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- PDB-3oss: The crystal structure of enterotoxigenic Escherichia coli GspC-Gs... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oss
タイトルThe crystal structure of enterotoxigenic Escherichia coli GspC-GspD complex from the type II secretion system
要素
  • TYPE 2 SECRETION SYSTEM, GSPC
  • TYPE 2 SECRETION SYSTEM, SECRETIN GSPD
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GENERAL SECRETORY PATHWAY / HR DOMAIN / SECRETIN / LANTHANIDE-BINDING TAG
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / cell outer membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #830 / Type II secretion system protein GspC / Bacterial type II secretion system protein C signature. / Type II secretion system protein GspC, N-terminal / Type II secretion system protein C / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Type II secretion system protein GspD / : / GspD-like, N0 domain / GspD/PilQ family ...SH3 type barrels. - #830 / Type II secretion system protein GspC / Bacterial type II secretion system protein C signature. / Type II secretion system protein GspC, N-terminal / Type II secretion system protein C / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Type II secretion system protein GspD / : / GspD-like, N0 domain / GspD/PilQ family / : / NolW-like / NolW-like superfamily / Bacterial type II/III secretion system short domain / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / PDZ superfamily / SH3 type barrels. / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Secretin GspD 2 / Type II secretion system protein C 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Korotkov, K.V. / Pruneda, J. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: Structural and functional studies on the interaction of GspC and GspD in the type II secretion system.
著者: Korotkov, K.V. / Johnson, T.L. / Jobling, M.G. / Pruneda, J. / Pardon, E. / Heroux, A. / Turley, S. / Steyaert, J. / Holmes, R.K. / Sandkvist, M. / Hol, W.G.
履歴
登録2010年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月10日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22011年11月2日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: TYPE 2 SECRETION SYSTEM, GSPC
D: TYPE 2 SECRETION SYSTEM, SECRETIN GSPD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3884
ポリマ－27,3122
非ポリマー762
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.500, 76.810, 85.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細BIOLOGICAL UNIT IS A DODECAMER, IT IS UNKNOWN AT THE MOMENT HOW INDIVIDUAL SUBUNITS ARE ASSEMBLED IN VIVO

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要素

#1: タンパク質 TYPE 2 SECRETION SYSTEM, GSPC


分子量: 7585.665 Da / 分子数: 1 / 断片: HR DOMAIN, RESIDUES 122-186 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: H10407 / 遺伝子: GSPC / プラスミド: pCDF-NT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E3PJ87
#2: タンパク質 TYPE 2 SECRETION SYSTEM, SECRETIN GSPD


分子量: 19726.424 Da / 分子数: 1 / 断片: N0 AND N1 DOMAINS, RESIDUES 1-165 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: H10407 / 遺伝子: GSPD / プラスミド: pCDF-NT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E3PJ86
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A LANTHANIDE BINDING TAG (LBT) WITH THE SEQUENCE YIDTNNDGYIEGDEL WAS INSERTED BETWEEN RESIDUES ...A LANTHANIDE BINDING TAG (LBT) WITH THE SEQUENCE YIDTNNDGYIEGDEL WAS INSERTED BETWEEN RESIDUES MET100 AND VAL113 OF GSPD

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.9M MG SULFATE, 0.1M BIS-TRIS PROPANE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月18日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→42.88 Å / Num. all: 17264 / Num. obs: 9399 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 11.04
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.63-2.70.9032199.8
2.7-2.770.7822.21100
2.77-2.850.662.6199.8
2.85-2.940.4833.5199.9
2.94-3.040.4134199.9
3.04-3.140.3165199.9
3.14-3.260.2995.3199.8
3.26-3.40.27.9199.8
3.4-3.550.1549.41100
3.55-3.720.12111.81100
3.72-3.920.1113.2199.8
3.92-4.160.08316.1199.9
4.16-4.450.06120.71100
4.45-4.80.04824.71100
4.8-5.260.05423.21100
5.26-5.880.06619.51100
5.88-6.790.06319.91100
6.79-8.320.04326.8199.8
8.32-11.760.02741.21100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 42.48 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å39.15 Å
Translation3 Å39.15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EZJ

3ezj


解像度: 2.63→42.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 29.319 / SU ML: 0.284 / SU R Cruickshank DPI: 0.5582 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.558 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26486 457 4.9 %RANDOM
Rwork0.21261 ---
obs0.2151 8942 99.93 %-
all-9405 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.234 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.37 Å20 Å20 Å2
2---3.24 Å20 Å2
3----3.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→42.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1728 0 2 45 1775
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221752
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021173
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3141.9722364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81132865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8035219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.86524.3982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.25215314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1481515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02335
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4021.51102
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0611.5453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80721777
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3853650
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5134.5587
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.63→2.698 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 39 -
Rwork0.371 650 -
obs--99.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.52480.895-1.12811.9253-2.94876.79190.0599-0.3147-0.45990.80640.0524-0.06580.0048-0.0183-0.11230.16540.0031-0.07270.1288-0.0030.1034-0.5426-19.987528.4709
26.8326-0.52781.49155.1312-3.08858.0520.276-0.7453-0.32350.9459-0.1608-0.40720.47670.31-0.11520.382-0.0266-0.07050.16860.01070.27266.9874-20.568930.7549
30.8439-1.5798-0.26015.8661.44.90550.06050.0276-0.06850.2459-0.09350.3205-0.1491-0.28390.0330.136-0.0053-0.03380.0825-0.00140.0618-9.0752-7.28420.8481
43.44430.59490.38395.76-1.98688.0758-0.03420.24330.06230.2458-0.0471-0.056-0.04490.0870.08140.05990.0203-0.01890.0489-0.02760.0954-8.4647-7.3998-0.1067
51.33323.1544-2.037631.6126-11.22154.8168-0.0086-0.29780.0863-0.0214-0.177-1.08590.0320.3410.18560.34320.0071-0.03770.3089-0.07460.1745-5.129412.787529.7348
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C122 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2C151 - 186
3X-RAY DIFFRACTION3D3 - 70
4X-RAY DIFFRACTION3D74 - 80
5X-RAY DIFFRACTION4D99 - 165
6X-RAY DIFFRACTION5D699 - 800

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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