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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ok2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the ANA:RNA decamer without lattice translocation defects | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA / hybrid / ANA / sugar modification / altritol sugar rings | ||||||
機能・相同性 | OTHER / OTHER (> 10) / RNA 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.963 Å | ||||||
データ登録者 | Ovaere, M. / Van Meervelt, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012 タイトル: How does hydroxyl introduction influence the double helical structure: the stabilization of an altritol nucleic acid:ribonucleic acid duplex. 著者: Ovaere, M. / Sponer, J. / Sponer, J.E. / Herdewijn, P. / Van Meervelt, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ok2.cif.gz | 52.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ok2.ent.gz | 40.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ok2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ok2_validation.pdf.gz | 439.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ok2_full_validation.pdf.gz | 471.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3ok2_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ok2_validation.cif.gz | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/3ok2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/3ok2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: その他 | 分子量: 3354.144 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Molecule was synthesized #2: RNA鎖 | 分子量: 3216.973 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Molecule was synthesized #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.54 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.01M NiCl2, 1.0M Li2SO4, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月29日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.96→39.45 Å / Num. all: 11922 / Num. obs: 11922 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 9.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.963→39.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / SU B: 4.726 / SU ML: 0.129 / σ(F): 0 / ESU R: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.538 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.963→39.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.963→2.014 Å / Total num. of bins used: 20 /
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