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万見
- PDB-3ok8: I-BAR OF PinkBAR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ok8
タイトルI-BAR OF PinkBAR
要素Brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2-like protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / I-BAR
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOF GTPase cycle / clathrin complex / plasma membrane organization / cell-cell contact zone / membrane organization / vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / phospholipid binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
I-BAR domain containing protein Pinkbar / Pinkbar, SH3 / I-BAR domain containing protein IRSp53/IRTKS/Pinkbar / IMD/I-BAR domain / IRSp53/MIM homology domain / IMD domain profile. / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 ...I-BAR domain containing protein Pinkbar / Pinkbar, SH3 / I-BAR domain containing protein IRSp53/IRTKS/Pinkbar / IMD/I-BAR domain / IRSp53/MIM homology domain / IMD domain profile. / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BAR/IMD domain-containing adapter protein 2-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Boczkowska, M. / Rebowski, G. / Saarikangas, J. / Lappalainen, P. / Dominguez, R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Pinkbar is an epithelial-specific BAR domain protein that generates planar membrane structures.
著者: Pykalainen, A. / Boczkowska, M. / Zhao, H. / Saarikangas, J. / Rebowski, G. / Jansen, M. / Hakanen, J. / Koskela, E.V. / Peranen, J. / Vihinen, H. / Jokitalo, E. / Salminen, M. / Ikonen, E. / ...著者: Pykalainen, A. / Boczkowska, M. / Zhao, H. / Saarikangas, J. / Rebowski, G. / Jansen, M. / Hakanen, J. / Koskela, E.V. / Peranen, J. / Vihinen, H. / Jokitalo, E. / Salminen, M. / Ikonen, E. / Dominguez, R. / Lappalainen, P.
履歴
登録2010年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月20日Group: Database references
改定 1.22011年8月17日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2-like protein 2
B: Brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2-like protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7103
ポリマ－52,6182
非ポリマー921
水5,098283
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area23880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.920, 39.913, 120.702
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2-like protein 2 / BAI1-associated protein 2-like protein 2


分子量: 26309.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Baiap2l2, PinkBAR / プラスミド: PTYB12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q80Y61
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.03 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 20MM HEPES, 250MM NACL, 5% GLYCEROL, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY-COOLED SI(111) DOUBLE-CRYSTAL SYSTEM
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→40 Å / Num. all: 22999 / Num. obs: 21987 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 11.8 % / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4MOLREPモデル構築
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→37.05 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1094 5 %random
Rwork0.221 ---
all0.225 22999 --
obs0.225 21871 95.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.63 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→37.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3628 0 6 283 3917
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073867
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9575219
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4881527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003689
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.35240.36131140.34762157X-RAY DIFFRACTION79
2.3524-2.47640.33931250.25712372X-RAY DIFFRACTION89
2.4764-2.63150.29941350.24962595X-RAY DIFFRACTION96
2.6315-2.83460.32031430.24062709X-RAY DIFFRACTION99
2.8346-3.11980.28031420.22462690X-RAY DIFFRACTION100
3.1198-3.57090.30711440.21122718X-RAY DIFFRACTION99
3.5709-4.49770.23681420.1792719X-RAY DIFFRACTION99
4.4977-37.05220.25441490.21022817X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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