[日本語] English
万見
- PDB-3ory: Crystal structure of Flap endonuclease 1 from hyperthermophilic a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ory
タイトルCrystal structure of Flap endonuclease 1 from hyperthermophilic archaeon Desulfurococcus amylolyticus
要素flap endonuclease 1
キーワードHYDROLASE / endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-flap endonuclease activity / DNA replication, removal of RNA primer / 5'-3' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Flap structure-specific endonuclease, archaea / Flap endonuclease 1 / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region ...Flap structure-specific endonuclease, archaea / Flap endonuclease 1 / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / 5'-nuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Flap endonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfurococcus amylolyticus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mase, T. / Kubota, K. / Miyazono, K. / Kawarabayashii, Y. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structure of flap endonuclease 1 from the hyperthermophilic archaeon Desulfurococcus amylolyticus
著者: Mase, T. / Kubota, K. / Miyazono, K. / Kawarabayasi, Y. / Tanokura, M.
履歴
登録2010年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: flap endonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1644
ポリマ－40,8791
非ポリマー2853
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: flap endonuclease 1
ヘテロ分子

A: flap endonuclease 1
ヘテロ分子

A: flap endonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,49212
ポリマ－122,6373
非ポリマー8559
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area46320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.760, 103.760, 84.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

-
要素

#1: タンパク質 flap endonuclease 1


分子量: 40879.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfurococcus amylolyticus (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2Z289*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN FROM DESULFUROCOCCUS AMYLOLYTICUS DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.1M Tris-HCl, 1.98M ammonium dihydrogen phosphate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月21日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 35852 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.098 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22464 1793 5 %RANDOM
Rwork0.21034 ---
obs0.21106 34057 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.029 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.02 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2701 0 15 101 2817
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.11923735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8675341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.04624.417120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.61415513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0911519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5921.51704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13822756
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75731058
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0674.5979
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 134 -
Rwork0.264 2445 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.622 Å / Origin y: 40.091 Å / Origin z: 18.71 Å
111213212223313233
T0.0511 Å20.0408 Å20.011 Å2-0.1011 Å2-0.013 Å2--0.0387 Å2
L0.8261 °2-0.4812 °20.0302 °2-0.7657 °2-0.1133 °2--0.3987 °2
S-0.1134 Å °-0.2204 Å °0.0954 Å °0.0856 Å °0.0788 Å °0.0326 Å °0.0622 Å °0.0293 Å °0.0346 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る