PDB-3oq8: Crystal structure of isocitrate lyase from Brucella melitensis, b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oq8

タイトル

Crystal structure of isocitrate lyase from Brucella melitensis, bound to the product mimic malonate

要素

Isocitrate lyase

キーワード

LYASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

glyoxysome / isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / carboxylic acid metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of isocitrate lyase from Brucella melitensis, bound to the product mimic malonate
著者: SSGCID / Gardberg, A. / Edwards, T. / Staker, B. / Stewart, L.

履歴

登録	2010年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年4月29日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oq8.cif.gz	652.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oq8.ent.gz	537.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oq8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3oq8_validation.pdf.gz	465.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3oq8_full_validation.pdf.gz	470.9 KB	表示
XML形式データ	3oq8_validation.xml.gz	68.6 KB	表示
CIF形式データ	3oq8_validation.cif.gz	102.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/3oq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/3oq8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3eolS 3e5b S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6c4c-2 5dql-d 3m0y-d 3p0x-d 3806 1n38-d 4r68-d 6c4c-1 4qo7-d 2bp7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BrabA.00014.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isocitrate lyase

B: Isocitrate lyase

C: Isocitrate lyase

D: Isocitrate lyase

ヘテロ分子

190 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.500, 136.030, 181.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 501 / Label seq-ID: 1 - 501

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

#1: タンパク質	Isocitrate lyase 分子量: 47148.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌) 株: 2308 / 遺伝子: BAB1_1631 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2YQA0, isocitrate lyase
#2: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Internal tracking number 217291H3. Hampton INDEX Screen condition H3: 0.2 M sodium malonate pH 7.0, 20% PEG3350, BrabA.00014.a.A1 PW 25251 at 26 mg/mL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→39.2 Å / Num. all: 91893 / Num. obs: 91241 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.311 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 10.38

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
2.25-2.31	4.6	0.479	4.2	30634	6734	6683	99.2
2.31-2.37		0.412	4.4	31513		6545	99.9
2.37-2.44		0.354	4.8	30826		6353	99.9
2.44-2.52		0.396	4.8	28565		6161	99.6
2.52-2.6		0.317	5.5	28861		5997	99.8
2.6-2.69		0.254	6.2	28396		5804	99.9
2.69-2.79		0.238	6.6	27541		5626	100
2.79-2.9		0.204	7.4	26430		5396	99.9
2.9-3.03		0.166	8.5	25705		5209	99.9
3.03-3.18		0.154	9.2	24436		4943	99.8
3.18-3.35		0.148	11.3	22199		4737	99.4
3.35-3.56		0.096	14.4	22143		4473	99.6
3.56-3.8		0.076	18.8	20749		4195	99.2
3.8-4.11		0.07	20.8	19538		3938	99.1
4.11-4.5		0.064	22.3	17909		3602	98.9
4.5-5.03		0.066	21.3	16176		3264	98.3
5.03-5.81		0.084	16.7	14439		2888	98.2
5.81-7.12		0.095	14.4	12287		2464	97.3
7.12-10.06		0.054	25.6	9187		1901	96.3
10.06-39.2		0.045	30.7	4833		1062	90.7

-
位相決定

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	40.57 Å
Translation	2.5 Å	40.57 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
StructureStudio		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EOL

3eol

解像度: 2.25→39.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 10.272 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.199	4530	5 %	RANDOM
R_work	0.149	-	-	-
all	0.151	91893	-	-
obs	0.151	90916	98.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.324 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.56 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→39.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12903	0	81	1177	14161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	13318
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8934
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.494	1.948	18025
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.951	3	21684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.013	5	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.489	24.084	622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.625	15	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.468	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	15250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2798
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.604	1.5	8430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.204	1.5	3474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.108	2	13329
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.145	3	4888
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.426	4.5	4685

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 5231 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
B	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
C	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
D	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
A	MEDIUM THERMAL	0.66	2
B	MEDIUM THERMAL	0.64	2
C	MEDIUM THERMAL	0.65	2
D	MEDIUM THERMAL	0.65	2

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	314	-
R_work	0.197	6331	-
all	-	6645	-
obs	-	6683	99.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.155	0.0439	0.0678	0.3177	-0.112	0.3474	-0.006	0.0064	0.0401	-0.0019	0.0046	-0.0106	-0.0677	-0.0156	0.0014	0.0281	0.0098	-0.0023	0.0137	-0.0068	0.0296	57.732	166.355	29.483
2	0.1272	0.0574	0.009	0.3579	-0.1353	0.4331	0.0043	-0.0239	0	0.0389	-0.0436	-0.1039	0.0017	0.1209	0.0393	0.0068	-0.0015	-0.0181	0.0597	0.0155	0.0557	78.437	148.117	46.325
3	0.0931	0.0469	-0.0481	0.2529	-0.0735	0.4205	-0.0021	-0.0015	-0.0044	0.0106	0.0137	0.0398	0.0573	-0.0806	-0.0116	0.0132	-0.0191	-0.0013	0.0411	0.0026	0.0177	43.829	133.482	43.379
4	0.1322	0.0487	-0.0777	0.1925	-0.1322	0.5203	-0.0227	0.0393	-0.0402	-0.0813	0.0012	-0.0445	0.1145	0.0172	0.0215	0.071	0.0074	0.0167	0.0228	-0.0139	0.0193	61.387	131.417	16.036

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 501
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 501
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 501
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 501

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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