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- PDB-3ov3: G211F mutant of curcumin synthase 1 from Curcuma longa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ov3
タイトルG211F mutant of curcumin synthase 1 from Curcuma longa
要素Curcumin synthase
キーワードTRANSFERASE / type III polyketide synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


curcumin synthase / curcumin synthase activity / flavonoid biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Curcumin synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Curcuma longa (ウコン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Katsuyama, Y. / Miyazono, K. / Tanokura, M. / Ohnishi, Y. / Horinouchi, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A hydrophobic cavity discovered in a curcumin synthase facilitates utilization of a beta-keto acid as an extender substrate for the atypical type III polyleteide synthase
著者: Katsuyama, Y. / Miyazono, K. / Tanokura, M. / Ohnishi, Y. / Horinouchi, S.
履歴
登録2010年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Curcumin synthase
B: Curcumin synthase
C: Curcumin synthase
D: Curcumin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,93714
ポリマ－174,9164
非ポリマー1,02010
水4,756264
1
A: Curcumin synthase
B: Curcumin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9687
ポリマ－87,4582
非ポリマー5105
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area28250 Å2
手法PISA
2
C: Curcumin synthase
D: Curcumin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9687
ポリマ－87,4582
非ポリマー5105
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area28550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.700, 116.360, 221.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Curcumin synthase


分子量: 43729.109 Da / 分子数: 4 / 変異: G211F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Curcuma longa (ウコン) / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0SVZ6
#2: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.3 M sodium malonate pH 7.0, 25% PEG3350 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 68101 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 44.365 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 13.81
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.5-2.560.7380.8332.436096505149430.89697.9
2.56-2.640.6150.692.935788496148620.74298
2.64-2.710.5080.5983.534870476646810.64298.2
2.71-2.80.4550.5353.934184466345770.57498.2
2.8-2.890.3640.4384.733412452244450.47198.3
2.89-2.990.3020.3645.632526439443210.39198.3
2.99-3.10.2530.3066.631580424941850.32898.5
3.1-3.230.1780.222930276408440210.23898.5
3.23-3.370.1360.17111.628995391538540.18398.4
3.37-3.540.1040.13314.227782376137140.14398.8
3.54-3.730.0780.10318.126445358035300.11198.6
3.73-3.950.0590.08222.424972340033510.08898.6
3.95-4.230.0490.06825.523412320331680.07498.9
4.23-4.560.0380.05730.121503296729310.06298.8
4.56-50.0370.05531.220144277927420.05998.7
5-5.590.0440.06227.318170251124830.06698.9
5.59-6.450.0480.06725.116063223822130.07298.9
6.45-7.910.0340.04931.513555191418940.05399
7.91-11.180.020.03343.910328150314830.03698.7
11.180.0190.0345.845528947030.03278.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 20.022 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2473 3451 5.1 %RANDOM
Rwork0.1918 ---
obs0.1946 68101 98.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.37 Å2 / Biso mean: 37.4472 Å2 / Biso min: 14.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12160 0 70 264 12494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02212482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.451.96416878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1751552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.38423.31565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.843152127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.56915104
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21847
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5921.57724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.131212372
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94934758
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2784.54506
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 248 -
Rwork0.244 4622 -
all-4870 -
obs--97.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68320.00470.1590.8822-0.14330.6547-0.03560.0358-0.04560.07050.06260.03170.0191-0.0607-0.0270.013-0.00390.01770.09820.00140.068819.3553-18.1807-52.636
20.6231-0.35050.28581.4868-0.46180.7251-0.2016-0.09030.04420.38330.1442-0.1426-0.0786-0.04550.05740.1410.0688-0.04440.0599-0.02650.024838.512-26.3327-29.8971
30.74830.02580.01890.7319-0.1380.89290.04460.04190.01330.0318-0.02970.0485-0.0995-0.036-0.01490.01760.01120.01950.0645-0.00060.093311.641823.2357-23.0217
40.95320.41820.16761.08660.0931.1850.0862-0.0021-0.05990.2709-0.0435-0.03550.12550.0406-0.04280.0789-0.001-0.0060.03390.01410.040317.04112.4849-0.8329
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 391
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 391
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 393
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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