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- PDB-3onh: Crystal structure of UBA2ufd-Ubc9: insights into E1-E2 interactio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3onh
タイトルCrystal structure of UBA2ufd-Ubc9: insights into E1-E2 interactions in Sumo pathways
要素Ubiquitin-activating enzyme E1-like
キーワードLIGASE / SUMO conjugation / Ubc9
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO activating enzyme activity / SUMO activating enzyme complex / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / protein sumoylation / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like 2 activating enzyme e1b. Chain: B, domain 3 / SUMO-activating enzyme subunit Uba2 / Ubiquitin activating enzyme, alpha domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / ThiF/MoeB/HesA family ...Ubiquitin-like 2 activating enzyme e1b. Chain: B, domain 3 / SUMO-activating enzyme subunit Uba2 / Ubiquitin activating enzyme, alpha domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-activating enzyme E1-like
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.601 Å
データ登録者Wang, J. / Taherbhoy, A.M. / Hunt, H.W. / Seyedin, S.N. / Miller, D.W. / Huang, D.T. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of UBA2(ufd)-Ubc9: insights into E1-E2 interactions in Sumo pathways.
著者: Wang, J. / Taherbhoy, A.M. / Hunt, H.W. / Seyedin, S.N. / Miller, D.W. / Miller, D.J. / Huang, D.T. / Schulman, B.A.
履歴
登録2010年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年1月23日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-activating enzyme E1-like


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3241
ポリマ－14,3241
非ポリマー00
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.192, 80.192, 50.728
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-activating enzyme E1-like / SMT3-activating enzyme subunit 2 / Polymerase-interacting protein 2


分子量: 14324.036 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 439-563 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: UBA2, PIP2, UAL1, YDR390C, D9509.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52488
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 3M (NH4)2SO4, 1% MPD, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月4日
放射モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 20193 / Num. obs: 20193 / % possible obs: 94.77 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3ONG

3ong


解像度: 1.601→40.096 Å / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 18.96 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1781 1041 5.16 %
Rwork0.1596 --
obs0.1619 20193 94.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.878 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8988 Å2-0 Å20 Å2
2---0.8988 Å2-0 Å2
3---1.7975 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.601→40.096 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数885 0 0 81 966
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006896
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9821212
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.956336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003157
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.601-1.68590.25631220.25452403X-RAY DIFFRACTION80
1.6859-1.79150.26511120.23392602X-RAY DIFFRACTION86
1.7915-1.92970.20141630.20342738X-RAY DIFFRACTION90
1.9297-2.12390.20431530.1852818X-RAY DIFFRACTION94
2.1239-2.4310.18821340.17242864X-RAY DIFFRACTION94
2.431-3.06190.18421750.15682868X-RAY DIFFRACTION94
3.0619-25.36210.1351510.11082879X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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