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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3omw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ssu72, an essential eukaryotic phosphatase specific for the C-terminal domain of RNA polymerase II | ||||||
![]() | CG14216 | ||||||
![]() | HYDROLASE / phosphatase / low molecular weight protein tyrosine phosphatase / C-terminal domain of RNA polymerase II / dephosphorylate C-terminal domain of RNA polymerase II / RNA polymerase II / transcription factor IIB / Pta1 / CPF complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / : / myosin phosphatase activity / termination of RNA polymerase II transcription / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, Y. / Zhang, M. / Zhang, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Ssu72, an essential eukaryotic phosphatase specific for the C-terminal domain of RNA polymerase II, in complex with a transition state analogue. 著者: Zhang, Y. / Zhang, M. / Zhang, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 159 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 127.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 470.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22232.393 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CG14216, Dmel_CG14216 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.64 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 10% isopropanol, 14-18% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月8日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.977 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→48.7 Å / Num. all: 26297 / Num. obs: 24877 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.767 / % possible all: 96.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3FMV 解像度: 2.8701→48.507 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.54 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.682 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8701→48.507 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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