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- PDB-3onw: Structure of a G-alpha-i1 mutant with enhanced affinity for the R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3onw
タイトルStructure of a G-alpha-i1 mutant with enhanced affinity for the RGS14 GoLoco motif.
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
  • Regulator of G-protein signaling 14
キーワードSIGNALING PROTEIN / RGS14 GoLoco / Rosetta / protein design / affinity enhancement / Ras-like domain / all-helical domain / GoLoco motif / arginine finger / lipoprotein / transducer / guanine nucleotide dissociation inhibitor / GTP binding / nucleotide binding / ADP-ribosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


zygote asymmetric cell division / negative regulation of synaptic plasticity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activating protein binding / positive regulation of neurogenesis / GDP-dissociation inhibitor activity / nucleocytoplasmic transport / spindle organization / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway ...zygote asymmetric cell division / negative regulation of synaptic plasticity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activating protein binding / positive regulation of neurogenesis / GDP-dissociation inhibitor activity / nucleocytoplasmic transport / spindle organization / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of MAP kinase activity / G-protein alpha-subunit binding / long-term memory / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / adenylate cyclase regulator activity / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / cellular response to forskolin / GTPase activator activity / regulation of mitotic spindle organization / learning / chromosome segregation / Regulation of insulin secretion / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / response to peptide hormone / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / PML body / visual learning / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / centriolar satellite / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / spindle / long-term synaptic potentiation / spindle pole / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / GDP binding / G alpha (z) signalling events / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / GPER1 signaling / heterotrimeric G-protein complex / mitotic cell cycle / signaling receptor complex adaptor activity / G protein activity / response to oxidative stress / midbody / cell cortex / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / dendritic spine / microtubule / Extra-nuclear estrogen signaling / postsynaptic density / nuclear body / ciliary basal body / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / cell division / GTPase activity / dendrite / centrosome / protein kinase binding / GTP binding / nucleolus / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RGS14, RGS domain / : / : / : / GoLoco motif / GoLoco motif / GoLoco/GPR motif profile. / LGN motif, putative GEFs specific for G-alpha GTPases / RGS, subdomain 1/3 / GI Alpha 1, domain 2-like ...RGS14, RGS domain / : / : / : / GoLoco motif / GoLoco motif / GoLoco/GPR motif profile. / LGN motif, putative GEFs specific for G-alpha GTPases / RGS, subdomain 1/3 / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Regulator of G-protein signaling 14 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Bosch, D. / Kimple, A.J. / Sammond, D.W. / Miley, M.J. / Machius, M. / Kuhlman, B. / Willard, F.S. / Siderovski, D.P.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Determinants of Affinity Enhancement between GoLoco Motifs and G-Protein {alpha} Subunit Mutants.
著者: Bosch, D.E. / Kimple, A.J. / Sammond, D.W. / Muller, R.E. / Miley, M.J. / Machius, M. / Kuhlman, B. / Willard, F.S. / Siderovski, D.P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure-based protocol for identifying mutations that enhance protein-protein binding affinities
著者: Sammond, D.W. / Eletr, Z.M. / Purbeck, C. / Kimple, R.J. / Siderovski, D.P. / Kuhlman, B.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Structural determinants for GoLoco-induced inhibition of nucleotide release by Galpha subunits
著者: Kimple, R.J. / Kimple, M.E. / Betts, L. / Sondek, J. / Siderovski, D.P.
履歴
登録2010年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
C: Regulator of G-protein signaling 14
D: Regulator of G-protein signaling 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,1959
ポリマ－83,0214
非ポリマー1,1755
水1,74797
1
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
C: Regulator of G-protein signaling 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0504
ポリマ－41,5102
非ポリマー5392
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17280 Å2
手法PISA
2
B: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
D: Regulator of G-protein signaling 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1465
ポリマ－41,5102
非ポリマー6353
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.392, 83.679, 190.148
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 37416.637 Da / 分子数: 2 / 変異: Q147L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1 / プラスミド: pLICHis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P63096, EC: 3.6.5.1
#2: タンパク質・ペプチド Regulator of G-protein signaling 14 / RGS14


分子量: 4093.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The RGS14 GoLoco motif peptide was synthesized according to the human RGS14 sequence, identical to that used in PDB entries 1KJY and 2OM2.
参照: UniProt: O43566
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Hanging drops were a 1:1 mixture of protein-peptide complex in buffer (10 mM Tris pH 7.5, 1 mM magnesium chloride, 5% (w/v) glycerol, 5 mM DTT) and well solution (1.9 M ammonium sulfate, 100 ...詳細: Hanging drops were a 1:1 mixture of protein-peptide complex in buffer (10 mM Tris pH 7.5, 1 mM magnesium chloride, 5% (w/v) glycerol, 5 mM DTT) and well solution (1.9 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 5.0, 200 mM magnesium chloride, 10% (w/v) glycerol), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→28.88 Å / Num. all: 45328 / Num. obs: 45328 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 59.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 2.38→2.4 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.761 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OM2 chain A

2om2


解像度: 2.38→95.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 15.463 / SU ML: 0.166 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26539 1528 3.4 %RANDOM
Rwork0.22825 ---
obs0.22953 43755 98.55 %-
all-43755 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.254 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0 Å20 Å2
2---0.33 Å2-0 Å2
3---0.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.231 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→95.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5643 0 71 97 5811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225811
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0861.9687841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.155698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.92524.507284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.856151065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8071536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4631.53480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89725606
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.30332331
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0864.52235
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.442 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 105 -
Rwork0.3 3186 -
obs--97.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3227-0.29360.30822.88620.02621.61190.11620.0044-0.31310.1238-0.10730.55070.4281-0.2337-0.00890.2878-0.0278-0.00610.1292-0.0420.387815.286625.065515.7499
21.0487-0.9937-1.66672.3883.04414.5068-0.16380.2319-0.02930.0663-0.19960.61290.2872-0.56580.36330.3483-0.0775-0.02390.40770.00030.6006-1.943228.356817.5663
36.79333.19192.00077.53721.52942.00710.0171-0.11580.26240.4649-0.05350.30720.1013-0.0250.03630.12160.03350.09340.1529-0.01040.10569.732850.69829.1479
42.9532-0.9222-1.55513.0923-3.9965.92750.0128-0.12970.49770.6006-0.12820.4646-0.2985-0.19870.11550.15390.06830.02230.3094-0.06190.38462.422358.176433.2444
56.8245-0.2028-0.53041.1480.7970.643-0.1371-0.06880.30980.0159-0.07740.39450.0719-0.13510.21450.10540.0008-0.02060.19430.0290.17945.637350.089724.7147
60.2548-0.7694-0.41913.66031.44491.5591-0.03170.0547-0.22560.0937-0.11390.31510.1958-0.14960.14560.2295-0.08220.00380.3289-0.02720.33873.575932.967317.7324
73.0425-1.32170.76132.61410.06560.72880.0124-0.2757-0.30260.38870.06990.04780.1628-0.0032-0.08230.4168-0.01560.01140.24940.04720.291121.813518.73723.5138
82.1870.61850.953410.25441.81520.85980.1448-0.3856-0.22570.1583-0.0991-0.01180.2499-0.1284-0.04580.15170.0130.02110.11250.04690.032625.406236.593318.3056
93.2121-1.3316-0.40724.63680.12371.7552-0.0633-0.2202-0.43590.16340.0407-0.18650.36290.26360.02270.21780.0398-0.02340.08480.02980.09429.364830.653115.4263
104.89191.66410.99346.2531.29065.08140.03510.33660.5812-0.41740.1216-0.2442-0.21240.0579-0.15670.1019-0.00450.04280.03170.03980.111928.721245.19167.8271
112.6522-1.9713-1.537712.19173.65781.7981-0.01380.3743-0.9876-0.4306-0.1204-0.96630.19170.11860.13420.45830.16250.0130.3918-0.18380.645635.699624.61036.324
121.59682.03730.242.654-0.02233.6293-0.16230.0016-0.1369-0.2961-0.0291-0.12360.5165-0.2930.19150.3286-0.005-0.08330.1993-0.14350.252316.983926.23534.0417
136.6096-2.10532.76780.7701-0.79891.22790.16330.2876-0.61210.0628-0.06070.35220.14470.132-0.10260.2413-0.05120.12220.1847-0.02820.322613.861236.673917.2547
143.4675-0.06-0.83332.34481.03111.26960.00350.31690.5604-0.08860.207-0.6419-0.21780.4029-0.21060.0918-0.0765-0.02650.33390.12160.323351.257969.02830.7495
153.3245-0.46391.20730.5034-0.62580.97730.18210.35030.60890.126-0.2637-0.0499-0.1670.43680.08150.485-0.03520.02330.42130.03130.613848.471285.858525.505
1611.69245.1975-1.42379.1806-1.55320.3097-0.11690.8774-0.2072-1.20590.08490.34910.1766-0.03690.0320.36220.0555-0.04880.21650.05870.201327.777276.507617.1556
172.6552-0.16231.0162.14990.7142.0832-0.01930.66990.3863-0.3850.08060.2592-0.1205-0.0585-0.06130.44840.0697-0.0460.38150.0620.372424.543384.494213.5569
181.7003-1.24620.01576.152-2.28081.56090.16040.15910.2062-0.1467-0.11650.5122-0.2541-0.0871-0.04390.21920.0796-0.05630.108-0.00090.229826.410580.067623.8864
190.948-1.5716-1.15793.25021.54312.45340.08580.00840.39980.0584-0.0745-0.6082-0.42670.0223-0.01140.3142-0.0412-0.06710.1970.07080.518539.703487.603127.2962
205.4486-0.65543.46732.10241.22155.5918-0.20620.65310.2134-0.17590.0772-0.145-0.30270.7140.1290.278-0.09580.00970.38250.08820.396357.649471.726229.7334
211.3979-2.18230.25674.01220.51223.3930.23020.31050.1608-0.4337-0.0539-0.28930.11870.2895-0.17640.1396-0.01850.07760.47230.04270.261255.570960.196722.1751
225.50290.331-0.21152.15360.53640.3102-0.02270.2711-0.2884-0.1890.01-0.16160.06150.13510.01270.11130.07130.05320.18660.00010.043241.732355.6829.5925
234.3642-0.5541-0.36015.78130.58933.9304-0.1271-0.3518-0.30670.4132-0.00880.49550.1622-0.21130.13590.0385-0.01220.04570.08010.00690.061731.689959.568539.4525
246.50666.27180.06288.41062.19292.0403-0.15-0.6303-0.40910.0614-0.11510.06290.38590.5290.26510.4950.0971-0.10320.40240.02520.470550.256345.311839.8728
257.68620.06220.79731.18980.44112.9607-0.4158-0.55670.27230.46820.1199-0.50680.15220.48590.29590.2430.0282-0.19530.2357-0.01830.311951.082865.838842.3328
268.79169.94180.722711.37080.78180.06930.3515-0.14330.22860.34-0.42670.1050.03610.06640.07520.12690.04740.04380.620.3350.19240.040771.70629.4461
2711.6889-5.1599-2.86962.40961.35744.559-0.4209-0.9177-0.11110.39120.4562-0.2241-0.0740.5784-0.03540.58930.1223-0.27510.40080.02180.642132.144926.595426.9288
2813.1135-17.8473-2.911826.08753.3330.9541-0.4645-1.6437-0.29010.01590.94231.09260.06840.689-0.47780.67820.2365-0.05371.0321-0.25090.503521.192435.07226.9314
2917.59732.4605-19.34590.4366-2.649121.3258-0.2592-0.8036-0.25340.2067-0.04530.00250.50090.81510.30450.6983-0.00120.08260.36680.11140.30928.134738.364731.6106
303.3497-2.48473.34271.887-2.48813.3976-0.0974-0.16910.18970.0673-0.0179-0.28990.1088-0.03240.11530.55140.0515-0.10510.61710.0020.68429.34350.312339.5055
310.0171-0.17810.71721.9716-8.042532.9303-0.10270.05-0.0191-0.2264-0.5358-0.11081.03611.50160.63850.2783-0.06020.35170.6609-0.43230.872549.96448.398219.9865
3216.2753-9.46891.156116.8565-5.42032.09680.31410.16140.0793-1.1863-0.09510.50280.36650.0384-0.2190.31450.0021-0.04990.3571-0.02240.028442.324658.454519.8942
339.91250.6015-2.98849.0805-9.386410.3009-0.69961.1938-0.4679-0.7820.1846-0.38340.8805-0.42340.5150.53330.00350.12810.42950.0660.227538.409375.038416.1396
3416.77040.5166-0.28186.7059-0.97540.21120.0659-0.0732-0.7477-0.11020.0242-0.21790.08230.0841-0.09010.54240.036-0.0090.59260.03680.387829.692676.24877.871
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A32 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2A56 - 71
3X-RAY DIFFRACTION3A72 - 95
4X-RAY DIFFRACTION4A96 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5A110 - 155
6X-RAY DIFFRACTION6A156 - 193
7X-RAY DIFFRACTION7A194 - 216
8X-RAY DIFFRACTION8A217 - 237
9X-RAY DIFFRACTION9A238 - 273
10X-RAY DIFFRACTION10A274 - 309
11X-RAY DIFFRACTION11A310 - 320
12X-RAY DIFFRACTION12A321 - 347
13X-RAY DIFFRACTION13A401
14X-RAY DIFFRACTION14B32 - 56
15X-RAY DIFFRACTION15B57 - 75
16X-RAY DIFFRACTION16B76 - 90
17X-RAY DIFFRACTION17B91 - 119
18X-RAY DIFFRACTION18B120 - 158
19X-RAY DIFFRACTION19B159 - 178
20X-RAY DIFFRACTION20B179 - 195
21X-RAY DIFFRACTION21B196 - 219
22X-RAY DIFFRACTION22B220 - 267
23X-RAY DIFFRACTION23B268 - 311
24X-RAY DIFFRACTION24B312 - 317
25X-RAY DIFFRACTION25B318 - 348
26X-RAY DIFFRACTION26B401
27X-RAY DIFFRACTION27C496 - 506
28X-RAY DIFFRACTION28C507 - 513
29X-RAY DIFFRACTION29C514 - 520
30X-RAY DIFFRACTION30C521 - 531
31X-RAY DIFFRACTION31D496 - 501
32X-RAY DIFFRACTION32D502 - 512
33X-RAY DIFFRACTION33D513 - 519
34X-RAY DIFFRACTION34D520 - 529

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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