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万見
- PDB-3owg: Crystal structure of vaccinia virus Polyadenylate polymerase(vp55) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3owg
タイトルCrystal structure of vaccinia virus Polyadenylate polymerase(vp55)
要素Poly(A) polymerase catalytic subunit
キーワードTRANSFERASE / RNA polyadenylate polymerase complex / translocation / polyadenylate polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(A) RNA polymerase activity / polynucleotide adenylyltransferase / mRNA processing / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poxvirus poly(A) polymerase, N domain / Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain / Poly(A) polymerase catalytic subunit, Poxviridae / Poxvirus poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, C-terminal / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, N-terminal / Poly(A) polymerase catalytic subunit superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, N-terminal domain superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain ...Poxvirus poly(A) polymerase, N domain / Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain / Poly(A) polymerase catalytic subunit, Poxviridae / Poxvirus poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, C-terminal / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, N-terminal / Poly(A) polymerase catalytic subunit superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, N-terminal domain superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain / Poxvirus poly(A) polymerase C-terminal domain / Poxvirus poly(A) polymerase N-terminal domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Poly(A) polymerase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus WR (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Li, C. / Li, H. / Zhou, S. / Gershon, P.D. / Poulos, T.L.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Domain-level rocking motion within a polymerase that translocates on single-stranded nucleic acid.
著者: Li, H. / Li, C. / Zhou, S. / Poulos, T.L. / Gershon, P.D.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of the vaccinia virus polyadenylate polymerase heterodimer: insights into ATP selectivity and processivity.
著者: Moure, C.M. / Bowman, B.R. / Gershon, P.D. / Quiocho, F.A.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Polymerase translocation with respect to single-stranded nucleic acid: looping or wrapping of primer around a poly(A) polymerase.
著者: Li, C. / Li, H. / Zhou, S. / Sun, E. / Yoshizawa, J. / Poulos, T.L. / Gershon, P.D.
履歴
登録2010年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月3日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(A) polymerase catalytic subunit
B: Poly(A) polymerase catalytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,8062
ポリマ－112,8062
非ポリマー00
水00
1
A: Poly(A) polymerase catalytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4031
ポリマ－56,4031
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Poly(A) polymerase catalytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4031
ポリマ－56,4031
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.128, 161.290, 97.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Poly(A) polymerase catalytic subunit / Poly(A) polymerase large subunit / PAP-L / VP55


分子量: 56403.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus WR (ウイルス) / 株: Western Reserve / 遺伝子: PAPL, VACWR057, E1L / プラスミド: pPG198 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P23371, polynucleotide adenylyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12-16%PEG 3350,200mM Na-citate, 5% glycero, 1mM DTT, pH ~9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 29731 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 90 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.577 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
Blu-IceIceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2GA9

2ga9


解像度: 2.86→41.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1227549.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED THE NCS RESTRAINTS (WEIGHT=100)WAS IMPOSED DURING REFINEMENTS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.316 1465 4.9 %RANDOM
Rwork0.253 ---
obs0.253 29693 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.8296 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 97.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.93 Å20 Å20 Å2
2---12.17 Å20 Å2
3----2.76 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.59 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.67 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→41.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7436 0 0 0 7436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINT
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 222 5.1 %
Rwork0.365 4153 -
obs-4153 88.6 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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