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- PDB-3oxh: Mycobacterium tuberculosis kinase inhibitor homolog RV0577 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oxh
タイトルMycobacterium tuberculosis kinase inhibitor homolog RV0577
要素RV0577 PROTEIN
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / KINASE REGULATION / ANTIBIOTIC RESISTANCE / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / TB STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / TBSGC / BABBB fold
機能・相同性
機能・相同性情報


: / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glyoxalase-like domain, group 6 / : / Glyoxalase-like domain / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase ...Glyoxalase-like domain, group 6 / : / Glyoxalase-like domain / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PARA-MERCURY-BENZENESULFONIC ACID / Xylitol / Putative glyoxylase CFP32 / Putative glyoxylase CFP32
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Echols, N. / Flynn, E.M. / Stephenson, S. / Ng, H.-L. / Alber, T. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structural and Biophysical Characterization of the Mycobacterium tuberculosis Protein Rv0577, a Protein Associated with Neutral Red Staining of Virulent Tuberculosis Strains and ...タイトル: Structural and Biophysical Characterization of the Mycobacterium tuberculosis Protein Rv0577, a Protein Associated with Neutral Red Staining of Virulent Tuberculosis Strains and Homologue of the Streptomyces coelicolor Protein KbpA.
著者: Buchko, G.W. / Echols, N. / Flynn, E.M. / Ng, H.L. / Stephenson, S. / Kim, H.B. / Myler, P.J. / Terwilliger, T.C. / Alber, T. / Kim, C.Y.
履歴
登録2010年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月23日Group: Other
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RV0577 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2185
ポリマ－29,6371
非ポリマー5814
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.597, 81.981, 36.037
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 RV0577 PROTEIN


分子量: 29637.268 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37RV / 遺伝子: cfp30B, MT0606, MTV039.15, Rv0577, TB27.3 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A5N8, UniProt: P9WIR3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PMB / PARA-MERCURY-BENZENESULFONIC ACID


分子量: 357.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5HgO3S
#4: 糖 ChemComp-XYL / Xylitol / D-Xylitol / キシリト-ル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 152.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H12O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The residue at position 257 is confirmed to be an ALA. This could be reflective of the genomic DNA ...The residue at position 257 is confirmed to be an ALA. This could be reflective of the genomic DNA the protein was cloned from or a polymerase error.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.75
詳細: 1.1M NACITRATE, 4% BUTANOL, MES, PH 6.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.111.0094
シンクロトロンALS 8.3.120.97949, 0.97965, 1.00801
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月9日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1YSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.00941
20.979491
30.979651
41.008011
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 25186 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 18.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 23.125
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Rsym value: 0.56 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 4.246 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1230 4.9 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.178 25186 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.874 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å20 Å20 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1850 0 23 271 2144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221926
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.351.9492631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7783.0013920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1325248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.39624.93375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.06415263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.667154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.21699
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.2937
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21086
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.5320.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2420.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9881.51318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1961.5514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30621989
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1063767
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.964.5642
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 180 -
Rwork0.213 3335 -
obs--98.21 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.2861 Å / Origin y: 19.4825 Å / Origin z: 10.3077 Å
111213212223313233
T-0.0887 Å20.0105 Å2-0.0033 Å2--0.0956 Å20.0139 Å2---0.1224 Å2
L2.1191 °20.7197 °2-0.6666 °2-1.3752 °2-0.0954 °2--0.9636 °2
S-0.124 Å °0.0624 Å °-0.0589 Å °-0.069 Å °0.0559 Å °-0.0497 Å °0.019 Å °0.0222 Å °0.0681 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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