PDB-3oqb: CRYSTAL STRUCTURE OF putative oxidoreductase from Bradyrhizobium ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oqb

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF putative oxidoreductase from Bradyrhizobium japonicum USDA 110

要素

Oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium japonicum (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF putative oxidoreductase from Bradyrhizobium japonicum USDA 110
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2010年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年11月21日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_conn Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oqb.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oqb.ent.gz	982.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/3oqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/3oqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	8072 6h3g-d 1v3c-2 6ncz-d 4b0o-1 1v3d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-9479c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Oxidoreductase

B: Oxidoreductase

C: Oxidoreductase

D: Oxidoreductase

E: Oxidoreductase

F: Oxidoreductase

G: Oxidoreductase

H: Oxidoreductase

349 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.705, 163.853, 117.726
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.850, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Oxidoreductase 分子量: 43657.258 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) / 株: USDA 110 / 遺伝子: BAC48105.1, blr2840 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q89RD2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M K/Na tartrate, 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 209402 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.108 / Χ²: 1.443 / Net I/σ(I): 7.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.6-2.64	2.7	0.861	10427	0.943	99.8
2.64-2.69	2.7	0.736	10567	0.978	99.9
2.69-2.74	2.7	0.621	10457	0.965	99.8
2.74-2.8	2.7	0.57	10432	0.984	99.8
2.8-2.86	2.7	0.489	10458	0.977	99.7
2.86-2.93	2.7	0.406	10607	1.011	99.8
2.93-3	2.7	0.344	10353	1.063	99.7
3-3.08	2.7	0.271	10457	1.069	99.7
3.08-3.17	2.7	0.239	10436	1.064	99.8
3.17-3.28	2.7	0.196	10522	1.128	99.8
3.28-3.39	2.7	0.163	10419	1.217	99.7
3.39-3.53	2.7	0.133	10402	1.379	99.7
3.53-3.69	2.8	0.108	10537	1.491	99.8
3.69-3.88	2.8	0.094	10495	1.759	99.8
3.88-4.13	2.8	0.082	10487	1.995	99.8
4.13-4.45	2.8	0.072	10452	2.191	99.8
4.45-4.89	2.8	0.061	10501	2.014	99.6
4.89-5.6	2.8	0.058	10439	1.903	99.8
5.6-7.05	2.9	0.059	10487	1.965	100
7.05-50	2.9	0.038	10467	2.397	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→19.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / WR_factor R_free: 0.2276 / WR_factor R_work: 0.1768 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8432 / SU B: 25.713 / SU ML: 0.248 / SU R Cruickshank DPI: 1.4115 / SU R_free: 0.3216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.322 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2471	5257	5 %	RANDOM
R_work	0.1932	-	-	-
obs	0.1959	105429	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 146.67 Å² / B_iso mean: 55.7566 Å² / B_iso min: 9.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0.1 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23982	0	0	265	24247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	24542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.258	1.933	33219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.234	5	3001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.291	23.639	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.719	15	4102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.398	15	196
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	3528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	18936
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.812	3.5	14901
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.62	50	23867
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.317	50	9641
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.71	4.5	9352

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	373	-
R_work	0.28	7249	-
all	-	7622	-
obs	-	-	99.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6141	-0.0731	0.2725	0.916	-0.3234	0.757	0.1247	0.0284	-0.0997	-0.123	0.0679	0.1831	0.2764	0.0191	-0.1926	0.1749	0.0226	-0.0519	0.0173	0.0259	0.127	-35.4715	19.9348	33.7934
2	0.6875	0.0697	0.1982	0.8189	0.1432	0.5747	-0.0942	-0.1146	0.2775	0.0839	0.0524	-0.0612	-0.0206	0.0039	0.0418	0.0275	0.0326	-0.0319	0.0515	-0.0137	0.1883	16.829	81.6518	22.1294
3	0.627	-0.119	0.0906	0.397	0.0293	0.7989	0.0124	0.0027	0.0996	0.0656	-0.0147	0.0075	-0.0284	0.1701	0.0024	0.0767	0.0357	0.0017	0.0795	-0.0057	0.0195	11.0114	48.8286	59.4068
4	0.636	-0.0504	-0.0333	0.6031	0.107	0.6672	0.0137	-0.058	0.1714	0.058	0.048	0.0231	-0.126	0.0312	-0.0618	0.0657	0.0077	0.0227	0.0139	0.0009	0.1545	-32.7157	86.7722	20.9817
5	0.301	-0.0233	0.1952	0.708	0.3116	1.1632	0.0121	0.1079	-0.0124	-0.0522	0.0279	0.0702	0.1158	-0.0068	-0.04	0.0338	-0.0157	-0.0321	0.0698	0.0281	0.0554	-40.1312	53.8654	-2.426
6	0.505	-0.0269	0.0004	0.7785	0.2739	0.7664	-0.0176	0.0913	-0.0667	0.0018	0.0272	0.0254	0.2011	0.1834	-0.0096	0.1527	0.1298	0.0005	0.1354	-0.0103	0.0133	14.1586	21.8405	28.5623
7	0.5623	-0.0203	0.0454	0.7436	-0.0039	1.3475	-0.0828	-0.191	0.1041	0.2165	0.0786	0.1652	-0.2069	-0.025	0.0041	0.157	0.094	0.0819	0.1076	0.0201	0.1006	-38.6471	53.717	57.8033
8	0.7853	0.0545	-0.1307	0.5925	-0.0776	0.9518	-0.0804	0.2476	-0.0159	-0.0786	-0.0109	-0.0433	0.2434	-0.0067	0.0913	0.0808	-0.0057	0.0399	0.1184	0.001	0.0298	8.5474	54.1902	-7.9486

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-10 - 9999
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-10 - 9999
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-10 - 9999
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	-10 - 9999
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	-10 - 9999

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関連情報:EMDBヘッダ

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