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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3onx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a domain of a protein involved in formation of actin cytoskeleton | ||||||
要素 | Bud site selection protein 6 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / coiled-coil (コイルドコイル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoskeletal regulatory protein binding / positive regulation of formin-nucleated actin cable assembly / polarisome / bipolar cellular bud site selection / budding cell apical bud growth / 分泌 / vesicle targeting / pseudohyphal growth / prospore membrane / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity ...cytoskeletal regulatory protein binding / positive regulation of formin-nucleated actin cable assembly / polarisome / bipolar cellular bud site selection / budding cell apical bud growth / 分泌 / vesicle targeting / pseudohyphal growth / prospore membrane / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / positive regulation of actin nucleation / astral microtubule organization / cell tip / incipient cellular bud site / cellular bud tip / cellular bud neck / mating projection tip / spindle pole body / establishment of cell polarity / actin filament bundle assembly / enzyme activator activity / regulation of actin cytoskeleton organization / regulation of protein localization / actin binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.904 Å | ||||||
データ登録者 | Tu, D. / Eck, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012 タイトル: Structure of the formin-interaction domain of the actin nucleation-promoting factor Bud6. 著者: Tu, D. / Graziano, B.R. / Park, E. / Zheng, W. / Li, Y. / Goode, B.L. / Eck, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3onx.cif.gz | 57.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3onx.ent.gz | 46.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3onx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/3onx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/3onx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16496.176 Da / 分子数: 2 / 断片: coiled-coil domain (unp residues 549-688) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: AIP3, BUD6, L8543.5, YLR319C / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: P41697 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 9% PEG 3350, 85 mM sodium malonate (pH 7.0), 25% glycerol, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月16日 |
放射 | モノクロメーター: MD2 microdiffractometer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 17136 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1287 / % possible all: 71.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.904→35.028 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.7 / 位相誤差: 32.88 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.01 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.904→35.028 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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