PDB-3oug: Crystal structure of cleaved L-aspartate-alpha-decarboxylase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oug

タイトル

Crystal structure of cleaved L-aspartate-alpha-decarboxylase from Francisella tularensis

要素

Aspartate 1-decarboxylase

キーワード

LYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / double-psi beta barrel / Aspartic alpha-decarboxylase / L-aspartate 1-carboxy-lyase (beta-alanine-forming) / pantothenate biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

alanine biosynthetic process / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / pantothenate biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / SAD with molecular replacement / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Nocek, B. / Gu, M. / Papazisi, L. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of cleaved L-aspartate-alpha-decarboxylase from Francisella tularensis
著者: Nocek, B. / Gu, M. / Papazisi, L. / Anderson, W. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3oug_full_validation.pdf.gz	507.2 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/3oug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/3oug	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2c45S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tik-3 2amt-2 5kk7-2 2amt-1 1gx1-d 1knj-1 5tik-1 5tik-2 4ayr-d 1h48-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: idp02730

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate 1-decarboxylase

B: Aspartate 1-decarboxylase

C: Aspartate 1-decarboxylase

E: Aspartate 1-decarboxylase

F: Aspartate 1-decarboxylase

G: Aspartate 1-decarboxylase

H: Aspartate 1-decarboxylase

I: Aspartate 1-decarboxylase

ヘテロ分子

103 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Aspartate 1-decarboxylase

B: Aspartate 1-decarboxylase

C: Aspartate 1-decarboxylase

E: Aspartate 1-decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.2 kDa, 4 ポリマー
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2

F: Aspartate 1-decarboxylase

G: Aspartate 1-decarboxylase

H: Aspartate 1-decarboxylase

I: Aspartate 1-decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.3 kDa, 4 ポリマー
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3

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.934, 80.525, 85.025
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Aspartate 1-decarboxylase / Aspartate alpha-decarboxylase / Aspartate 1-decarboxylase beta chain / Aspartate 1-decarboxylase alpha chain 分子量: 12709.223 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) 株: SCHU S4 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q5NF56, aspartate 1-decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 891 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 25% PeG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月9日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→40 Å / Num. all: 151160 / Num. obs: 150740 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 27.6
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / R_merge(I) obs: 0.663 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
Auto-Rickshaw		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: SAD with molecular replacement
開始モデル: 2C45

2c45

解像度: 1.55→28.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.989 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19704	972	6 %	RANDOM
R_work	0.17179	-	-	-
all	0.18	150301	-	-
obs	0.17196	149429	99.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.715 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→28.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6662	0	44	891	7597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	6972
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4742
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.51	1.993	9460
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.066	3	11800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.328	5	906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.997	26.138	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.221	15	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.872	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7513
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.028	1.5	4351
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.193	1.5	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.92	2	7141
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.646	3	2621
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.555	4.5	2284
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	73	-
R_work	0.3	10626	-
obs	-	-	96.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2075	1.2353	-0.6529	8.4214	-1.7695	6.3812	-0.0432	-0.0102	-0.0032	-0.4673	-0.0216	0.0316	-0.2046	0.0108	0.0648	0.221	-0.0212	-0.0464	0.1804	-0.0436	0.086	42.887	34.6726	3.1402
2	0.1369	0.0417	0.3297	1.5979	0.4889	1.1178	0.0043	0.0296	-0.0917	-0.1329	0.11	-0.1848	0.0058	0.092	-0.1143	0.159	0.0118	0.0233	0.1293	-0.0344	0.1682	56.3476	23.3724	20.7955
3	2.5783	-1.1896	0.9011	1.8277	-0.0323	3.4703	0.0517	0.2053	-0.1169	-0.26	-0.0525	-0.0423	0.0989	0.187	0.0008	0.2156	0.0312	0.0351	0.1327	-0.0498	0.1018	56.3733	20.0066	10.74
4	1.0966	0.2499	-1.172	0.9889	-0.5795	2.9175	0.0036	0.0892	-0.0943	-0.1744	0.0074	-0.0523	0.0485	0.0544	-0.011	0.1633	0.002	-0.0144	0.1408	-0.0267	0.1433	51.7784	28.0101	16.8184
5	3.4937	-1.0639	-2.1084	1.1227	0.1163	2.082	0.0855	0.1087	0.0624	-0.2305	-0.0043	-0.0019	0.0046	0.1075	-0.0812	0.1665	-0.0066	-0.0074	0.1582	-0.0241	0.1058	55.6533	30.0118	16.2112
6	1.1071	-0.6527	-1.4374	10.6624	4.3055	4.9827	0.0762	0.1471	-0.1727	-0.2768	-0.0817	-0.2464	0.1878	0.0327	0.0055	0.1913	0.0284	-0.0139	0.1411	-0.0231	0.1538	59.4005	16.361	16.3443
7	2.4146	2.8502	-0.3153	4.1531	-0.3887	0.0464	0.0057	0.0617	-0.0719	-0.0735	-0.0019	-0.1275	0.0223	-0.0102	-0.0037	0.1373	0.0153	-0.001	0.1523	-0.0057	0.131	57.7972	27.9257	26.5264
8	2.1167	0.3514	-0.2515	0.0815	0.38	7.9597	-0.0631	0.1176	-0.1105	0.0039	0.0027	-0.0134	0.3181	-0.1163	0.0604	0.2002	-0.0115	-0.0264	0.113	-0.0199	0.1579	47.916	23.977	18.8136
9	1.3515	-0.5427	0.9121	4.2416	-0.8252	1.8394	-0.1957	0.0869	-0.2999	-0.4877	-0.0485	-0.106	-0.2244	0.117	0.2442	0.234	-0.0032	0.0018	0.16	-0.0274	0.2357	43.0055	34.1184	0.392
10	5.1896	-4.5607	5.8614	4.1935	-6.1458	12.1932	0.0446	0.1804	-0.3328	-0.1355	-0.0675	0.2275	0.3201	-0.2438	0.0229	0.2934	-0.074	-0.0566	0.1256	-0.0869	0.114	42.0079	21.2047	7.3843
11	5.962	-1.3745	-0.8007	0.3918	0.7959	5.2255	0.0918	0.3245	-0.0287	-0.0932	-0.0445	0.0089	-0.3715	0.3764	-0.0474	0.4344	0.0076	-0.0992	0.1657	-0.0134	0.027	43.9189	47.7055	2.9108
12	1.648	0.8283	-0.9665	1.5512	-1.4184	1.7604	-0.0028	0.1062	0.1201	-0.0854	0.0301	0.2582	-0.0877	-0.1273	-0.0273	0.138	0.0065	-0.0651	0.162	0.0005	0.168	29.3331	41.9055	17.9574
13	2.6646	-2.1966	2.0606	1.8841	-1.4448	2.4726	0.3249	0.1655	-0.3905	-0.2585	-0.1129	0.3513	0.2862	0.2102	-0.212	0.2033	-0.0627	-0.0333	0.1372	-0.044	0.2467	35.8428	24.1502	23.474
14	2.5428	0.527	-1.4784	3.3136	-1.7944	1.5892	-0.0427	0.3038	-0.0865	-0.3481	0.0375	0.2101	0.1721	-0.2389	0.0052	0.1763	-0.0181	-0.1425	0.1995	-0.091	0.1872	27.7829	35.1289	9.8414
15	0.4368	-0.1499	-0.4772	1.2356	1.3205	3.5322	0.0066	0.0645	-0.0602	-0.1509	0.0035	0.1121	0.0183	-0.0552	-0.0101	0.1499	-0.0025	-0.0329	0.1429	0.0082	0.1421	36.7842	38.1665	17.0321
16	2.2249	0.4885	-0.6211	13.453	7.1101	4.3153	-0.0269	0.0595	0.0179	0.0022	0.1722	-0.0571	0.0688	0.244	-0.1453	0.1889	0.0407	-0.015	0.1982	-0.0239	0.1338	42.0636	38.6627	20.0174
17	7.802	-0.1645	-0.6946	1.7262	0.3635	2.3135	-0.0163	0.2703	-0.301	-0.3249	0.028	0.2745	0.0804	-0.298	-0.0117	0.172	-0.0373	-0.0753	0.1383	-0.0085	0.1623	27.5033	29.4587	13.6531
18	2.9587	-1.8915	0.6325	1.3632	-0.3374	0.1648	0.0084	0.0836	-0.1064	-0.0914	0.0112	0.0908	-0.0344	0.0527	-0.0196	0.1429	-0.0239	-0.0171	0.1509	0.0016	0.1501	37.1673	30.9361	24.6422
19	1.9178	1.0847	-3.0565	1.5971	-1.2181	5.907	-0.0276	0.136	0.0524	-0.2909	0.088	0.0952	-0.1899	-0.1619	-0.0604	0.1982	0.0027	-0.0711	0.1554	-0.0165	0.1345	37.0834	43.8113	11.0767
20	4.5982	3.8503	-5.7769	3.8341	-3.3996	12.046	0.0602	0.2885	0.3177	-0.2636	0.0324	0.4962	-0.6353	-0.587	-0.0927	0.2157	0.0937	-0.1769	0.2691	-0.0251	0.1868	29.053	47.1371	8.6475
21	28.3624	-4.1358	10.6577	1.0588	-2.4582	5.8013	-0.0875	0.6859	-0.3992	-0.0945	-0.0033	-0.0658	0.1511	0.0648	0.0908	0.3354	0.0058	0.057	0.1925	-0.0477	0.0429	53.9937	33.2314	2.9363
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65	6.8758	0.6827	-5.1371	2.048	-0.4458	3.8408	0.1635	-0.0888	0.0911	0.0119	-0.0919	-0.0479	-0.1202	0.0548	-0.0716	0.1218	0.007	-0.0103	0.1576	0.0031	0.1381	42.3637	33.2287	47.1199
66	1.6032	2.0826	0.1246	6.4585	0.4143	1.7499	0.0449	-0.1045	-0.0775	0.1126	-0.064	0.1712	0.0563	-0.0506	0.0191	0.1003	-0.0128	0.0009	0.1489	0.0201	0.1624	32.3656	19.1996	49.4313
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68	1.5441	1.5694	2.3909	1.9802	2.6563	7.1238	0.0024	-0.1344	-0.0412	0.0297	0.0174	-0.0873	-0.0115	0.0682	-0.0198	0.123	0.0085	0.0027	0.1452	0.0241	0.149	49.7429	28.015	52.6656
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75	7.0686	0.6423	5.3672	1.6608	0.6739	4.0976	0.1251	-0.0925	-0.0665	0.0196	-0.0809	0.0677	0.0907	-0.0711	-0.0443	0.1281	0.0051	0.01	0.1541	-0.0031	0.1326	56.5394	47.3885	47.2387
76	1.0746	1.7842	0.5892	4.9834	0.4583	1.9424	0.0082	-0.0899	0.0632	0.0637	-0.0183	-0.2064	-0.0856	0.0747	0.0101	0.1054	-0.0109	0.0056	0.1492	-0.0145	0.1528	65.8852	60.6962	48.6621
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78	1.4796	1.2124	-2.1285	1.1878	-2.3317	7.0067	0.0166	-0.1226	-0.0124	-0.032	-0.0021	0.0774	0.0508	0.0153	-0.0145	0.1249	-0.0029	0.0018	0.1382	-0.0064	0.1456	50.5257	53.4457	50.6187
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80	6.2311	4.0553	-6.8285	3.3894	-4.6426	13.5206	0.0408	-0.0184	0.3137	0.3478	-0.0541	0.1623	-0.3733	-0.2084	0.0134	0.1934	-0.0019	0.0225	0.0925	-0.0697	0.1503	49.1416	62.493	53.5453

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 22
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	23 - 39
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	40 - 53
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	54 - 62
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	63 - 72
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	73 - 84
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	85 - 89
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	90 - 98
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	99 - 109
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	1 - 7
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	8 - 15
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	16 - 26
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	27 - 39
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	40 - 53
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	54 - 58
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	59 - 69
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	70 - 81
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	82 - 98
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	99 - 109
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	1 - 6
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	7 - 17
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	18 - 22
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	26 - 39
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	40 - 53
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	54 - 67
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	68 - 73
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	74 - 84
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	85 - 98
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	99 - 109
31	X-RAY DIFFRACTION	31	E	1 - 17
32	X-RAY DIFFRACTION	32	E	18 - 23
33	X-RAY DIFFRACTION	33	E	26 - 38
34	X-RAY DIFFRACTION	34	E	39 - 53
35	X-RAY DIFFRACTION	35	E	54 - 59
36	X-RAY DIFFRACTION	36	E	60 - 71
37	X-RAY DIFFRACTION	37	E	72 - 84
38	X-RAY DIFFRACTION	38	E	85 - 95
39	X-RAY DIFFRACTION	39	E	96 - 101
40	X-RAY DIFFRACTION	40	E	102 - 109
41	X-RAY DIFFRACTION	41	F	1 - 6
42	X-RAY DIFFRACTION	42	F	7 - 22
43	X-RAY DIFFRACTION	43	F	23 - 31
44	X-RAY DIFFRACTION	44	F	32 - 39
45	X-RAY DIFFRACTION	45	F	40 - 54
46	X-RAY DIFFRACTION	46	F	55 - 59
47	X-RAY DIFFRACTION	47	F	60 - 69
48	X-RAY DIFFRACTION	48	F	70 - 82
49	X-RAY DIFFRACTION	49	F	83 - 98
50	X-RAY DIFFRACTION	50	F	99 - 109
51	X-RAY DIFFRACTION	51	G	1 - 6
52	X-RAY DIFFRACTION	52	G	7 - 17
53	X-RAY DIFFRACTION	53	G	18 - 23
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79	X-RAY DIFFRACTION	79	I	95 - 100
80	X-RAY DIFFRACTION	80	I	101 - 109

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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