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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3otv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the intracellular domain of Rv3910 from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
![]() | PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN | ||||||
![]() | TRANSFERASE / peptidoglycan / Ser/Thr kinase / pseudokinase / Regulation / Membrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() lipid-linked peptidoglycan transport / lipid-linked peptidoglycan transporter activity / lipid translocation / peptidoglycan biosynthetic process / regulation of cell shape / membrane => GO:0016020 / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gee, C.L. / Alber, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A phosphorylated pseudokinase complex controls cell wall synthesis in mycobacteria 著者: Gee, C.L. / Papavinasasundaram, K.G. / Blair, S.R. / Baer, C.E. / Falick, A.M. / King, D.S. / Griffin, J.E. / Venghatakrishnan, H. / Zukauskas, A. / Wei, J.R. / Dhiman, R.K. / Crick, D.C. / ...著者: Gee, C.L. / Papavinasasundaram, K.G. / Blair, S.R. / Baer, C.E. / Falick, A.M. / King, D.S. / Griffin, J.E. / Venghatakrishnan, H. / Zukauskas, A. / Wei, J.R. / Dhiman, R.K. / Crick, D.C. / Rubin, E.J. / Sassetti, C.M. / Alber, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 471.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30133.941 Da / 分子数: 4 / 断片: Intracellular domain, UNP residues 679-963 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: MT4029, Rv3910 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.52 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.7-0.8M succinate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月9日 / 詳細: Double flat crystal, Si(111) |
放射 | モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.115872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.094→40.814 Å / Num. all: 18293 / Num. obs: 15986 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 53.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.631 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique all: 1290 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 70.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3OUK 解像度: 3.094→40.814 Å / SU ML: 0.43 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Phenix
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.537 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.5 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.512 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.094→40.814 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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