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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3owv
タイトルStructural insights into catalytic and substrate binding mechanisms of the strategic EndA nuclease from Streptococcus pneumoniae
要素DNA-entry nuclease
キーワードHYDROLASE / sequence nonspecific endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / establishment of competence for transformation / endonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
DNA/RNA non-specific endonuclease, active site / DNA/RNA non-specific endonucleases active site. / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-entry nuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Moon, A.F. / Midon, M. / Meiss, G. / Pingoud, A.M. / London, R.E. / Pedersen, L.C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Structural insights into catalytic and substrate binding mechanisms of the strategic EndA nuclease from Streptococcus pneumoniae.
著者: Moon, A.F. / Midon, M. / Meiss, G. / Pingoud, A. / London, R.E. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2010年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-entry nuclease
B: DNA-entry nuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7859
ポリマ－53,5592
非ポリマー2267
水8,917495
1
A: DNA-entry nuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8754
ポリマ－26,7801
非ポリマー953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA-entry nuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9105
ポリマ－26,7801
非ポリマー1314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.963, 75.931, 90.784
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA-entry nuclease / Competence-specific nuclease


分子量: 26779.693 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 31 to 274 / 変異: H160G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal His6x-GST fusion with a TEV protease cleavage site immediately preceding the EndA sequence
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / 遺伝子: endA, SP_1964 / プラスミド: pET30M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A3S3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Crystallization solution contained 0.1M Tris pH 7, 17% PEG8000, and 0.2M MgCl2. The crystal was transferred to a hanging drop containing 0.1M Tris pH 7, 75mM MaCl, 0.2M MgCl2, and 20% PEG800, ...詳細: Crystallization solution contained 0.1M Tris pH 7, 17% PEG8000, and 0.2M MgCl2. The crystal was transferred to a hanging drop containing 0.1M Tris pH 7, 75mM MaCl, 0.2M MgCl2, and 20% PEG800, which was then placed over a vapor diffusion chamber containing a sitting drop bridge with 25% glutaraldehyde. The crystal was cross-linked for 8 minutes at room temperature, then transferred to a soaking solution containing 0.1M Tris pH 7, 75mM NaCl, 0.2M MgCl2,20% PEG8000, 11.6mM trimethyl lead acetate, and 9.63mM triethyl lead acetate for 43 hrs at room temperature. The soaked crystal was then transferred to a cryoprotectant (0.1M Tris pH 7, 75mM NaCl, 0.2M MgCl2, 20% PEG8000, 15% ethylene glycol, 11.9mM trimethyl lead acetate, and 13.75mM triethyl lead acetate) in four steps, then flash frozen in liquid nitrogen. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.94 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月10日
放射モノクロメーター: double crystal monochrometer Si-220
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 46402 / Num. obs: 46402 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.56 / Rsym value: 0.371 / % possible all: 68.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
AutoBuildモデル構築
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoBuild位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: incomplete manually built model of EndA from a low resolution incompletely refined data set from an MBP-EndA fusion protein

解像度: 1.75→37.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 91449.58 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1962 4.3 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.195 45460 94.7 %-
all-45460 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.0725 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.55 Å20 Å2-0 Å2
2---2.71 Å2-0 Å2
3---8.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→37.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3337 0 7 495 3839
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.682.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 256 4.4 %
Rwork0.248 5593 -
obs--74.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramprotein.link
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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