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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3out | ||||||
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タイトル | Crystal structure of glutamate racemase from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 in complex with D-glutamate. | ||||||
要素 | Glutamate racemase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Glutamate racemase / MurI / Cell envelope / Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamate racemase / glutamate racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Kudriska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, F.W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of glutamate racemase from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 in complex with D-glutamate. 著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Kudriska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, F.W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3out.cif.gz | 173.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3out.ent.gz | 145.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3out.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/3out ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/3out | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29939.773 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) 遺伝子: FTT_1197c, murI / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q5NFN6, glutamate racemase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.37 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M Tris, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月13日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→25.2 Å / Num. all: 172747 / Num. obs: 172747 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.71 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 3.16 / Num. unique all: 9026 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→25.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.687 / SU ML: 0.058 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.396 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→25.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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