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- PDB-3on7: Crystal structure of a Putative oxygenase (SO_2589) from Shewanel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3on7
タイトルCrystal structure of a Putative oxygenase (SO_2589) from Shewanella oneidensis at 2.20 A resolution
要素Oxidoreductase, iron/ascorbate family
キーワードOXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 2OG-Fe(II) oxygenase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Putative oxygenase (SO_2589) from Shewanella oneidensis at 2.20 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase, iron/ascorbate family
B: Oxidoreductase, iron/ascorbate family
C: Oxidoreductase, iron/ascorbate family
D: Oxidoreductase, iron/ascorbate family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,26715
ポリマ－128,6374
非ポリマー63111
水12,376687
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12330 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area43370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.189, 95.678, 184.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 279
2114B1 - 279
3114C1 - 279
4114D1 - 279
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A TETRAMER AS POSSIBLE OLIGOMERIZATION STATES.

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要素

#1: タンパク質
Oxidoreductase, iron/ascorbate family


分子量: 32159.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
遺伝子: SO_2589 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8EE01
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
解説: DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R MERGE, COMPLETENESS AND .
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.80M lithium chloride, 24.00% polyethylene glycol 6000, 0.1M HEPES pH 6.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97963,0.97916
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月11日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979631
30.979161
反射解像度: 2.2→29.587 Å / Num. obs: 59238 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 30.859 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 7.98
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.2-2.280.5221.62038310943195.2
2.28-2.370.422034110834197.2
2.37-2.480.3322.52138011284197.8
2.48-2.610.2653.12112111053198.2
2.61-2.770.20442091910888198.4
2.77-2.980.1525.32147011070198.8
2.98-3.280.0988.12189411245198.9
3.28-3.760.05613.12212411354198.8
3.76-4.720.03818.42175511125199
4.72-29.5870.03121.22214611236198

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.587 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 11.31 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.217
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 6. CHLORIDE (CL) AND POLYETHYLENE GLYCROL (PEG) FROM THE CRYSTALLIZATION AND GLYCEROL(GOL) USED AS A CRYOPROTECTANT HAVE BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2345 2982 5 %RANDOM
Rwork0.1847 ---
obs0.1873 59183 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.89 Å2 / Biso mean: 28.0169 Å2 / Biso min: 5.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å20 Å20 Å2
2---1.01 Å20 Å2
3---1.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.587 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8694 0 32 687 9413
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0229075
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.311.96512363
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.868315065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.83551126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.97623.756426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.058151506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8131559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.28635534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.50332184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.34158993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.03783541
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.758113350
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3411 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
AMEDIUM POSITIONAL0.230.5
BMEDIUM POSITIONAL0.30.5
CMEDIUM POSITIONAL0.250.5
DMEDIUM POSITIONAL0.220.5
AMEDIUM THERMAL0.872
BMEDIUM THERMAL0.922
CMEDIUM THERMAL0.912
DMEDIUM THERMAL0.792
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 194 -
Rwork0.266 4041 -
all-4235 -
obs--97.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8087-0.1456-0.20391.07030.16440.91340.0363-0.1706-0.02740.3264-0.0283-0.14580.00470.1267-0.0080.1289-0.0448-0.03880.07870.01910.052747.421141.206592.451
20.84930.05650.06430.60540.16970.64810.02030.083-0.11090.011-0.01270.02690.041-0.0338-0.00760.0068-0.00660.00020.0275-0.01090.087936.672123.852860.2103
30.73010.04740.0980.53240.22390.79530.03340.0275-0.1314-0.01130.0182-0.09420.0680.0949-0.05150.00940.011-0.00110.0284-0.01810.072260.432537.145947.8925
40.67660.14490.26221.1251-0.07780.87570.0082-0.09580.01560.19560.01730.0679-0.1644-0.0786-0.02540.06620.00470.02440.0306-0.01350.020352.930964.423474.0207
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 279
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 279
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 279
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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