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万見
- PDB-3oly: Structural and functional effects of substitution at position T+1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oly
タイトルStructural and functional effects of substitution at position T+1 in CheY: CheYA88M-BeF3-Mn complex
要素Chemotaxis protein CheY
キーワードSIGNALING PROTEIN / alpha-beta repeat / chemotaxis / two-component signaling / response regulator / CheA / CheZ / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity ...bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity / acetyltransferase activity / phosphorelay signal transduction system / chemotaxis / magnesium ion binding / signal transduction / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / : / Chemotaxis protein CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Immormino, R.M. / Bourret, R.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: A Variable Active Site Residue Influences the Kinetics of Response Regulator Phosphorylation and Dephosphorylation.
著者: Immormino, R.M. / Silversmith, R.E. / Bourret, R.B.
履歴
登録2010年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年10月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis protein CheY
B: Chemotaxis protein CheY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,36316
ポリマ－28,3452
非ポリマー1,01814
水5,819323
1
A: Chemotaxis protein CheY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6808
ポリマ－14,1721
非ポリマー5077
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chemotaxis protein CheY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6848
ポリマ－14,1721
非ポリマー5117
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.445, 53.547, 161.082
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Chemotaxis protein CheY


分子量: 14172.451 Da / 分子数: 2 / 変異: A88M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: cheY / プラスミド: pRS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K0641 RecA / 参照: UniProt: P0AE67

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非ポリマー , 5種, 337分子

#2: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Ammonium Sulfate 2.4 M Glycerol 2.5% (v/v) Tris 100 mM pH 8.0 MnCl2 20mM BeCl2 1mM NaF 10mM 4.8 mg/mL CheY A88M 1-10-10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月24日 / 詳細: Sagital crystal
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 30591 / Num. obs: 30464 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 35.35 Å2 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.05-2.096.22.715040.6731100
5.56-506.616.916780.075198.8
4.42-5.56719.215950.087199.7
3.86-4.427.116.815460.102199.9
3.51-3.867.215.815560.111100
3.25-3.517.216.415380.1091100
3.06-3.257.316.715260.1191100
2.91-3.067.317.715450.1281100
2.78-2.917.316.415270.141100
2.68-2.787.315.915080.1561100
2.58-2.687.313.714900.1821100
2.5-2.587.312.215370.1991100
2.43-2.57.21115000.2321100
2.37-2.437.31014980.255199.9
2.31-2.377.28.315230.2991100
2.26-2.317.27.314760.3371100
2.21-2.267.26.515430.3661100
2.16-2.217.1514790.4511100
2.12-2.1674.314860.4851100
2.09-2.126.73.415090.5781100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_336)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3MYY

3myy


解像度: 2.05→26.722 Å / SU ML: 0.26 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2124 1534 5.34 %random
Rwork0.1797 ---
obs0.1815 28710 96.23 %-
all-29834 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.447 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7844 Å20 Å20 Å2
2--2.2832 Å2-0 Å2
3---0.5012 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→26.722 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1956 0 49 323 2328
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072093
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0632820
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.618809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004363
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.11610.36011210.28282241X-RAY DIFFRACTION89
2.1161-2.19170.27751360.24342281X-RAY DIFFRACTION91
2.1917-2.27950.24941360.22472353X-RAY DIFFRACTION93
2.2795-2.38310.27451360.21392418X-RAY DIFFRACTION95
2.3831-2.50870.25861400.21592444X-RAY DIFFRACTION96
2.5087-2.66570.29091420.21472474X-RAY DIFFRACTION98
2.6657-2.87130.27831410.21552488X-RAY DIFFRACTION98
2.8713-3.15990.23131440.20862570X-RAY DIFFRACTION99
3.1599-3.61620.19471400.16322565X-RAY DIFFRACTION100
3.6162-4.55230.14951420.12772606X-RAY DIFFRACTION100
4.5523-26.72480.17021560.1562736X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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