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- PDB-3omc: Structure of human SND1 extended tudor domain in complex with the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3omc
タイトルStructure of human SND1 extended tudor domain in complex with the symmetrically dimethylated arginine PIWIL1 peptide R4me2s
要素
  • SYNTHETIC PEPTIDE
  • Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / staphylococcal nuclease domain-containing protein 1 / TDRD11 / SND1 / PIWIL1/Miwi / Structural Genomics Consortium / SGC / P100 extended Tudor domain / transcription regulation / symmetrically dimethylated arginine peptides derived from PIWIL1
機能・相同性
機能・相同性情報


RNAi effector complex / miRNA catabolic process / regulation of cell cycle process / RISC complex binding / nuclease activity / dense body / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / micrococcal nuclease / : / mRNA catabolic process ...RNAi effector complex / miRNA catabolic process / regulation of cell cycle process / RISC complex binding / nuclease activity / dense body / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / micrococcal nuclease / : / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / transcription coregulator activity / osteoblast differentiation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / melanosome / endonuclease activity / cadherin binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-induced silencing complex, nuclease component Tudor-SN / : / Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold ...RNA-induced silencing complex, nuclease component Tudor-SN / : / Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SH3 type barrels. - #140 / SNase-like, OB-fold superfamily / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Lam, R. / Liu, K. / Guo, Y.H. / Bian, C.B. / Xu, C. / MacKenzie, F. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Lam, R. / Liu, K. / Guo, Y.H. / Bian, C.B. / Xu, C. / MacKenzie, F. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural basis for recognition of arginine methylated Piwi proteins by the extended Tudor domain.
著者: Liu, K. / Chen, C. / Guo, Y. / Lam, R. / Bian, C. / Xu, C. / Zhao, D.Y. / Jin, J. / MacKenzie, F. / Pawson, T. / Min, J.
履歴
登録2010年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32017年11月15日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
B: Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
C: SYNTHETIC PEPTIDE
D: SYNTHETIC PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4065
ポリマ－61,3714
非ポリマー351
水5,044280
1
A: Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
C: SYNTHETIC PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6852
ポリマ－30,6852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12270 Å2
手法PISA
2
B: Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
D: SYNTHETIC PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7213
ポリマ－30,6852
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area580 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.622, 75.834, 80.177
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1 / 100 kDa coactivator / EBNA2 coactivator p100 / Tudor domain-containing protein 11 / p100 co-activator


分子量: 29797.428 Da / 分子数: 2 / 断片: Tudor domain (UNP residues 650-910) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SND1, TDRD11 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q7KZF4
#2: タンパク質・ペプチド SYNTHETIC PEPTIDE


分子量: 888.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Symmetrically dimethylated arginine peptide R4me2s derived from PIWIL1
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG1500, 1:500 V8 PROTEASE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月11日 / 詳細: VariMax HR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 41508 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.77-1.833.50.28240350.9998
1.83-1.913.60.21541521.02799.5
1.91-1.993.60.15441411.0299.6
1.99-2.13.60.11241320.98499.8
2.1-2.233.60.08441630.942100
2.23-2.43.70.06741380.995100
2.4-2.643.70.05341250.973100
2.64-3.033.70.03741890.998100
3.03-3.813.80.02342001.109100
3.81-503.70.01842330.97899.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.94 Å25.96 Å
Translation1.94 Å25.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.6.0081精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
JDirectorデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O4X

2o4x


解像度: 1.77→25.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.822 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2131 2088 5 %RANDOM
Rwork0.1786 ---
obs0.1803 41488 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.11 Å2 / Biso mean: 29.3425 Å2 / Biso min: 14.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.22 Å20 Å2-0.85 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→25.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3501 0 1 280 3782
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1751.9584861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4525441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.11824.045178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.65715589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3241527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212769
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.816 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 148 -
Rwork0.216 2854 -
all-3002 -
obs--98.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1683-0.2350.32380.6176-0.46570.7607-0.02340.0099-0.00680.05410.0178-0.0102-0.04110.01790.00560.00920.0050.00760.0222-0.00470.02343.8630.7438.893
20.0925-0.18520.32030.6135-0.52211.3908-0.01210.0146-0.0039-0.0427-0.03560.0121-0.09460.07120.04770.0234-0.0057-0.0040.01290.00140.01793.8791.90147.771
31.7225-2.1884-1.9155.4071-0.93896.4581-0.1813-0.1040.07590.0179-0.2015-0.46270.46520.5380.38280.05350.07710.01080.13760.02340.068117.39-4.8878.305
472.0067-4.6180.203222.0773-27.712735.22710.82412.86340.45920.7336-1.1058-0.2584-0.99651.160.28170.0929-0.04350.07020.1927-0.05220.183711.094-6.44849.04
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A681 - 897
2X-RAY DIFFRACTION2B682 - 897
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 8
4X-RAY DIFFRACTION4D3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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