PDB-3opu: Crystal structure of the C-terminal domain of Streptococcus mutan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3opu

タイトル

Crystal structure of the C-terminal domain of Streptococcus mutans surface protein SpaP

要素

SpaP

キーワード

CELL ADHESION

機能・相同性

機能・相同性情報

endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / membrane fusion / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus mutans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.181 Å

データ登録者

Nylander, A. / Persson, K.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structure of the C-terminal domain of the surface antigen SpaP from the caries pathogen Streptococcus mutans.
著者: Nylander, A. / Forsgren, N. / Persson, K.

履歴

登録	2010年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3opu.cif.gz	409.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3opu.ent.gz	335.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3opu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3opu_validation.pdf.gz	477.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3opu_full_validation.pdf.gz	512.6 KB	表示
XML形式データ	3opu_validation.xml.gz	76.6 KB	表示
CIF形式データ	3opu_validation.cif.gz	106.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/3opu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/3opu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wzaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wza-d 4ofq-1 2wqs-d 1edy-d 5le3-3 5le3-4 2l26-d 4xbi-2 4xoe-d 6dhw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SpaP

B: SpaP

C: SpaP

D: SpaP

E: SpaP

F: SpaP

ヘテロ分子

228 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SpaP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SpaP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: SpaP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: SpaP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: SpaP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
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6

F: SpaP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.775, 238.391, 78.493
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	SpaP 分子量: 37992.066 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現詳細: The strain originates from Dr. Mogens Kilian's culture collection (Aarhus University, Denmark). The strain does not exist in taxonomy database at the time of deposition. 由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 株: Streptococcus mutans SK773 / 遺伝子: SpaP / プラスミド: pET-M11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PlysS / 参照: UniProt: P11657*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.86 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 15% (w/v) polyethylene glycol 6000., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.9085 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月15日
放射	モノクロメーター: Bent silicon crystal, horizontally focusing (R = 12 m). プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9085 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→29.5 Å / Num. all: 132886 / Num. obs: 130690 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 26.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 28.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2WZA

2wza

解像度: 2.181→29.006 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2482	6626	5.07 %	Shells
R_work	0.2104	-	-	-
all	0.2124	132886	-	-
obs	0.2124	130690	98.18 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.579 Å² / k_sol: 0.347 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.3178 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.6192 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.9369 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.181→29.006 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16030	0	12	545	16587

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	16330
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.228	22183
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.724	5831
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	2519
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2884

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1813-2.2061		0	0.2453	3834	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2061-2.2321		0	0.2438	4000	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2321-2.2593		0	0.2358	4320	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2593-2.2878	0.3198	683	0.2425	3302	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2878-2.3179		0	0.2452	4321	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3179-2.3497		0	0.2213	4255	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3497-2.3832	0.2887	730	0.2215	3624	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3832-2.4188		0	0.2378	4291	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4188-2.4566		0	0.2259	4328	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4566-2.4968	0.2999	668	0.2287	3639	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4968-2.5398		0	0.2225	4333	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5398-2.586		0	0.2287	4317	X-RAY DIFFRACTION	98
2.586-2.6357	0.2849	598	0.2341	3753	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6357-2.6895		0	0.2283	4370	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6895-2.7479	0.2663	517	0.2247	3843	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7479-2.8118		0	0.2261	4377	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8118-2.882	0.2834	512	0.2352	3884	X-RAY DIFFRACTION	99
2.882-2.9599		0	0.2363	4378	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9599-3.0469	0.2816	420	0.2408	3964	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0469-3.1451		0	0.2323	4449	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1451-3.2574	0.2529	397	0.2196	4033	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2574-3.3876		0	0.2187	4424	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3876-3.5415	0.2419	353	0.2055	4064	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5415-3.7279	0.2326	312	0.1893	4151	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7279-3.9609	0.1928	285	0.1796	4163	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9609-4.2659	0.1781	222	0.1597	4252	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2659-4.6935	0.1665	204	0.1452	4305	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6935-5.369	0.1542	178	0.1445	4327	X-RAY DIFFRACTION	100
5.369-6.7503	0.1978	260	0.1646	4313	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7503-29.0082	0.1913	287	0.1651	4450	X-RAY DIFFRACTION	99

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