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万見
- PDB-3omo: Fragment-Based Design of novel Estrogen Receptor Ligands -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3omo
タイトルFragment-Based Design of novel Estrogen Receptor Ligands
要素
  • Estrogen receptor beta
  • Nuclear receptor coactivator 1
キーワードPROTEIN BINDING / Steroid binding
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity ...receptor antagonist activity / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / nuclear estrogen receptor activity / male mating behavior / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / hypothalamus development / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / nuclear steroid receptor activity / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / estrous cycle / progesterone receptor signaling pathway / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / lactation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / steroid binding / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of neuron differentiation / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / response to progesterone / ESR-mediated signaling / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cerebellum development / hippocampus development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to estradiol stimulus / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / negative regulation of cell growth / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / : / cell-cell signaling / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / Extra-nuclear estrogen signaling / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Nuclear receptor coactivator 1 / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Nuclear receptor coactivator 1 / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / : / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WV7 / Nuclear receptor coactivator 1 / Estrogen receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Moecklinghoff, S. / van Otterlo, W.A. / Rose, R. / Fuchs, S. / Dominguez Seoane, M. / Waldmann, H. / Ottmann, C. / Brunsveld, L.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Design and Evaluation of Fragment-Like Estrogen Receptor Tetrahydroisoquinoline Ligands from a Scaffold-Detection Approach.
著者: van Otterlo, W.A. / Rose, R. / Fuchs, S. / Zimmermann, T.J. / Dominguez Seoane, M. / Waldmann, H. / Ottmann, C. / Brunsveld, L.
履歴
登録2010年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor beta
B: Estrogen receptor beta
C: Nuclear receptor coactivator 1
D: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1786
ポリマ－58,6874
非ポリマー4902
水5,999333
1
A: Estrogen receptor beta
C: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5893
ポリマ－29,3442
非ポリマー2451
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11540 Å2
手法PISA
2
B: Estrogen receptor beta
D: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5893
ポリマ－29,3442
非ポリマー2451
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11600 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.570, 70.570, 109.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 1000
2114B1 - 1000

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor beta / ER-beta / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 2


分子量: 27109.143 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand Binding Domain (UNP residues 261-500) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR2, ESTRB, NR3A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92731
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1 / NCoA-1 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1 / RIP160 / Protein Hin-2 / Renal carcinoma antigen ...NCoA-1 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1 / RIP160 / Protein Hin-2 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74


分子量: 2234.535 Da / 分子数: 2 / 断片: Box 2 (UNP residues 683-701) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic Peptide / 参照: UniProt: Q15788
#3: 化合物 ChemComp-WV7 / 2-(trifluoroacetyl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-6-ol


分子量: 245.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10F3NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 17% PEG10000 (v/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2009年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 29488 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 11.76
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.2-2.50.1335.414482889590.2
2.5-30.0798.514652882498.7
3-3.50.04514.27552448498.5
3.5-40.03219.84211246297.4
4-50.027234251243296.1
5-100.02921.73959214792.1
10-150.02233.238819785.7
15-200.02132.2954785.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.21→19.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.829 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2638 1475 5 %RANDOM
Rwork0.2084 ---
obs0.2111 29488 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.73 Å2 / Biso mean: 20.5507 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.03 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→19.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3747 0 34 333 4114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0223869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.00525234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4565471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.29123.889144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.17715746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4751521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1111.52377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.05123843
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.65531492
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5544.51391
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1745 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.320.5
MEDIUM THERMAL0.832
LS精密化 シェル解像度: 2.212→2.269 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 93 -
Rwork0.267 1759 -
all-1852 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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