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万見
- PDB-3oun: Crystal structure of the FhaA FHA domain complexed with the intra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oun
タイトルCrystal structure of the FhaA FHA domain complexed with the intracellular domain of Rv3910
要素
  • PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN
  • Putative uncharacterized protein TB39.8
キーワードPROTEIN BINDING/TRANSFERASE / peptidoglycan (ペプチドグリカン) / Ser/Thr kinase / pseudokinase / FHA domain / regulation (規制) / phosphorylation (リン酸化) / membrane associated intracellular / PROTEIN BINDING-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid-linked peptidoglycan transport / lipid-linked peptidoglycan transporter activity / lipid translocation / peptidoglycan biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / regulation of cell shape / membrane => GO:0016020 / mRNA binding / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
FhaA, N-terminal domain / FhaA, N-terminal domain superfamily / FhaA, N-terminal domain / Peptidoglycan biosynthesis protein MurJ / Lipid II flippase MurJ / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain ...FhaA, N-terminal domain / FhaA, N-terminal domain superfamily / FhaA, N-terminal domain / Peptidoglycan biosynthesis protein MurJ / Lipid II flippase MurJ / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Probable peptidoglycan biosynthesis protein MviN / FHA domain-containing protein FhaA / Probable peptidoglycan biosynthesis protein MviN
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.705 Å
データ登録者Gee, C.L. / Alber, T.
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2012
タイトル: A phosphorylated pseudokinase complex controls cell wall synthesis in mycobacteria
著者: Gee, C.L. / Papavinasasundaram, K.G. / Blair, S.R. / Baer, C.E. / Falick, A.M. / King, D.S. / Griffin, J.E. / Venghatakrishnan, H. / Zukauskas, A. / Wei, J.R. / Dhiman, R.K. / Crick, D.C. / ...著者: Gee, C.L. / Papavinasasundaram, K.G. / Blair, S.R. / Baer, C.E. / Falick, A.M. / King, D.S. / Griffin, J.E. / Venghatakrishnan, H. / Zukauskas, A. / Wei, J.R. / Dhiman, R.K. / Crick, D.C. / Rubin, E.J. / Sassetti, C.M. / Alber, T.
履歴
登録2010年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein TB39.8
B: PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2243
ポリマ－47,1692
非ポリマー551
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.709, 80.709, 139.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-283-

MN

21B-316-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein TB39.8


分子量: 16687.986 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 390-524 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv0020c, TB39.8 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)codon plus / 参照: UniProt: P71590
#2: タンパク質 PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN


分子量: 30481.244 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 676-963 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT4029, Rv3910 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: O05435, UniProt: P9WJK3*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M CaCl2, 0.1M MES pH 6, 1mM MnCl2, 20% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115872 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月10日 / 詳細: DCM
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 14950 / Num. obs: 14926 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rsym value: 0.23 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique all: 1467 / Rsym value: 0.904 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ELVES精密化
PHENIX- Phaserモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX- Phaser位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3OTV and 2FEZ

3otv

2fez


解像度: 2.705→49.431 Å / SU ML: 0.35 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2398 735 4.94 %Random
Rwork0.1838 ---
all0.1866 14950 --
obs0.1866 14885 99.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.856 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0094 Å2-0 Å20 Å2
2--0.0094 Å2-0 Å2
3----0.0189 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.705→49.431 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2624 0 1 177 2802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1143676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.095998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072426
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005495
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.705-2.91390.31251600.2404274699
2.9139-3.20710.24561370.19392789100
3.2071-3.6710.221500.15732814100
3.671-4.62460.19911450.132824100
4.6246-49.43890.20861430.17922977100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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