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- PDB-3opq: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase with fructose-6-phosphat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3opq
タイトルPhosphoribosylaminoimidazole carboxylase with fructose-6-phosphate bound to the central channel of the octameric protein structure.
要素Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase,catalytic subunit
キーワードLYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase / Catalytic subunit Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 / purE
機能・相同性
機能・相同性情報


5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Class I PurE / PurE, prokaryotic type / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase / Rossmann fold - #1970 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FRUCTOSE -6-PHOSPHATE / FORMIC ACID / PHOSPHATE ION / N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase with fructose-6-phosphate bound to the central channel of the octameric protein structure.
著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase,catalytic subunit
B: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase,catalytic subunit
C: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase,catalytic subunit
D: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase,catalytic subunit
E: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase,catalytic subunit
F: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase,catalytic subunit
G: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase,catalytic subunit
H: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase,catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,67438
ポリマ－140,3378
非ポリマー2,33730
水8,647480
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39070 Å2
ΔGint-330 kcal/mol
Surface area36950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.590, 96.670, 128.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase,catalytic subunit


分子量: 17542.129 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
遺伝子: FTT_0896, purE / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL
参照: UniProt: Q5NGE9, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase

-
非ポリマー , 5種, 510分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-F6R / FRUCTOSE -6-PHOSPHATE / フルクト-ス6-りん酸


分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O9P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.25 %
結晶化温度: 295 K / pH: 8.5
詳細: 0.2 M NH4 dihydrogen PO4, 0.1 M Tris, 2% Tacsimate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872
検出器タイプ: MAR CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月13日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 142585 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 10.81
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.748 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
CCP4モデル構築
MrBUMP位相決定
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
XSCALEデータスケーリング
CCP4位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 10.282 / SU ML: 0.128 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 3744 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.191 70552 29.3 %-
all-70552 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å20 Å20 Å2
2--2.53 Å20 Å2
3----1.65 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9414 0 136 480 10030
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0229718
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4771.98213156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95315760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.68251284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.19425.074339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.669151636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5651539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021730
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6971.56416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1961.52630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.277210231
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.93333302
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8384.52925
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 259 -
Rwork0.221 5203 -
obs--99.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.794-0.24750.17290.4648-0.16653.15670.0388-0.02550.22840.0472-0.04340.063-0.2659-0.27040.00460.06770.00620.0380.0718-0.01810.143219.957267.5173101.9062
20.45770.16610.23860.68480.41262.47840.02410.00280.1368-0.0770.0391-0.0456-0.36360.3208-0.06310.1016-0.0610.03850.1197-0.02520.116368.097467.981892.4687
33.02660.1506-0.27330.7575-0.30210.89080.11320.25890.3342-0.053-0.01540.0492-0.1853-0.0492-0.09780.12760.03590.02560.04820.02080.066539.106567.354872.7318
43.03990.4402-0.06070.4290.33420.72180.08060.222-0.36390.0090.0159-0.09730.13820.0612-0.09650.11010.0361-0.01820.057-0.03170.082446.045649.267172.5646
50.9391-0.4764-0.40370.68220.34342.5422-0.0237-0.1201-0.16990.05770.0436-0.06850.19990.2611-0.01990.0628-0.0026-0.00860.10370.00390.132168.812849.924599.4267
62.514-0.02990.23051.01540.50090.86580.0447-0.20610.26580.0858-0.0325-0.0172-0.15260.0472-0.01230.1409-0.0220.01020.0757-0.01090.04748.887967.6149121.1994
72.1904-0.26670.26640.4634-0.21830.74270.0839-0.1946-0.25730.0507-0.04990.02860.22480.0142-0.0340.1588-0.0327-0.00450.06010.02540.053541.422249.8432122.0262
80.84930.4748-0.02150.8008-0.20242.670.0450.0282-0.14870.0049-0.02130.07150.302-0.2286-0.02370.0855-0.02120.01170.0522-0.01290.113419.528749.446494.9914
99.8128-9.097410.788611.9726-9.322211.99250.04750.2735-0.3753-0.0370.23910.3825-0.08980.3682-0.28660.02540.00110.03190.1935-0.0790.115844.260358.545396.7914
100.33180.5020.32831.4703-0.14871.66320.1240.0435-0.0563-0.0782-0.0526-0.0963-0.0184-0.0548-0.07140.37590.06030.01760.3720.01330.36142.381159.524795.5371
110000000000000000.3031-0.02040.0240.0843-0.03160.147829.187164.866112.3735
120.0051-0.0148-0.01030.05670.04090.03090.02810.01760.0189-0.0384-0.0328-0.0239-0.0145-0.03210.00470.56960.0110.01120.12380.04710.492549.777158.844596.6403
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 161
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 162
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 162
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 163
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 161
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 163
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 160
8X-RAY DIFFRACTION8H2 - 162
9X-RAY DIFFRACTION9C - G1 - 167
10X-RAY DIFFRACTION10B - G1 - 164
11X-RAY DIFFRACTION11A1 - 167
12X-RAY DIFFRACTION12E - B1 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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