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万見
- PDB-3orh: Human guanidinoacetate N-methyltransferase with SAH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3orh
タイトルHuman guanidinoacetate N-methyltransferase with SAH
要素Guanidinoacetate N-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / GUANIDINOACETATE N-METHYLTRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


guanidinoacetate N-methyltransferase / guanidinoacetate N-methyltransferase activity / creatine metabolic process / Creatine metabolism / creatine biosynthetic process / Transcriptional Regulation by MECP2 / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / regulation of multicellular organism growth / methyltransferase activity / muscle contraction ...guanidinoacetate N-methyltransferase / guanidinoacetate N-methyltransferase activity / creatine metabolic process / Creatine metabolism / creatine biosynthetic process / Transcriptional Regulation by MECP2 / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / regulation of multicellular organism growth / methyltransferase activity / muscle contraction / animal organ morphogenesis / methylation / spermatogenesis / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Guanidinoacetate N-methyltransferase / Arginine N-methyltransferase 2-like domain / Arginine and arginine-like N-methyltransferase domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Guanidinoacetate N-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Dong, A. / Wu, H. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The crystal structure of human guanidinoacetate N-methyltransferase with SAH
著者: Wu, H. / Dong, A. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N.
履歴
登録2010年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年9月15日ID: 1ZX0
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanidinoacetate N-methyltransferase
B: Guanidinoacetate N-methyltransferase
C: Guanidinoacetate N-methyltransferase
D: Guanidinoacetate N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,9268
ポリマ－105,3884
非ポリマー1,5384
水17,673981
1
A: Guanidinoacetate N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7322
ポリマ－26,3471
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Guanidinoacetate N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7322
ポリマ－26,3471
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Guanidinoacetate N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7322
ポリマ－26,3471
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Guanidinoacetate N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7322
ポリマ－26,3471
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.327, 200.327, 52.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質
Guanidinoacetate N-methyltransferase


分子量: 26347.123 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAMT / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q14353, guanidinoacetate N-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 981 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.01 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 21% PEG3350, 0.1M CACL2, 0.1M TRIS, 1MM GUANIDINE HCL, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9766 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月9日 / 詳細: SI(111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9766 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→37.2 Å / Num. all: 97258 / Num. obs: 97258 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.7 / Rsym value: 0.7 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3582 / % possible all: 74

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1XCL

1xcl


解像度: 1.86→37.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9154 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8976 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 973 1 %RANDOM
Rwork0.2086 ---
all0.2088 ---
obs-97237 --
原子変位パラメータBiso max: 207.74 Å2 / Biso mean: 24.6722 Å2 / Biso min: 8.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7103 Å20 Å20 Å2
2---0.7103 Å20 Å2
3---1.4205 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.234 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→37.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7162 0 104 981 8247
拘束条件
Refine-IDタイプ数WeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d24662
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes1532
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes10915
X-RAY DIFFRACTIONt_it751520
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion9555
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact93454
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d751520.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1026020.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.29
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.91 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2145 52 0.94 %
Rwork0.2317 5480 -
all0.2315 5532 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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