PDB-3ou6: DhpI-SAM complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ou6

タイトル

DhpI-SAM complex

要素

SAM-dependent methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / O-methyltransferase / SAM

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic biosynthetic process / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces luridus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Bae, B. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Characterization and structure of DhpI, a phosphonate O-methyltransferase involved in dehydrophos biosynthesis.
著者: Lee, J.H. / Bae, B. / Kuemin, M. / Circello, B.T. / Metcalf, W.W. / Nair, S.K. / van der Donk, W.A.

履歴

登録	2010年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ou6.cif.gz	189.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ou6.ent.gz	152.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ou6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ou6_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ou6_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3ou6_validation.xml.gz	39.8 KB	表示
CIF形式データ	3ou6_validation.cif.gz	55.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/3ou6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/3ou6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ou2C 3ou7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ou7-2 5vwv-2 3ou7-1 4g0d-4 4g0d-1 6xhh-d 1xdg-d 4izk-d 3dsz-d 1u80-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SAM-dependent methyltransferase

B: SAM-dependent methyltransferase

C: SAM-dependent methyltransferase

D: SAM-dependent methyltransferase

ヘテロ分子

100 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SAM-dependent methyltransferase

D: SAM-dependent methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SAM-dependent methyltransferase

C: SAM-dependent methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	166.428, 166.428, 168.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	SAM-dependent methyltransferase 分子量: 24605.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces luridus (バクテリア) 遺伝子: dhpI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: D7PC21
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.97 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.6 M Ammonium sulphate, 100 mM Tris-HCl pH=8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.3→46.47 Å / Num. all: 60586 / Num. obs: 60586 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.3 % / R_merge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 39.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 17.4 % / R_merge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Num. unique all: 6000 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0056	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 5.341 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23728	3082	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19021	-	-	-
obs	0.19259	57936	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.791 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.35 Å²	0.67 Å²	0 Å²
2-	-	1.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6749	0	128	492	7369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	7055
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.429	1.948	9608
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.281	5	841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.42	22.427	379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.695	15	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.242	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5590
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.738	1.5	4221
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.419	2	6750
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.174	3	2834
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.566	4.5	2858
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	234	-
R_work	0.23	4167	-
obs	-	-	99.86 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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