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- PDB-3orc: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ENGINEERED CRO MONOMER BOUND NONSPECIFICA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3orc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN ENGINEERED CRO MONOMER BOUND NONSPECIFICALLY TO DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*A)-3')
  • PROTEIN (CRO REPRESSOR)
キーワードGENE REGULATION/DNA / CRO / PROTEIN-DNA INTERACTION / BACTERIOPHAGE LAMBDA / REPRESSOR / MONOMER-DIMER / HELIX-TURN-HELIX / COMPLEX (GENE REGULATING PROTEIN-DNA) / GENE REGULATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


latency-replication decision / release from viral latency / negative regulation of viral transcription / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / core promoter sequence-specific DNA binding / response to UV / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
CRO Repressor / Regulatory protein cro superfamily / Cro / Regulatory protein cro / CRO Repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Regulatory protein cro
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Albright, R.A. / Mossing, M.C. / Matthews, B.W.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of an engineered Cro monomer bound nonspecifically to DNA: possible implications for nonspecific binding by the wild-type protein.
著者: Albright, R.A. / Mossing, M.C. / Matthews, B.W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Refined Structure of Cro Repressor Protein from Bacteriophage Lambda Suggests Both Flexibility and Plasticity
著者: Ohlendorf, D.H. / Tronrud, D.E. / Matthews, B.W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of Lambda-Cro Bound to a Consensus Operator at 3.0 A Resolution
著者: Albright, R.A. / Matthews, B.W.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: High-Resolution Structure of an Engineered Cro Monomer Shows Changes in Conformation Relative to the Native Dimer
著者: Albright, R.A. / Mossing, M.C. / Matthews, B.W.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1990
タイトル: Stable, Monomeric Variants of Lambda Cro Obtained by Insertion of a Designed Beta-Hairpin Sequence
著者: Mossing, M.C. / Sauer, R.T.
履歴
登録1998年4月23日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conf / struct_conf_type
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*A)-3')
S: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*A)-3')
A: PROTEIN (CRO REPRESSOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0933
ポリマ－12,0933
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.720, 60.660, 45.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.70, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
詳細WILDTYPE CRO DOES NOT FORM STABLE MONOMERS. THE ENGINEERED MONOMER PRESENTED HERE CONTAINS A 5-RESIDUE INSERTION [DGEVK] FOLLOWING K 56. THE FIRST 2 RESIDUES OF THIS INSERTION ALLOW THE FORMATION OF A BETA-TURN. THE REMAINING 3 RESIDUES MIMIC RESIDUES OF THE WILDTYPE DIMER INTERFACE, ALLOWING STABILIZING INTERACTIONS TO BE MAINTAINED. THE OVERALL STRUCTURE OF THIS MONOMER IS QUITE SIMILAR TO A SUBUNIT OF THE WILDTYPE DIMER.

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*A)-3')


分子量: 2425.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 50% OCCUPANCY IN THE OUTERMOST POSITIONS
#2: タンパク質 PROTEIN (CRO REPRESSOR)


分子量: 7242.207 Da / 分子数: 1 / Mutation: INSERTION (K56-DGEVK) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: WILDTYPE CRO DOES NOT FORM STABLE MONOMERS. THE ENGINEERED-MONOMER PRESENTED HERE CONTAINS A 5-RESIDUE INSERTION [DGEVK] FOLLOWING K 56. THE FIRST 2 RESIDUES OF THIS INSERTION ALLOW THE ...詳細: WILDTYPE CRO DOES NOT FORM STABLE MONOMERS. THE ENGINEERED-MONOMER PRESENTED HERE CONTAINS A 5-RESIDUE INSERTION [DGEVK] FOLLOWING K 56. THE FIRST 2 RESIDUES OF THIS INSERTION ALLOW THE FORMATION OF A BETA-TURN. THE REMAINING 3 RESIDUES MIMIC RESIDUES OF THE WILDTYPE DIMER INTERFACE, ALLOWING STABILIZING INTERACTIONS TO BE MAINTAINED. THE OVERALL STRUCTURE OF THIS MONOMER IS QUITE SIMILAR TO A SUBUNIT OF THE WILDTYPE DIMER.
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / プラスミド: PUCRO.MDG / 遺伝子 (発現宿主): CRO MUTANT K56-[DGEVK] / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X90 / 参照: UniProt: P03040
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: COCRYSTALS WERE OBTAINED BY MIXING A 1.5 MOLAR EXCESS OF THE 7BP DNA FRAGMENT WITH CRO K56-[DGEVK], COMBINING WITH AN EQUAL VOLUME OF PRECIPITANT BUFFER (140MM AMMONIUM ACETATE, 31% PEG 3350, ...詳細: COCRYSTALS WERE OBTAINED BY MIXING A 1.5 MOLAR EXCESS OF THE 7BP DNA FRAGMENT WITH CRO K56-[DGEVK], COMBINING WITH AN EQUAL VOLUME OF PRECIPITANT BUFFER (140MM AMMONIUM ACETATE, 31% PEG 3350, 100MM ACETATE BUFFER PH 4.6), THEN EQUILIBRATING AGAINST THE PRECIPITANT BUFFER VIA THE HANGING-DROP METHOD AT ROOM TEMPERATURE., vapor diffusion - hanging drop, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1AMMONIUM ACETATE11
2PEG 335011
3ACETATE BUFFER11
4AMMONIUM ACETATE12
5PEG 335012
6ACETATE BUFFER12
結晶化
*PLUS
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of precipitant
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
116 mg/mlprotein1drop
220 mM1dropK2HPO4
30.1 mMEDTA1drop
413 mg/mlDNA duplex1drop
580-200 mMammonium acetate1reservoirprecipitant
629-33 %PEG33501reservoirprecipitant
7100 mMacetate1reservoirprecipitant

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年2月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 2452 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 51.1 Å2 / Rsym value: 0.053
反射
*PLUS
Num. measured all: 13041 / Rmerge(I) obs: 0.053

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDPDB(ZHANG)モデル構築
TNT5EB精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ORC

1orc


解像度: 3→20 Å
Isotropic thermal model: TNT BCORREL (MODIFIED TO INCLUDE DNA)
σ(F): 0 / σ(I): 13041
立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO (MODIFIED TO INCLUDE DNA)
反射数%反射
all13041 -
obs2452 99.7 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET / Bsol: 160 Å2 / ksol: 0.6 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数501 322 0 3 826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0156890.38
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.6569590.66
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d19.553990.7
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.006131.5
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.013822
X-RAY DIFFRACTIONt_it2.5487074
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0185110
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5EB / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.224
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg19.550.7
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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