-0.3729	-0.2875	0.2418	0.326	0.0406	-0.0005	0.1609	0.0114	0.2832	16.87	14.03	13.873
2	19.7776	4.9081	1.7084	0.8032	0.7199	3.2643	0.0922	-0.0538	1.2814	0.0778	0.0008	0.3381	-0.0885	-0.1133	-0.0931	0.1057	0.0352	0.0209	0.0295	0.0058	0.2253	28.132	9.759	21.178
3	14.0572	-4.6352	-2.2149	3.2749	-2.378	2.7048	-0.0759	-0.0305	0.556	0.2065	0.203	-0.1196	-0.0968	-0.3596	-0.1271	0.1307	0.013	0.0252	0.1557	-0.0374	0.2129	33.231	7.768	23.833
4	6.5238	0.0547	-1.6464	3.6032	0.3043	2.4595	-0.0447	0.1477	0.2131	-0.0813	0.0181	0.0465	0.0086	-0.0459	0.0266	0.0828	-0.0143	-0.0288	0.0578	-0.0035	0.0664	20.284	16.384	28.335
5	9.1403	-3.4711	-11.2042	5.0413	6.4065	28.2539	-0.0512	-0.1235	0.0109	0.2052	0.2572	0.2567	-0.0434	0.0475	-0.206	0.0655	-0.0051	0.001	0.0198	0.0253	0.1187	29.218	10.706	32.498
6	0.2159	-2.0781	-0.3521	16.3697	8.4751	7.8703	0.095	0.0449	-0.3143	-0.1909	-0.0909	0.7156	-0.286	-0.5627	-0.0041	0.0744	0.0287	0.0136	0.1628	0.0496	0.2858	39.731	11.735	37.69
7	3.8923	0.4927	0.6626	5.4973	-0.3407	1.5078	-0.1764	0.2565	0.0187	-0.0624	0.1448	0.1743	-0.0878	0.0846	0.0316	0.096	0.0079	-0.007	0.0529	0.0319	0.0792	24.794	12.738	42.082
8	13.4741	1.6562	3.1776	7.4902	-0.2959	4.5766	0.0492	-0.7162	-0.2293	0.2576	-0.0413	0.1533	-0.12	-0.0506	-0.0079	0.0808	0.0016	0.014	0.0634	0.0337	0.0716	23.047	8.632	42.515
9	12.5689	-1.7393	9.9672	6.0667	-5.2579	9.5719	0.2219	0.3807	-0.4699	-0.2133	0.2311	0.5897	0.2735	0.1662	-0.453	0.0854	-0.0285	-0.0068	0.0922	0.0442	0.2867	35.566	16.501	37.62
10	12.6743	6.5802	-1.8215	19.5677	-4.9688	5.4882	-0.164	0.1519	0.5158	-0.027	0.2867	0.2821	-0.35	-0.055	-0.1227	0.0531	-0.0155	-0.0128	0.1015	0.0403	0.0449	34.47	17.718	22.558
11	2.6768	-2.7235	6.9483	8.5193	-7.6092	14.2553	-0.0803	-0.0109	-0.1739	-0.0052	0.2312	-0.0002	-0.2455	-0.1887	-0.1509	0.0943	-0.0188	-0.0017	0.152	0.03	0.1457	33.425	19.092	30.268
12	3.8502	2.1358	-3.0263	7.5319	-2.6765	5.5395	-0.0056	-0.2726	0.0109	0.4761	0.0754	0.1055	-0.1737	0.2284	-0.0698	0.0943	0.0311	0.0107	0.0828	-0.0017	0.0938	26.847	6.937	32.552
13	0.5442	0.7066	0.933	2.1827	-1.2051	1.4085	-0.1289	0.2509	0.0294	-0.0519	0.1465	0.1114	-0.0767	-0.0139	-0.0176	0.1113	-0.0217	-0.026	0.1903	0.0087	0.1044	26.246	21.213	26.238
14	34.6126	15.4585	-2.2629	9.3333	0.6071	15.021	-0.5565	0.802	-0.5468	-0.4168	0.6021	-0.2933	-0.0241	0.8479	-0.0455	0.1187	-0.05	-0.0416	0.1063	-0.0027	0.0411	15.619	22.79	18.989
15	6.2657	7.5367	0.2356	9.8123	-4.1738	6.0585	-0.3541	0.5587	-0.1931	-0.5481	0.1824	-0.3454	0.1151	0.1175	0.1718	0.2182	-0.0263	-0.0173	0.2614	-0.0103	0.1108	17.285	27.047	23.449
16	14.7878	1.2327	0.0973	5.2491	-0.9913	3.5861	0.0014	0.8142	-0.5237	-0.1632	0.0992	0.0547	0.3086	0.3509	-0.1006	0.1486	-0.0088	0.0116	0.1422	-0.0958	0.0957	13.414	23.706	31.049
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17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	12 - 18
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	19 - 24
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	25 - 32
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	33 - 39
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	40 - 45
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	46 - 53
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	54 - 58
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	59 - 64
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	65 - 71
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	72 - 77
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	78 - 84
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	85 - 94
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	95 - 99
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	1 - 6
31	X-RAY DIFFRACTION	31	C	7 - 12
32	X-RAY DIFFRACTION	32	C	13 - 21
33	X-RAY DIFFRACTION	33	C	22 - 29
34	X-RAY DIFFRACTION	34	C	30 - 35
35	X-RAY DIFFRACTION	35	C	36 - 42
36	X-RAY DIFFRACTION	36	C	43 - 47
37	X-RAY DIFFRACTION	37	C	48 - 54
38	X-RAY DIFFRACTION	38	C	55 - 59
39	X-RAY DIFFRACTION	39	C	60 - 67
40	X-RAY DIFFRACTION	40	C	68 - 76
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	77 - 84
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	85 - 93
43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	94 - 99
44	X-RAY DIFFRACTION	44	D	1 - 7
45	X-RAY DIFFRACTION	45	D	8 - 13
46	X-RAY DIFFRACTION	46	D	14 - 21
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51	X-RAY DIFFRACTION	51	D	51 - 58
52	X-RAY DIFFRACTION	52	D	59 - 64
53	X-RAY DIFFRACTION	53	D	65 - 70
54	X-RAY DIFFRACTION	54	D	71 - 78
55	X-RAY DIFFRACTION	55	D	79 - 84
56	X-RAY DIFFRACTION	56	D	85 - 93
57	X-RAY DIFFRACTION	57	D	94 - 99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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