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- PDB-3opu: Crystal structure of the C-terminal domain of Streptococcus mutan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3opu
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of Streptococcus mutans surface protein SpaP
要素SpaP
キーワードCELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / membrane fusion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cell surface antigen I/II A repeat / Streptococcal surface antigen repeat / Streptococcus antigen I/II alanine-rich (Ag I/II A) repeat profile. / Antigen I/II, N-terminal / Adhesin P1 N-terminal domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / Cross-wall-targeting lipoprotein motif / Adhesin isopeptide-forming adherence domain ...Cell surface antigen I/II A repeat / Streptococcal surface antigen repeat / Streptococcus antigen I/II alanine-rich (Ag I/II A) repeat profile. / Antigen I/II, N-terminal / Adhesin P1 N-terminal domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / Cross-wall-targeting lipoprotein motif / Adhesin isopeptide-forming adherence domain / Cell surface antigen, C-terminal / Cell surface antigen C-terminus / Cell surface antigen I/II C2 terminal domain / Immunoglobulin-like - #740 / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major cell-surface adhesin PAc
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.181 Å
データ登録者Nylander, A. / Persson, K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structure of the C-terminal domain of the surface antigen SpaP from the caries pathogen Streptococcus mutans.
著者: Nylander, A. / Forsgren, N. / Persson, K.
履歴
登録2010年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SpaP
B: SpaP
C: SpaP
D: SpaP
E: SpaP
F: SpaP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,43318
ポリマ－227,9526
非ポリマー48112
水9,818545
1
A: SpaP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0723
ポリマ－37,9921
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SpaP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0723
ポリマ－37,9921
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: SpaP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0723
ポリマ－37,9921
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: SpaP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0723
ポリマ－37,9921
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: SpaP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0723
ポリマ－37,9921
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: SpaP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0723
ポリマ－37,9921
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.775, 238.391, 78.493
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
SpaP


分子量: 37992.066 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The strain originates from Dr. Mogens Kilian's culture collection (Aarhus University, Denmark). The strain does not exist in taxonomy database at the time of deposition.
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: Streptococcus mutans SK773 / 遺伝子: SpaP / プラスミド: pET-M11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PlysS / 参照: UniProt: P11657*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.86 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 15% (w/v) polyethylene glycol 6000., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.9085 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月15日
放射モノクロメーター: Bent silicon crystal, horizontally focusing (R = 12 m).
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9085 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→29.5 Å / Num. all: 132886 / Num. obs: 130690 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 28.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2WZA

2wza


解像度: 2.181→29.006 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2482 6626 5.07 %Shells
Rwork0.2104 ---
all0.2124 132886 --
obs0.2124 130690 98.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.579 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3178 Å2-0 Å20 Å2
2---1.6192 Å2-0 Å2
3---3.9369 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.181→29.006 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16030 0 12 545 16587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22822183
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7245831
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0842519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052884
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1813-2.206100.24533834X-RAY DIFFRACTION88
2.2061-2.232100.24384000X-RAY DIFFRACTION91
2.2321-2.259300.23584320X-RAY DIFFRACTION98
2.2593-2.28780.31986830.24253302X-RAY DIFFRACTION92
2.2878-2.317900.24524321X-RAY DIFFRACTION97
2.3179-2.349700.22134255X-RAY DIFFRACTION98
2.3497-2.38320.28877300.22153624X-RAY DIFFRACTION98
2.3832-2.418800.23784291X-RAY DIFFRACTION99
2.4188-2.456600.22594328X-RAY DIFFRACTION98
2.4566-2.49680.29996680.22873639X-RAY DIFFRACTION98
2.4968-2.539800.22254333X-RAY DIFFRACTION98
2.5398-2.58600.22874317X-RAY DIFFRACTION98
2.586-2.63570.28495980.23413753X-RAY DIFFRACTION99
2.6357-2.689500.22834370X-RAY DIFFRACTION99
2.6895-2.74790.26635170.22473843X-RAY DIFFRACTION99
2.7479-2.811800.22614377X-RAY DIFFRACTION99
2.8118-2.8820.28345120.23523884X-RAY DIFFRACTION99
2.882-2.959900.23634378X-RAY DIFFRACTION99
2.9599-3.04690.28164200.24083964X-RAY DIFFRACTION99
3.0469-3.145100.23234449X-RAY DIFFRACTION100
3.1451-3.25740.25293970.21964033X-RAY DIFFRACTION100
3.2574-3.387600.21874424X-RAY DIFFRACTION100
3.3876-3.54150.24193530.20554064X-RAY DIFFRACTION100
3.5415-3.72790.23263120.18934151X-RAY DIFFRACTION100
3.7279-3.96090.19282850.17964163X-RAY DIFFRACTION100
3.9609-4.26590.17812220.15974252X-RAY DIFFRACTION100
4.2659-4.69350.16652040.14524305X-RAY DIFFRACTION100
4.6935-5.3690.15421780.14454327X-RAY DIFFRACTION100
5.369-6.75030.19782600.16464313X-RAY DIFFRACTION100
6.7503-29.00820.19132870.16514450X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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