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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 3oug | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Crystal structure of cleaved L-aspartate-alpha-decarboxylase from Francisella tularensis | ||||||
要素 | Aspartate 1-decarboxylase | ||||||
キーワード | LYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / double-psi beta barrel / Aspartic alpha-decarboxylase / L-aspartate 1-carboxy-lyase (beta-alanine-forming) / pantothenate biosynthesis | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報alanine biosynthetic process / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / pantothenate biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / SAD with molecular replacement / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Nocek, B. / Gu, M. / Papazisi, L. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Publishedタイトル: Crystal structure of cleaved L-aspartate-alpha-decarboxylase from Francisella tularensis 著者: Nocek, B. / Gu, M. / Papazisi, L. / Anderson, W. / Joachimiak, A. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 3oug.cif.gz | 388.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb3oug.ent.gz | 325.9 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 3oug.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 3oug_validation.pdf.gz | 496.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 3oug_full_validation.pdf.gz | 507.2 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 3oug_validation.xml.gz | 44.4 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 3oug_validation.cif.gz | 63.5 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/3oug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/3oug | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 2c45S S: 精密化の開始モデル |
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| 類似構造データ | |
| その他のデータベース |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 単位格子 |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 12709.223 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)株: SCHU S4 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 25% PeG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å |
| 検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月9日 / 詳細: mirrors |
| 放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 1.55→40 Å / Num. all: 151160 / Num. obs: 150740 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 27.6 |
| 反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.663 / % possible all: 99.7 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: SAD with molecular replacement 開始モデル: 2C45 解像度: 1.55→28.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.989 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| 溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 17.715 Å2
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| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→28.66 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
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ムービー
コントローラー
万見について




Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
X線回折
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