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- PDB-3or0: Semi-synthetic ribonuclease S: cyanylated homocysteine at position 13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3or0
タイトルSemi-synthetic ribonuclease S: cyanylated homocysteine at position 13
要素(Ribonuclease pancreatic) x 2
キーワードHYDROLASE / artificial / non-natural / vibrational / probe / nitrile / cyano / thiocyanate
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fafarman, A.T. / Boxer, S.G.
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2010
タイトル: Nitrile bonds as infrared probes of electrostatics in ribonuclease S.
著者: Fafarman, A.T. / Boxer, S.G.
履歴
登録2010年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Ribonuclease pancreatic
A: Ribonuclease pancreatic
b: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease pancreatic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6404
ポリマ－26,6404
非ポリマー00
水46826
1
a: Ribonuclease pancreatic
A: Ribonuclease pancreatic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3202
ポリマ－13,3202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6570 Å2
手法PISA
2
b: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease pancreatic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3202
ポリマ－13,3202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.855, 31.535, 69.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 1763.927 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-41 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Made by solid phase peptide synthesis / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 11555.981 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 47-150 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.82 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 25% PEG 4000, 0.08M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器日付: 2008年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40.333 Å / Num. all: 9888 / Num. obs: 9389 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1RNV

1rnv


解像度: 2.3→34.581 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2705 426 4.54 %5%, random
Rwork0.2184 ---
obs0.2209 9388 94.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 22.865 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.046 Å20 Å2-1.7993 Å2
2--6.4994 Å20 Å2
3----6.4534 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.581 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1815 0 0 26 1841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0042517
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.678691
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004333
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.63280.29651320.24722973X-RAY DIFFRACTION95
2.6328-3.31660.32351540.24832947X-RAY DIFFRACTION95
3.3166-34.58520.21831400.18623042X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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