[日本語] English
万見
- PDB-3op0: Crystal structure of Cbl-c (Cbl-3) TKB domain in complex with EGF... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3op0
タイトルCrystal structure of Cbl-c (Cbl-3) TKB domain in complex with EGFR pY1069 peptide
要素
  • Epidermal growth factor receptor
  • Signal transduction protein CBL-C
キーワードSIGNALING PROTEIN/SIGNALING PROTEIN REGULATOR / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Signal transduction protein / SH3-binding protein / SIGNALING PROTEIN-SIGNALING PROTEIN REGULATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to glial cell derived neurotrophic factor / positive regulation of protein kinase C activity / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / response to hydroxyisoflavone / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / epidermal growth factor receptor binding / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR ...response to glial cell derived neurotrophic factor / positive regulation of protein kinase C activity / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / response to hydroxyisoflavone / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / epidermal growth factor receptor binding / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / ovulation cycle / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / epidermal growth factor binding / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / response to UV-A / tongue development / PLCG1 events in ERBB2 signaling / midgut development / ERBB2-EGFR signaling pathway / digestive tract morphogenesis / hydrogen peroxide metabolic process / morphogenesis of an epithelial fold / PTK6 promotes HIF1A stabilization / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Signaling by EGFR / intracellular vesicle / response to cobalamin / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / eyelid development in camera-type eye / cerebral cortex cell migration / protein insertion into membrane / ERBB2 Regulates Cell Motility / protein tyrosine kinase activator activity / Signaling by ERBB4 / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / PI3K events in ERBB2 signaling / negative regulation of mitotic cell cycle / MAP kinase kinase kinase activity / hair follicle development / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / GAB1 signalosome / negative regulation of MAPK cascade / positive regulation of bone resorption / embryonic placenta development / positive regulation of phosphorylation / salivary gland morphogenesis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / Signaling by ERBB2 / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / GRB2 events in EGFR signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / SHC1 events in EGFR signaling / phosphotyrosine residue binding / EGFR Transactivation by Gastrin / GRB2 events in ERBB2 signaling / cellular response to epidermal growth factor stimulus / SHC1 events in ERBB2 signaling / cellular response to dexamethasone stimulus / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ossification / positive regulation of DNA repair / neuron projection morphogenesis / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / liver regeneration / basal plasma membrane / Signal transduction by L1 / positive regulation of DNA replication / positive regulation of protein localization to plasma membrane / astrocyte activation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to estradiol stimulus / lung development / EGFR downregulation / synaptic membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / Constitutive Signaling by EGFRvIII / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity
類似検索 - 分子機能
Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. ...Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / SH2 domain / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / SHC Adaptor Protein / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / EF-hand / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Recoverin; domain 1 / Ring finger / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / SH2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Epidermal growth factor receptor / E3 ubiquitin-protein ligase CBL-C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Guo, K. / Cooper, C.D.O. / Ayinampudi, V. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Canning, P. / von Delft, F. ...Chaikuad, A. / Guo, K. / Cooper, C.D.O. / Ayinampudi, V. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Canning, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Cbl-c (Cbl-3) TKB domain in complex with EGFR pY1069 peptide
著者: Chaikuad, A. / Guo, K. / Cooper, C.D.O. / Ayinampudi, V. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Canning, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. ...著者: Chaikuad, A. / Guo, K. / Cooper, C.D.O. / Ayinampudi, V. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Canning, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.
履歴
登録2010年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Signal transduction protein CBL-C
B: Signal transduction protein CBL-C
C: Epidermal growth factor receptor
D: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0848
ポリマ－74,9214
非ポリマー1634
水5,080282
1
A: Signal transduction protein CBL-C
C: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5424
ポリマ－37,4612
非ポリマー822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area15470 Å2
手法PISA
2
B: Signal transduction protein CBL-C
D: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5424
ポリマ－37,4612
非ポリマー822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15440 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area29140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.250, 90.250, 191.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNCYSCYS1AA11 - 324 - 25
211GLNGLNCYSCYS1BB11 - 324 - 25
121CYSCYSSERSER1AA32 - 4025 - 33
221CYSCYSSERSER1BB32 - 4025 - 33
131PROPROARGARG1AA41 - 6334 - 56
231PROPROARGARG1BB41 - 6334 - 56
141GLUGLUPROPRO4AA64 - 7057 - 63
241GLUGLUPROPRO4BB64 - 7057 - 63
151GLYGLYPROPRO1AA71 - 9964 - 92
251GLYGLYPROPRO1BB71 - 9964 - 92
161PHEPHEGLNGLN1AA111 - 330104 - 323
261PHEPHEGLNGLN1BB111 - 330104 - 323
171PROPROLEULEU1AA100 - 11093 - 103
271PROPROLEULEU1BB100 - 11093 - 103
112LEULEUARGARG1CC1066 - 10681 - 3
212LEULEUARGARG1DD1066 - 10681 - 3
122SERSERGLYGLY1CC1070 - 10755 - 10
222SERSERGLYGLY1DD1070 - 10755 - 10

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Signal transduction protein CBL-C / SH3-binding protein CBL-C / SH3-binding protein CBL-3 / RING finger protein 57


分子量: 36185.320 Da / 分子数: 2 / 断片: CBL N-terminal, UNP residues 9-323 / 変異: A64E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBL3, CBLC, RNF57 / プラスミド: pNIC-CTHF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9ULV8
#2: タンパク質・ペプチド Epidermal growth factor receptor / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1 / Proto-oncogene c-ErbB-1


分子量: 1275.240 Da / 分子数: 2 / 断片: EGFR, UNP residues 1066-1076 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00533
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.08 %
結晶化温度: 277.15 K / pH: 7.5
詳細: 20% Jeffamine M-600, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC Q315 3X3 CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月26日 / 詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→49.45 Å / Num. obs: 29742 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.52→2.66 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.745 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID: 1FBV CHAIN A

1fbv


解像度: 2.52→49.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 19.618 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1505 5.1 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.255 29663 --
obs0.216 28157 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.68 Å21.34 Å20 Å2
2--2.68 Å20 Å2
3----4.03 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.253 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→49.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5163 0 4 282 5449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0215358
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5431.9727260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1738949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.7085.118678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.3322.571245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.61515831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.521550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021146
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.321.53316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.11.51338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.54625285
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.16232042
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5734.51969
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A4251TIGHT POSITIONAL0.040.05
1A64MEDIUM POSITIONAL0.010.5
1A4251TIGHT THERMAL0.040.5
1A64MEDIUM THERMAL0.022
2C114TIGHT POSITIONAL0.010.05
2C114TIGHT THERMAL0.020.5
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 99 -
Rwork0.337 2084 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.6107-3.25772.95387.8327-3.17277.5313-0.12950.2645-0.75760.307-0.0682-0.69660.28420.35170.19770.20770.0242-0.00960.2078-0.0450.24579.647240.35343.7005
26.18488.62462.811914.51146.46243.9505-0.5123-0.31980.8656-1.85880.15760.9235-1.43320.36410.35470.8477-0.0141-0.15470.4649-0.07520.65212.264960.207335.1401
33.1022-0.2586-0.34866.12570.81438.63820.0691-0.1628-0.24230.4461-0.0064-0.03110.37960.0071-0.06270.0549-0.0078-0.0310.1439-0.01110.07521.325941.6340
40.2976-1.9435-0.520723.57182.32271.0320.2361-0.06640.34211.6670.139-4.147-0.7490.0654-0.37511.16120.0186-0.32721.0044-0.06360.84998.596263.020928.2185
52.4219-0.42670.55871.17890.77351.65840.00970.0657-0.0673-0.0226-0.01610.120.0562-0.17450.00640.1409-0.03750.01990.1787-0.00360.0328-9.925438.665525.5468
63.8586-0.38671.47083.9917-0.04493.0189-0.04070.270.4659-0.336-0.17590.1039-0.5571-0.08330.21660.25860.0696-0.02230.2188-0.01880.1776-16.406857.076521.6195
71.27663.19671.31198.85213.35761.5613-0.0921-0.14190.4530.0377-0.21720.8403-0.1845-0.28310.30920.3110.0926-0.05970.4222-0.03440.3478-26.915250.647517.3411
86.63851.58730.25515.00922.86565.754-0.2588-0.1336-0.6972-0.10780.0840.5780.4538-0.32340.17480.229-0.0176-0.02440.21250.05040.2097-9.659140.3668-12.509
93.3329-6.10013.804811.702-7.42154.7463-0.650.30610.66671.79520.0238-0.8849-1.2553-0.11080.62621.01440.2571-0.01860.68640.1770.6424-2.263560.2289-3.9535
102.9642-0.2321-0.44926.34790.1028.81950.03050.3306-0.25-0.3463-0.01230.11410.4361-0.1821-0.01820.0477-0.0054-0.02990.1689-0.00270.0869-1.333341.6366-8.8054
117.77342.0996-5.78310.5925-1.56234.30310.97831.08932.14490.03590.43330.725-0.581-0.8157-1.41161.64720.1153-0.70870.65970.01681.4831-8.565363.00692.8742
122.29940.33490.42771.2705-0.61111.8539-0.014-0.0415-0.07520.0566-0.0056-0.07920.06090.18690.01960.13680.030.01180.16760.00720.0419.92938.66675.6403
134.00330.67581.87534.31360.31442.8503-0.1015-0.24710.44930.2981-0.1094-0.1578-0.67450.12890.21090.301-0.0611-0.02950.21660.02290.160516.412957.08189.5686
141.395-3.47671.72828.749-4.3362.293-0.0570.14740.39730.0365-0.2446-0.8821-0.14650.32080.30160.3815-0.1609-0.02680.53590.0070.407826.923350.649713.8417
1551.01782.7342.88313.1312-1.352111.9261-0.5356-0.24052.32951.05930.06681.7128-1.1709-1.09990.46880.6510.2070.08740.4392-0.1150.3984-23.931158.705229.8097
1637.62892.6199-0.77117.53739.38112.1629-0.26620.07070.7599-1.39920.9606-0.601-1.67221.2242-0.69440.619-0.18210.20890.60310.2140.6924.068958.53151.445
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2A27 - 42
3X-RAY DIFFRACTION3A43 - 94
4X-RAY DIFFRACTION4A95 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5A111 - 238
6X-RAY DIFFRACTION6A239 - 278
7X-RAY DIFFRACTION7A279 - 330
8X-RAY DIFFRACTION8B10 - 26
9X-RAY DIFFRACTION9B27 - 42
10X-RAY DIFFRACTION10B43 - 94
11X-RAY DIFFRACTION11B95 - 110
12X-RAY DIFFRACTION12B111 - 238
13X-RAY DIFFRACTION13B239 - 278
14X-RAY DIFFRACTION14B279 - 330
15X-RAY DIFFRACTION15C1066 - 1075
16X-RAY DIFFRACTION16D1066 - 1075

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る