PDB-3ok4: Crystal structure of the ANA:RNA decamer suffering from lattice t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ok4

タイトル

Crystal structure of the ANA:RNA decamer suffering from lattice translocation defects

要素

ANA
RNA

キーワード

RNA / altritol / sugar modification / lattice translocation defect

機能・相同性

OTHER / OTHER (> 10) / RNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.149 Å

データ登録者

Ovaere, M. / Van Meervelt, L.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the ANA:RNA decamer suffering from lattice translocation defects
著者: Ovaere, M. / Van Meervelt, L.

履歴

登録	2010年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月12日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step ...ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ok4.cif.gz	177.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ok4.ent.gz	161.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ok4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ok4_validation.pdf.gz	639 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ok4_full_validation.pdf.gz	746.5 KB	表示
XML形式データ	3ok4_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	3ok4_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/3ok4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/3ok4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ok2
類似構造データ	6va4-d 3r1d-1 4mcf-2 6wy3-2 2ro2-d 2m44-d 1di2-3 2rlu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ANA

C: ANA

E: ANA

B: RNA

D: RNA

F: RNA

G: ANA

I: ANA

K: ANA

H: RNA

J: RNA

L: RNA

M: ANA

O: ANA

Q: ANA

N: RNA

P: RNA

R: RNA

S: ANA

U: ANA

W: ANA

T: RNA

V: RNA

X: RNA

Y: ANA

1: ANA

3: ANA

Z: RNA

2: RNA

4: RNA

98.6 kDa, 30 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ANA

B: RNA

登録者が定義した集合体
6.57 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ANA

D: RNA

登録者が定義した集合体
6.57 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: ANA

F: RNA

登録者が定義した集合体
6.57 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: ANA

H: RNA

登録者が定義した集合体
6.57 kDa, 2 ポリマー
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5

I: ANA

J: RNA

登録者が定義した集合体
6.57 kDa, 2 ポリマー
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6

K: ANA

L: RNA

登録者が定義した集合体
6.57 kDa, 2 ポリマー
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7

M: ANA

N: RNA

登録者が定義した集合体
6.57 kDa, 2 ポリマー
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8

O: ANA

P: RNA

登録者が定義した集合体
6.57 kDa, 2 ポリマー
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9

Q: ANA

R: RNA

登録者が定義した集合体
6.57 kDa, 2 ポリマー
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10

S: ANA

T: RNA

登録者が定義した集合体
6.57 kDa, 2 ポリマー
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11

U: ANA

V: RNA

登録者が定義した集合体
6.57 kDa, 2 ポリマー
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12

W: ANA

X: RNA

登録者が定義した集合体
6.57 kDa, 2 ポリマー
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13

Y: ANA

Z: RNA

登録者が定義した集合体
6.57 kDa, 2 ポリマー
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14

1: ANA

2: RNA

登録者が定義した集合体
6.57 kDa, 2 ポリマー
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15

3: ANA

4: RNA

登録者が定義した集合体
6.57 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	34.220, 34.210, 170.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 10 / Label seq-ID: 1 - 10

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label alt-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label alt-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A6C	A	A6C	A6C	A	A6C	A	A
2	1	A6C	B	A6C	A6C	B	A6C	G	G
3	1	A6C	C	A6C	A6C	C	A6C	M	M
4	1	A6C	D	A6C	A6C	D	A6C	S	S
5	1	A6C	E	A6C	A6C	E	A6C	Y	Y
1	2	A6C	A	A6C	A6C	A	A6C	C	B
2	2	A6C	B	A6C	A6C	B	A6C	I	H
3	2	A6C	C	A6C	A6C	C	A6C	O	N
4	2	A6C	D	A6C	A6C	D	A6C	U	T
5	2	A6C	E	A6C	A6C	E	A6C	1	Z
1	3	A6C	A	A6C	A6C	A	A6C	E	C
2	3	A6C	B	A6C	A6C	B	A6C	K	I
3	3	A6C	C	A6C	A6C	C	A6C	Q	O
4	3	A6C	D	A6C	A6C	D	A6C	W	U
5	3	A6C	E	A6C	A6C	E	A6C	3	AA
1	4	G	A	G	G	A	G	B	D
2	4	G	B	G	G	B	G	H	J
3	4	G	C	G	G	C	G	N	P
4	4	G	D	G	G	D	G	T	V
5	4	G	E	G	G	E	G	Z	BA
1	5	G	A	G	G	A	G	D	E
2	5	G	B	G	G	B	G	J	K
3	5	G	C	G	G	C	G	P	Q
4	5	G	D	G	G	D	G	V	W
5	5	G	E	G	G	E	G	2	CA
1	6	G	A	G	G	A	G	F	F
2	6	G	B	G	G	B	G	L	L
3	6	G	C	G	G	C	G	R	R
4	6	G	D	G	G	D	G	X	X
5	6	G	E	G	G	E	G	4	DA

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: その他	ANA 分子量: 3354.144 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The molecule was synthesized
#2: RNA鎖	RNA 分子量: 3216.973 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The molecule was synthesized
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	1.000H, 1.000K, L	1	0.507
1	1	1.000K, 1.000H, -L	2	0.493

反射

解像度: 1.149→85.46 Å / Num. all: 70276 / Num. obs: 70276 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 13.6

反射シェル

解像度 (Å)	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
1.149-1.21	0.587	1	95.3
1.29-1.37	0.285	1	96.7
1.48-1.63	0.131	1	97.9
1.82-2.1	0.064	1	99.1
3.64-85.46	0.056	1	93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELX	D/E	モデル構築
REFMAC	5.5.0072	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELX	D/E	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.149→85.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 0.81 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.02 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25288	3612	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22126	-	-	-
obs	0.22295	66626	96.53 %	-
all	-	66705	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.274 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.149→85.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	6510	0	375	6885

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	7230
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.06	3	11145
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3090
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.337	3	7230
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.476	4.5	11145
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	217	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	2	G	217	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	3	M	217	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	4	S	217	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	5	Y	217	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	1	A	217	TIGHT THERMAL	0.18	0.5
1	2	G	217	TIGHT THERMAL	0.14	0.5
1	3	M	217	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
1	4	S	217	TIGHT THERMAL	0.18	0.5
1	5	Y	217	TIGHT THERMAL	0.12	0.5
2	1	C	217	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
2	2	I	217	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
2	3	O	217	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
2	4	U	217	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
2	5	1	217	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
2	1	C	217	TIGHT THERMAL	0.21	0.5
2	2	I	217	TIGHT THERMAL	0.29	0.5
2	3	O	217	TIGHT THERMAL	0.28	0.5
2	4	U	217	TIGHT THERMAL	0.23	0.5
2	5	1	217	TIGHT THERMAL	0.27	0.5
3	1	E	217	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	2	K	217	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	3	Q	217	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	4	W	217	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	5	3	217	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
3	1	E	217	TIGHT THERMAL	0.2	0.5
3	2	K	217	TIGHT THERMAL	0.2	0.5
3	3	Q	217	TIGHT THERMAL	0.2	0.5
3	4	W	217	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
3	5	3	217	TIGHT THERMAL	0.18	0.5
4	1	B	213	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
4	2	H	213	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
4	3	N	213	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
4	4	T	213	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
4	5	Z	213	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
4	1	B	213	TIGHT THERMAL	0.14	0.5
4	2	H	213	TIGHT THERMAL	0.13	0.5
4	3	N	213	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
4	4	T	213	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
4	5	Z	213	TIGHT THERMAL	0.14	0.5
5	1	D	213	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
5	2	J	213	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
5	3	P	213	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
5	4	V	213	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
5	5	2	213	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
5	1	D	213	TIGHT THERMAL	0.27	0.5
5	2	J	213	TIGHT THERMAL	0.27	0.5
5	3	P	213	TIGHT THERMAL	0.22	0.5
5	4	V	213	TIGHT THERMAL	0.3	0.5
5	5	2	213	TIGHT THERMAL	0.27	0.5
6	1	F	213	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
6	2	L	213	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
6	3	R	213	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
6	4	X	213	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
6	5	4	213	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
6	1	F	213	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
6	2	L	213	TIGHT THERMAL	0.14	0.5
6	3	R	213	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
6	4	X	213	TIGHT THERMAL	0.13	0.5
6	5	4	213	TIGHT THERMAL	0.16	0.5

LS精密化シェル

解像度: 1.149→1.179 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	275	-
R_work	0.256	4694	-
obs	-	-	92.58 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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