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- PDB-3oq3: Structural Basis of Type-I Interferon Sequestration by a Poxvirus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oq3
タイトルStructural Basis of Type-I Interferon Sequestration by a Poxvirus Decoy Receptor
要素
  • IFN-alpha/beta binding protein C12R
  • Interferon alpha-5
キーワードCYTOKINE/VIRAL PROTEIN / Ectromelia / Mousepox Virus / Moscow strain / Cytokine decoy Receptor / Virus/Viral protein / Type-1 Interferon / Soluble a/b-IFNR / Viral immune evasion / Immunoglobulin Domain / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Immunoglobulin-like / IFN-alpha/beta binding protein / IFN-alpha / extracellular / secreted / CYTOKINE-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of IFNA/IFNB signaling / Interferon alpha/beta signaling / cytokine receptor binding / cytokine activity / defense response to virus / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Interleukin-1 receptor family / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Immunoglobulin domain / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulin ...Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Interleukin-1 receptor family / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Immunoglobulin domain / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Interferon alpha-5 / Soluble interferon alpha/beta receptor OPG204
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Ectromelia virus (エクトロメリアウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAD/molecular replacement / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Fremont, D.H. / Lee, C.A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Basis of Type-I Interferon Sequestration by a Poxvirus Decoy Receptor
著者: Fremont, D.H. / Lee, C.A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon alpha-5
B: IFN-alpha/beta binding protein C12R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,55612
ポリマ－56,6122
非ポリマー94410
水6,503361
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area22860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.840, 75.900, 182.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Interferon alpha-5 / IFN-alpha-5


分子量: 18985.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ifna5 / プラスミド: pET23B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P07349
#2: 抗体 IFN-alpha/beta binding protein C12R / Interferon alpha/beta receptor / Soluble interferon-alpha/beta receptor


分子量: 37626.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ectromelia virus (エクトロメリアウイルス)
株: Moscow / 遺伝子: C12R, EVM166 / プラスミド: pET23B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9JFS5

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非ポリマー , 6種, 371分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 17% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 2% polyethylene glycol 6000 (PEG 6000), and 100 mM NaOAc (pH 5.3), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.68 Å / Num. all: 73486 / Num. obs: 66438 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.29 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 6.7 / Scaling rejects: 1827
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.183.240.3352.52303570761.1692.5
2.18-2.263.180.3952.82298470711.3192.4
2.26-2.373.260.26132355172061.0494.2
2.37-2.493.230.2083.62365073070.9895.6
2.49-2.653.220.1654.42409574620.9497.2
2.65-2.853.260.1445.42464675150.997.9
2.85-3.143.340.1026.82530875430.898.3
3.14-3.593.320.0799.42469973560.8196.3
3.59-4.523.210.06112.52379773090.8795.2
4.52-45.683.620.052152783176410.7799.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.7LDzdata processing
PHENIX1.6.2_432精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: SAD/molecular replacement
開始モデル: PDB ENTRY 1ITF

1itf


解像度: 2.1→43.072 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2349 3518 4.9 %RANDOM
Rwork0.2028 ---
obs0.2044 71824 93.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.467 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 99.66 Å2 / Biso mean: 35.891 Å2 / Biso min: 3.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.5661 Å2-0 Å20 Å2
2---0.9441 Å20 Å2
3---6.5102 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.072 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3974 0 56 361 4391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074112
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0035562
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005711
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1521537
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.1750.30433840.26926364674888
2.175-2.26210.30773200.26516435675588
2.2621-2.3650.26662960.26076606690290
2.365-2.48970.31843740.2436723709793
2.4897-2.64570.28023310.22616980731195
2.6457-2.84990.24453530.20417028738196
2.8499-3.13660.20333520.20257102745497
3.1366-3.59030.22873840.19136916730096
3.5903-4.52270.20083550.1696921727695
4.5227-43.08120.21433690.18727231760099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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