PDB-3oo7: Crystal structures and biochemical characterization of the bacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oo7

タイトル

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor AcbH reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-D-galactopyranose

要素

ABC transporter binding protein AcbH

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / class 2 SBP fold / ABC transporter extracellular solute binding protein / D-galactose Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Actinoplanes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Vahedi-Faridi, A. / Bulut, H. / Licht, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
著者: Licht, A. / Bulut, H. / Scheffel, F. / Daumke, O. / Wehmeier, U.F. / Saenger, W. / Schneider, E. / Vahedi-Faridi, A.

履歴

登録	2010年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年3月26日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oo7.cif.gz	98.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oo7.ent.gz	72.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oo7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3oo7_validation.pdf.gz	455.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3oo7_full_validation.pdf.gz	459.3 KB	表示
XML形式データ	3oo7_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	3oo7_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/3oo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/3oo7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oo6C 3oo8C 3oo9C 3ooaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xpj-2 6pql-2 2i58-1 3vxb-d 2z8d-1 3ooa-2 3oo8-d 6pre-2 2z8e-1 3ttl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (2) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (2)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (2)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (2)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (2)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ABC transporter binding protein AcbH

ヘテロ分子

46.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.469, 89.500, 101.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ABC transporter binding protein AcbH 分子量: 45879.445 Da / 分子数: 1 / 断片: residue in UNP 39-433 / 変異: T10M, D361K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Actinoplanes (バクテリア) / 株: SE50/110 / 遺伝子: AcbH / プラスミド: pAL53, pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q27GR2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.1 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 2.2M (NH4)2SO4, 100mM citric acid, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月17日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 192262 / R_merge(I) obs: 0.158 / D res high: 1.96 Å / Num. obs: 26593 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
1.96	2.01	1910	100	1	0.759
2.01	2.07	1898	100	1	0.629
2.07	2.13	1817	100	1	0.556
2.13	2.19	1788	99.9	1	0.452
2.19	2.26	1732	100	1	0.4
2.26	2.34	1676	100	1	0.358
2.34	2.43	1626	100	1	0.317
2.43	2.53	1554	100	1	0.286
2.53	2.64	1525	100	1	0.257
2.64	2.77	1424	100	1	0.203
2.77	2.92	1365	99.9	1	0.181
2.92	3.1	1304	100	1	0.14
3.1	3.31	1246	100	1	0.11
3.31	3.58	1147	100	1	0.083
3.58	3.92	1072	100	1	0.069
3.92	4.38	967	100	1	0.057
4.38	5.06	860	100	1	0.054
5.06	6.2	737	100	1	0.058
6.2	8.77	592	100	1	0.042

反射

解像度: 1.96→34.03 Å / Num. obs: 26593 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 23.675 Å² / R_merge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 14.53

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.96-2.01		0.537	0.759	3.7	13768	1910	1910	0.817	100
2.01-2.07		0.423	0.629	4.5	13795	1898	1898	0.677	100
2.07-2.13		0.351	0.556	5.2	13226	1817	1817	0.598	100
2.13-2.19		0.292	0.452	6.3	13075	1789	1788	0.486	99.9
2.19-2.26		0.252	0.4	7.2	12667	1732	1732	0.43	100
2.26-2.34		0.235	0.358	8	12282	1676	1676	0.385	100
2.34-2.43		0.2	0.317	9.1	11960	1626	1626	0.341	100
2.43-2.53		0.19	0.286	9.9	11354	1554	1554	0.308	100
2.53-2.64		0.167	0.257	10.8	11148	1525	1525	0.276	100
2.64-2.77		0.136	0.203	13	10435	1424	1424	0.219	100
2.77-2.92		0.11	0.181	14.9	9944	1366	1365	0.195	99.9
2.92-3.1		0.081	0.14	18	9480	1304	1304	0.15	100
3.1-3.31		0.063	0.11	22.4	8994	1246	1246	0.118	100
3.31-3.58		0.045	0.083	27.1	8254	1147	1147	0.09	100
3.58-3.92		0.036	0.069	31.5	7681	1072	1072	0.074	100
3.92-4.38		0.029	0.057	35.5	6844	967	967	0.062	100
4.38-5.06		0.03	0.054	35.5	6051	860	860	0.058	100
5.06-6.2		0.034	0.058	31	5148	737	737	0.063	100
6.2-8.77		0.037	0.042	34.1	3996	592	592	0.046	100
	8.77	0.018	0.03	42.2	2160	361	353	0.033	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: model from SeMet SAD phasing

解像度: 2.1→33.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 4.91 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21994	1086	5 %	RANDOM
R_work	0.16412	-	-	-
obs	0.1669	20648	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.785 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3039	0	56	308	3403

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3174
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.248	1.95	4312
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.034	5	389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.236	25.347	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.452	15	496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.472	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.158	1.5	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.844	2	3120
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.372	3	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.945	4.5	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	78	-
R_work	0.203	1478	-
obs	-	-	100 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)