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- PDB-3osj: X-Ray Structure of Phycobilisome LCM core-membrane linker polypep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3osj
タイトルX-Ray Structure of Phycobilisome LCM core-membrane linker polypeptide (fragment 254-400) from Synechocystis sp. PCC 6803, Northeast Structural Genomics Consortium Target SgR209C
要素Phycobilisome LCM core-membrane linker polypeptide
キーワードPROTEIN BINDING / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ） / phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Phycobilisome linker domain / serine acetyltransferase, domain 1 / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily ...Phycobilisome linker domain / serine acetyltransferase, domain 1 / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Phycobiliprotein ApcE
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kuzin, A. / Su, M. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. ...Kuzin, A. / Su, M. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target SgR209C
著者: Kuzin, A. / Su, M. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2010年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phycobilisome LCM core-membrane linker polypeptide
B: Phycobilisome LCM core-membrane linker polypeptide
C: Phycobilisome LCM core-membrane linker polypeptide
D: Phycobilisome LCM core-membrane linker polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,78612
ポリマ－67,5634
非ポリマー2238
水8,593477
1
A: Phycobilisome LCM core-membrane linker polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9604
ポリマ－16,8911
非ポリマー693
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phycobilisome LCM core-membrane linker polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9142
ポリマ－16,8911
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Phycobilisome LCM core-membrane linker polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9373
ポリマ－16,8911
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Phycobilisome LCM core-membrane linker polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9763
ポリマ－16,8911
非ポリマー852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.568, 79.607, 73.705
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細monomer,18.84 kD,96.3%|aggregated,7874 kD,4.23%

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要素

#1: タンパク質
Phycobilisome LCM core-membrane linker polypeptide


分子量: 16890.873 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 254-400 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: Q55544
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5). Reservoir solution: NaNo3 - 0.1M, MES - 0.1M, PEG 4000 - 20%, microbatch under oil, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97908
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 58232 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 15.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 16.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→41.29 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.28 / σ(F): 0.55 / 位相誤差: 22.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 2000 7.4 %
Rwork0.162 --
obs0.167 27032 98.3 %
all-27038 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 23.55 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.562 Å20 Å2-1.608 Å2
2---1.319 Å2-0 Å2
3---4.881 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4366 0 11 477 4854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0226018
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3061722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065631
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005782
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.3580.2641390.1641739X-RAY DIFFRACTION97
2.358-2.4210.2381410.1571760X-RAY DIFFRACTION97
2.421-2.4930.251400.161759X-RAY DIFFRACTION98
2.493-2.5730.2891430.1741791X-RAY DIFFRACTION98
2.573-2.6650.261430.1661789X-RAY DIFFRACTION98
2.665-2.7720.2361410.1581756X-RAY DIFFRACTION98
2.772-2.8980.2451430.1581795X-RAY DIFFRACTION98
2.898-3.050.2451410.161766X-RAY DIFFRACTION98
3.05-3.2410.2141440.1671808X-RAY DIFFRACTION99
3.241-3.4920.2071440.1731801X-RAY DIFFRACTION98
3.492-3.8430.2311430.1521794X-RAY DIFFRACTION98
3.843-4.3980.2131440.1421799X-RAY DIFFRACTION99
4.398-5.5390.1861450.1461815X-RAY DIFFRACTION99
5.539-41.2980.2131490.1911860X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.6988 Å / Origin y: 29.3869 Å / Origin z: 60.2793 Å
111213212223313233
T0.0086 Å2-0.0056 Å20.0024 Å2-0.0077 Å20.0011 Å2--0.0106 Å2
L0.0014 °20.0005 °20.0265 °2-0.0145 °20.02 °2--0.0182 °2
S-0.0087 Å °-0.0156 Å °0.006 Å °-0.0068 Å °0.0015 Å °-0.0159 Å °0 Å °-0.013 Å °0.0013 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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