PDB-3onu: Crystal Structure of P Domain from Norwalk Virus Strain Vietnam 026

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3onu

タイトル

Crystal Structure of P Domain from Norwalk Virus Strain Vietnam 026

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / viral capsid domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norwalk virus (ノロウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.395 Å

データ登録者

Hansman, G.S. / Biertumpfel, C. / Chen, L. / Georgiev, I. / McLellan, J.S. / Katayama, K. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures of GII.10 and GII.12 Norovirus Protruding Domains in Complex with Histo-Blood Group Antigens Reveal Details for a Potential Site of Vulnerability.
著者: Hansman, G.S. / Biertumpfel, C. / Georgiev, I. / McLellan, J.S. / Chen, L. / Zhou, T. / Katayama, K. / Kwong, P.D.

履歴

登録	2010年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3onu.cif.gz	368.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3onu.ent.gz	305.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3onu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/3onu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/3onu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3onyC 3pa1C 3pa2C 3q38C 3q39C 3q3aC 3q6qC 3q6rC 3r6jC 3r6kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z4z-d 6gw2-d 5hza-d 3pa2-d 4z4w-d 5zv7-d 3ony-2 3q39-d 5lkc-d 3q6q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

69.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Capsid protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Capsid protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.217, 79.111, 69.292
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Capsid protein 分子量: 34717.879 Da / 分子数: 2 / 断片: P domain (UNP residues 225-538) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk virus (ノロウイルス) / 株: Vietnam 026 / プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 909 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Imidazole pH 6.5, 8.25% PEG 8000, 1% MPD , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月8日
放射	モノクロメーター: SI 111. ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 130975 / Num. obs: 130975 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 9536 / % possible all: 69.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.395→22.695 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1672	6166	5.04 %	random
R_work	0.1505	-	-	-
all	0.1514	122330	-	-
obs	0.1514	122330	88.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.481 Å² / k_sol: 0.391 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.379 Å²	-0 Å²	-2.3447 Å²
2-	-	-2.0272 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.4062 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.395→22.695 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4814	0	32	909	5755

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4978
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.331	6803
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.591	1785
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	756
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	899

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3955-1.4113	0.2351	102	0.224	2048	X-RAY DIFFRACTION	47
1.4113-1.4279	0.2501	155	0.2197	2589	X-RAY DIFFRACTION	60
1.4279-1.4454	0.2404	125	0.2149	2844	X-RAY DIFFRACTION	65
1.4454-1.4636	0.2294	173	0.205	2995	X-RAY DIFFRACTION	70
1.4636-1.4829	0.2152	173	0.2045	3220	X-RAY DIFFRACTION	74
1.4829-1.5032	0.2342	194	0.1957	3389	X-RAY DIFFRACTION	78
1.5032-1.5247	0.2152	207	0.1914	3598	X-RAY DIFFRACTION	82
1.5247-1.5474	0.1842	172	0.177	3726	X-RAY DIFFRACTION	85
1.5474-1.5716	0.2112	210	0.1767	3787	X-RAY DIFFRACTION	88
1.5716-1.5974	0.1942	207	0.167	3873	X-RAY DIFFRACTION	89
1.5974-1.6249	0.1978	209	0.1629	3923	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6249-1.6544	0.1927	214	0.1571	3955	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6544-1.6863	0.1786	244	0.151	3970	X-RAY DIFFRACTION	92
1.6863-1.7207	0.1637	195	0.1478	4049	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7207-1.7581	0.1683	205	0.1422	4074	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7581-1.7989	0.1879	216	0.1377	4083	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7989-1.8439	0.1426	220	0.1372	4051	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8439-1.8937	0.1535	222	0.1463	4098	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8937-1.9494	0.164	228	0.1435	4189	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9494-2.0123	0.1659	231	0.1392	4263	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0123-2.0842	0.155	207	0.1403	4329	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0842-2.1676	0.1666	223	0.1387	4322	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1676-2.2662	0.1494	229	0.1334	4292	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2662-2.3855	0.1407	266	0.135	4272	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3855-2.5348	0.1383	220	0.1403	4274	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5348-2.7302	0.1757	217	0.1475	4341	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7302-3.0044	0.161	221	0.1511	4378	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0044-3.4378	0.165	212	0.1483	4380	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4378-4.3264	0.1559	253	0.1422	4381	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3264-22.6977	0.1684	216	0.1587	4471	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6583	0.0724	-0.0357	0.6807	-0.0635	0.9128	-0.0139	0.0798	0.0105	-0.0706	0.0388	0.0095	-0.0811	0.035	-0.0267	0.0709	-0.0113	0.0023	0.0649	-0.0003	0.0407	8.1285	6.2442	8.662
2	0.8206	-0.0011	0.149	0.9013	0.1082	0.5165	0.0236	-0.0279	-0.1194	0.0694	0.0435	-0.1603	0.0359	0.0789	-0.0559	0.0746	0.0063	-0.0214	0.0785	-0.0076	0.1057	20.7727	-5.9103	25.0878

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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